特性
(1)在一定浓度时，凝胶透明，有弹性，机械性能好；
(2)化学性能稳定，与被分离物不起化学反应，在很多溶剂中不溶；
(3)对pH和温度变化较稳定；
(4)几乎无吸附和电渗作用，只要Acr纯度高，操作条件一致，则样品分离重复性好；
(5)样品不易扩散，且用量少，其灵敏度可达10-6ug；
(6)凝胶孔径可调节，根据被分离物的分子量选择合适的浓度，通过改变单体及交联剂的浓度调节凝胶的孔径；
(7)分辨率高，尤其在不连续凝胶电泳中，集浓缩、分子筛和电荷效应为一体。因而较醋酸纤维薄膜电泳、琼脂糖电泳等有更高的分辨率。
实验步骤
1．样品的浓缩效应
以往不连续电泳系统中，含有上、下槽缓冲液(Tris—Gly，pH8.3)、浓缩胶缓冲液(Tris—HCl，pH6.8)、分离胶缓冲液(Tri s—HCl，pH8.8)，两种凝胶的浓度(即孔径)也不相同。在这种条件下，缓冲系统中的HCl几乎全部解离成Cl一，两槽中的Gly(pI一6.0，pKa=9.7)只有很少部分解离成Gly的负离子，而酸性蛋白质也可解离出负离子。
这些离子存电泳时都向正极移动。Cl一速度最快(先导离子)，其次为蛋白质，Gly负离子最慢(尾随离子)。离子Cl一很快超过蛋白离子，因此存其后面形成一个电导较低、电位梯度较陡的区域，该区电化梯度最高，这是在电泳过程中形成的电化梯度的不连续性，导致蛋白质和G1y离子加快移动，结果使蛋白质在进入分离胶之前，快、慢离子之间浓缩成一薄层，有利于提高电泳的分辨率。
2．分子筛效应
蛋白质离子进入分离胶后，条件有很大变化。由于其pH升高(电泳进行时常超过9．0)，使Gly解离成负离子的效应增加；同时因凝胶的浓度升高，蛋白质的泳动受到影响，迁移率急剧下降。此两项变化，使Gly的移动超过蛋白质，上述的高电压梯度不复存在，蛋白质便在一个较均一的pH和电压梯度环境中，按其分子的大小移动。分离胶的孔径有一定的大小，对不同相对分子质量的蛋白质来说，通过时受到的阻滞程度不同，即使净电荷相等的颗粒，也会由于这种分子筛的效应，把不同大小的蛋白质相百分开。
注意事项
1．SDS与蛋白质的结合按质量成比例(即：1.4gSDS/g蛋白质)，蛋白质含量不可以超标，否则SDS结合量不足。
2．用SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳法测定蛋白质相对分子量时，必须同时作标准曲线。不能利用这次的标准曲线作为下次用。并且sDs—PAGE测定分子量有10%误差，不可完全信任。
3．有些蛋白质由亚基(如血红蛋白)或两条以上肽链(Q一胰凝乳蛋白酶)组成的，它们在巯基乙醇和SDS的作用下解离成亚基或多条单肽链。因此，对于这一类蛋白质，SDS一聚内烯酰胺凝胶电泳法测定的只是它们的相对分子量。
4．有的蛋白质(如：电荷异常或结构异常的蛋白质；带有较大辅基的蛋白质)不能采用该法测相对分子量。
5．如果该电泳中出现拖尾、染色带的背景不清晰等现象，可能是SDS不纯引起。
