微處理控制系統
微處理控制系統是維持培養箱内溫度、濕度和CO2濃度穩态的操作系統。微處理控制系統和其它各種功能附件（如高低溫自動調節和警報裝置、CO2警報裝置、密碼保護設置等）的運用，使得二氧化碳培養箱的操作和控制都非常的簡便。
如：LEEC的PID微處理器觸摸屏控制系統，它能嚴格控制氣體的濃度并将其損耗降至極低水平，以保證培養環境恒定不變，且能保證長期培養過程中箱内溫度精确，并有液晶顯示，圖形化過程監控、幹預事件記錄等。
此外報警系統也是不可少，它能讓你及時知道培養箱出現的情況，并做出反應，從而最大限度地降低了損失，保證實驗的連續性。有些培養箱有聲/光報警裝置，溫度變化達±0.5℃，或CO2濃度變化達±5%時，即會自動報警；有些具有CO2濃度異常報警顯示功能；有些具有低壓、斷電報警功能。這些裝置都是為了方便使用者，以減少繁瑣枯燥的實驗過程而設計的。
工作原理
CO2傳感器用來檢測箱體内CO2濃度，将檢測結果傳遞給控制電路及電磁閥等控制器件，如果檢測到箱内CO2濃度偏低，則電磁閥打開，CO2進入箱體，直到CO2濃度達到所設置濃度，此時電磁閥關閉，箱内CO2切斷，達到穩定狀态。
CO2采樣器将箱内CO2和空氣混合後的氣體取樣到機器外部面闆的采樣口，以随時用CO2濃度測定儀來檢測CO2的濃度是否達到要求。微處理控制系統以及其它各種功能附件如高低溫自動調節和警報裝置、CO2警報裝置、密碼保護設置等，可維持培養箱内溫度、濕度和CO2濃度穩态。
加熱方式
氣套式加熱和水套式加熱，兩種加熱系統都是精确和可靠的，同時它們都有着各自的優點和缺點。
水套式加熱
水套式加熱是通過一個獨立的水套層包圍内部的箱體來維持溫度恒定的，其優點：水是一種很好的絕熱物質，當遇到斷電的時候，水套式系統就可以比較長時間的保持培養箱内的溫度準确性和穩定性，有利于實驗環境不太穩定（如有用電限制或經常停電）的用戶選用。
氣套式加熱
氣套式加熱是通過遍布箱體氣套層内的加熱器直接對内箱體進行加熱的，又叫六面直接加熱。
氣套式與水套式相比，具有加熱快，溫度的恢複比水套式培養箱迅速的特點，特别有利于短期培養以及需要箱門頻繁開關取放樣的培養。此外，對于使用者來說氣套式設計比水套式更簡單化（水套式需要對水箱進行加水、清空和清洗，并要經常監控水箱運作的情況，還有潛在的污染隐患）。
二氧化碳濃度控制
二氧化碳濃度可以通過紅外傳感器（IR）或熱導傳感器（TC）進行測量。兩種傳感器各有優缺點。
熱導傳感器
熱導傳感器監控CO2濃度的工作原理是基于對内腔空氣熱導率的連續測量，輸入CO2氣體的低熱導率會使腔内空氣的熱導率發生變化，這樣就會産生一個與CO2濃度直接成正比的電信号。
TC控制系統的一個缺點就是箱内溫度和相對濕度的改變會影響傳感器的精确度。當箱門被頻繁打開時，不僅CO2濃度，溫度和相對濕度也會發生很大的波動，因而影響了TC傳感器的精度。當需要精确的培養條件和頻繁開啟培養箱門時，此控制系統就顯得不太适用了。
紅外傳感器
紅外傳感器（IR）它是通過一個光學傳感器來檢測CO2水平的。IR系統包括一個紅外發射器和一個傳感器，當箱體内的CO2吸收了發射器發射的部分紅外線之後，傳感器就可以檢測出紅外線的減少量，而被吸收紅外線的量正好對應于箱體内CO2的水平，從而可以得出箱體内CO2的濃度。
由于IR系統是通過紅外線減少來确定箱内CO2濃度，而箱體内顆粒物能夠反射或部分吸收紅外線，使得IR系統對箱體内顆粒物的多少比較敏感，IR傳感器應用在進氣口具有HEPA高效空氣過濾器的培養箱較合适。
相對濕度
箱内濕度對于培養工作來說是一項非常重要然而又經常被忽略的因素。維持足夠的濕度水平并且要有足夠快的濕度恢複速度（如在開關門後）才能保證不會由于過度幹燥而導緻培養失敗。
目前大多數的二氧化碳培養箱是通過增濕盤的蒸發作用産生濕氣的（其産生的相對濕度水平可達95%左右，但開門後濕度恢複速度很慢）。盡量選擇濕度蒸發面積大的培養箱，因為濕度蒸發面積越大，越容易達到最大相對飽和濕度并且開關門後的濕度恢複的時間越短。
污染物的控制
污染是導緻細胞培養失敗的一個主要因素，二氧化碳培養箱的制造商們設計了多種不同的裝置去減少和防止污染的發生，其主要途徑都是盡量減少微生物可以生長的區域和表面，并結合自動排除污染裝置來有效防止污染的産生。
例如，鑒于CO2培養箱在使用過程中有時會伴有黴菌生長，為确保培養箱免受污染且保證儀器箱體内的生物清潔性，有些公司開發設計了帶有紫外消毒功能的CO2培養箱；還有公司設計HEPA高效濾器能過濾培養箱内空氣，可過濾除去99.97%的0.3um以上的顆粒；此外，自動高溫熱空氣殺菌裝置能使箱内溫度達到高溫（如200℃）從而殺死所有污染微生物，甚至芽孢等耐高溫微生物，這些裝置對于細胞培養來說是更有安全保障的。
使用注意事項
1、二氧化碳培養箱未注水前不能打開電源開關，否則會損壞加熱元件。
2、培養箱運行數月後，水箱内的水因揮發可能減少，當低水位指示燈(WLow12)亮時應補充加水。先打開溢水管，用漏鬥接橡膠管從注水孔補充加水使低水位指示燈熄滅，再計量補充加水(CP-ST200A加水1800ml，CP-ST100A加水1200ml)，然後堵塞溢水孔。
3、二氧化碳培養箱可以做高精度恒溫培養箱使用，這時須關閉CO2控制系統。
4、因為CO2傳感器是在飽和濕度下校正的，因此加濕盤必須時刻裝有滅菌水。
5、當顯示溫度超過置定溫度1℃時，超溫報警指示燈(OverTemp7)亮，并發出尖銳報警聲，這時應關閉電源30分鐘；若再打開電源(溫控)開關(Power20)仍然超溫，則應關閉電源并報維修人員。
6、鋼瓶壓力低于0.2MPa時應更換鋼瓶。
7、盡量減少打開玻璃門的時間。
8、如果二氧化碳培養箱長時間不用，關閉前必須清除工作室内水分，打開玻璃門通風24小時後再關閉。
9、清潔二氧化碳培養箱工作室時，不要碰撞傳感器和攪拌電機風輪等部件。
10、拆裝工作室内支架護罩，必須使用随機專用扳手，不得過度用力。
11、搬運培養箱前必須排除箱體内的水。排水時，将橡膠管緊套在出水孔上，使管口低于儀器，輕輕吸一口，放下水管，水即虹吸流出。
12、搬運二氧化碳培養箱前應拿出工作室内的擱闆和加濕盤，防止碰撞損壞玻璃門。
13、搬運培養箱時不能倒置，同時一定不要擡箱門，以免門變形。
