優點
其優點包括：
①生産成本低；
②根據治療的需要，制備新型抗體;
③通過基因工程技術的改造，可以降低甚至消除人體對抗體的排斥反應;
④基因工程抗體的分子量較小，可以部分降低抗體的鼠源性，更有利于穿透血管壁，進入病竈的核心部位。
舉例
以乙型病毒性肝炎（以下簡稱乙肝）疫苗為例，像其他蛋白質一樣，乙肝表面抗原（HBSAg）的産生也受DNA調控。利用基因剪切技術，用一種"基因剪刀"将調控HBSAg的那段DNA剪裁下來，裝到一個表達載體中，所謂表達載體，是因為它可以把這段DNA的功能發揮出來；再把這種表達載體轉移到受體細胞内，如大腸杆菌或酵母菌等；最後再通過這些大腸杆菌或酵母菌的快速繁殖，生産出大量我們所需要的HBSAg（乙肝疫苗）。
貢獻典例
長期以來，醫學工作者在防治乙肝方面做了大量工作，但曾一度陷于困境。乙肝病毒（HBV）主要由兩部分組成，内部為DNA，外部有一層外殼蛋白質，稱為HBSAg。把一定量的HBSAg注射入人體，就使機體産生對HBV抗衡的抗體。機體依靠這種抗體，可以清除入侵機體内的HBV。過去，乙肝疫苗的來源，主要是從HBV攜帶者的血液中分離出來的HBSAg，這種血液是不安全的，可能混有其他病原體[其他型的肝炎病毒，特别是艾滋病病毒（HIV）]的污染。
此外，血液來源也是極有限的，使乙肝疫苗的供應猶如杯水車薪，遠不能滿足全國的需要。基因工程疫苗解決了這一難題。與上述的血源乙肝疫苗相比，基因工程生産的乙肝疫苗，取材方便，利用的是資源豐富的大腸杆菌或酵母菌，它們有極強的繁殖能力，并借助于高科技手段，可以大規模生産出質量好、純度高、免疫原性好、價格便宜的藥物。
在小孩出生後，按計劃實施新生兒到六個月齡内先後注射三次乙肝疫苗的免疫程序，就可獲得終身免疫，免受乙型肝炎之害。正是基于1996年我國已有能力生産大量的基因工程乙肝疫苗，我國才有信心遏制這一威脅人類健康最嚴重、流行最廣泛的病種。這是基因工程藥物對人類的貢獻典例之一。
幹擾素
當人或動物受到某種病毒感染時，體内會産生一種物質，它會阻止或幹擾人體再次受到病毒感染，故人們把此種物質稱為幹擾素（Interfero,簡稱IFN），是1957年英國科學家多薩克斯（Lossaacs）和林德曼（Lindenmann）在研究流感病毒幹擾現象時發現的。幹擾素具有廣譜抗病毒的效能，是一種治療乙肝的有效藥物，國際上批準治療丙型病毒性肝炎的藥物隻有它。但是，通常情況下人體内幹擾素基因處于"睡眠"狀态，因而血中一般測不到幹擾素。
隻有在發生病毒感染或受到幹擾素誘導物的誘導時，人體内的幹擾素基因才會"蘇醒"，開始産生幹擾素，但其數量微乎其微。即使經過誘導，從人血中提取1mg幹擾素，需要人血8000ml，其成本高得驚人。據計算：要獲取1磅（453g）純幹擾素，其成本高達200億美元。使大多數病人沒有使用幹擾素的能力。
1980年後，幹擾素與乙肝疫苗一樣，采用基因工程進行生産，其基本原理及操作流程與乙肝疫苗十分類似。現在要獲取1磅（453g）純幹擾素，其成本不到1億美元。基因工程生産出來的大量幹擾素，是基因工程藥物對人類的又一重大貢獻。
随着基因工程技術的進展，基因工程藥物正在不斷增加，創造了可以長期獲取更大利潤的商機。
