认定
(一)区分本罪与非罪的界限
区分本罪与国家工作人员工作失误的界限。如果行为人主观上不是明知，而是出于其业务知识、经验不足，或者是调查研究不够充分，工作作风不够深入，思想方法简单片面造成认识偏颇而发生的错误行为，即使造成一定危害后果的，一般也不构成犯罪，如果情节严重或者造成重大后果而构成其他犯罪的，应以其他相应犯罪论处。
(二)区分本罪与徇私枉法罪的界限
两罪都是特殊主体，都表现为徇私枉法，都侵犯了国家机关的正常活动。但两罪之间的区别是明显的:
（1）主体不同。本罪的主体是行政执法人员;后罪的主体是司法工作人员。
（2）客观行为不同。本罪是利用行政执法的职权，对依法应当移交司法机关追究刑事责任的不移交的行为;后罪则表现为利用司法职权，违背事实和法律，作刑事枉法追诉或者枉法裁判的行为。
（3）本罪侵犯的直接客体是行政机关的行政管理、行政执法活动;后罪侵犯的直接客体是司法机关的正常活动。
(三)区分本罪与包庇罪的界限
其区别在于:
1、犯罪主体不同。本罪的犯罪主体是特殊主体，即必须是行政执法人员才能构成;包庇罪由一般主体即可构成，
2、客观方面不同。本罪必须是利用职务之便或违背职责实施的行为才构成；而包庇罪不必利用职务之便即可构成。
处罚
犯本罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役;造成严重后果的处三年以上七年以下有期徒刑。
对主体的理解
徇私舞弊不移交刑事案件罪的犯罪主体系行政执法人员，所谓行政执法人员，应指具有行政处罚权和行政监察权等行政执法权的行政机关中从事公务的人员，具体包括工商、税务、海关、卫生、环保、审计、财政、技术监督等较易理解的行政执法人员。
我们必须把它与司法工作人员严格区分开来，否则势必造成对一些渎职犯罪的定性不准。那么何谓司法工作人员呢？
我国《刑法》第九十四条明确规定：司法工作人员是指有侦查、检察、审判、监管职责的工作人员。
仅从表述上看，似乎很容易与行政执法工作人员加以区别。但在司法实践中，当公安机关工作人员渎职犯罪时，却很容易因对犯罪主体的认识错误而导致定性错误。
立案标准
根据最高人民检察院《关于渎职侵权犯罪案件立案标准的规定》（高检发释字〔2006〕2号），徇私舞弊不移交刑事案件，涉嫌下列情形之一的，应予立案：nn1.对依法可能判处3年以上有期徒刑、无期徒刑、死刑的犯罪案件不移交的；nn2.不移交刑事案件涉及3人次以上的；nn3.司法机关提出意见后，无正当理由仍然不予移交的；nn4.以罚代刑，放纵犯罪嫌疑人，致使犯罪嫌疑人继续进行违法犯罪活动的；nn5.行政执法部门主管领导阻止移交的；nn6.隐瞒、毁灭证据，伪造材料，改变刑事案件性质的；nn7.直接负责的主管人员和其他直接责任人员为牟取本单位私利而不移交刑事案件，情节严重的；nn8.其他情节严重的情形。
