科室设置肛肠科、脑病科、妇科、肛肠科、临床药学、肿瘤科、心血管病科、护理学、临床药学、骨伤科、针灸科、老年病科、急诊科、脾胃病科、肾病科、内分泌科、养生康复科、肺病科、风湿科。所获荣誉2021年6月,南京市中医院门技第二党支部被南京市委授予“南京市先进基层党组织”称号。