历史沿革
2001年，中华人民共和国政府决定在福建省决定建设一条城际间快速铁路通道——福厦铁路，途经莆田市设站。
2004年7月，经中华人民共和国国务院批准，福厦铁路正式立项。
2005年7月，中华人民共和国国家发展和改革委员会批准《福厦铁路可行性研究报告》，在莆田市秀屿区笏石镇设置莆田站。
2007年，原中华人民共和国铁道部规划铁路地级市全覆盖，新建西起江西省南昌市至福建省莆田市铁路终于莆田站，为国家一级快速铁路干线，工程名字为向莆铁路；同年11月24日，江西向塘至福建莆田铁路开工建设。
2008年11月23日，莆田站站房建筑设计方案经原中华人民共和国铁道部审查通过。
2009年5月22日，莆田站站房工程举行开工典礼；同年12月31日，莆田站投入货运运营。
2010年4月26日，莆田站投入客运运营。
2013年1月，新建的江西向塘和福建莆田之间的向莆铁路被原中华人民共和国铁道部正式命名为昌福线和永莆线，永莆铁路终于莆田站；同年9月30日，昌福铁路、永莆铁路竣工通车；同年12月17日，杭甬铁路、甬温铁路、温福铁路、福厦铁路、厦深铁路整体合并为杭深铁路，莆田站成为杭深铁路与永莆铁路的交汇站。
2015年10月22日，根据新建福州站（含）至漳州站（含）客运专线大致确定的走向和沿途设站规划，莆田站为其途经站。
2019年12月30日起，莆田站开始推行电子客票，旅客无需取票，刷证即可乘车。
建筑规模
建筑设计
莆田站设计借用莆田滨海特色、妈祖文化特色、对台特色以及莆田民俗风格，外立面为玻璃幕墙，内装饰以福建花岗岩及铝板为主要材料，总体造型有“妈祖文化”、“闽南文化”、“海滨文化”等元素。
截至2010年4月，莆田站总建筑面积3.0522万平方米，售票大厅约500多平方米，雨棚面积3.47万平方米，建筑总高度31米；设计最高聚集旅客数5000人。
整体布局
截至2010年4月，莆田站站房采取线侧平式，竖向分为出站层、站台层和进站层三个层面，其中出站层为一层地下室。莆田站左侧售票大厅共设置了13个人工售票窗口。莆田站的检票口设在候车大厅靠站台的一边，其中一楼有5个检票口，二楼有5个。
截至2017年1月，莆田站出站设有综合交通枢纽，地下一层设有商业设施，地上一层为候车大厅，二层为办公区。地上三层、四层暂未投用。一层候车厅设10个检票口。
站台线路
截至2010年4月，莆田站拥有3台10线，设到发线10条，基本站台一座和中间站台2座，途经莆田站的线路有杭深铁路福厦段和永莆铁路。
价值意义
莆田站使莆田融入海峡西岸经济区的一条重要生命线，承载着莆田人民腾飞梦想的沿海大动脉，犹如一条气势如虹的钢铁巨龙，让莆田人民的百年夙愿成为现实。莆田站有力地推动湄洲湾港口城市持续提升、蓬勃发展，有力地推动海峡西岸经济区趁势而上、加快发展，有力地推动海峡两岸交流合作、繁荣发展，为促进祖国和平统一大业作出更大的贡献。（《湄洲日报》评）
莆田站使妈祖故里莆田从此将彻底告别“手无寸铁”、没有铁路的历史，驶上加快发展的快车道。（东南网评）市
