出生地點
根據秘魯政府官方資料，藤森是于1938年7月28日在秘魯利馬Miraflores區出生，藤森父母來自日本熊本市，于1934年移居秘魯，在藤森出生後向日本駐秘魯大使館申請保留兒子日本國籍，因此他持有雙重國籍。西班牙語系的姓名結構是“名·父姓·母姓”，日本人婚後妻子就改姓夫姓（贅婿入贅則改姓妻姓），因此藤森的西班牙全名是阿爾韋托·藤森·藤森（AlbertoFujimoriFujimori），阿爾韋托（Alberto）是很普遍的西班牙語男子名。
有反對藤森的政治人物指，藤森其實是在日本出生，按照秘魯憲法規定，總統必須于秘魯出生。在政治雜志《Caretas》1997年其中一期裡，曾提及藤森的出生地點可能被改動過，包括把原地點塗改，以不同筆迹寫Miraflores，另外也有報道指藤森的受浸證書也可能曾被塗改。更嚴重的是，Caretas報道藤森母親在1934年進入秘魯時，曾填報有兩名孩子，而藤森在4名孩子中排名第二。
直至2007年，有關方面仍未就這些指控進行調查。
個人經曆
參政之前
在藤森參政之前，他曾于秘魯國立農業大學就讀農業工程系，1961年畢業，
并獲有農業工程師的專業資格。及後赴歐美攻讀碩士學位，回國後曾任國立農業大學校長及全國大學校長委員會主席。
參政之後
1989年，開始投身政治，成立了政黨“改革九十”（Cambio90），并于翌年參加總統選舉，被評為當時的黑馬候選人，聲望急速升高，1990年4月8日各候選人票數都沒過半，1990年6月10日，得票率最高的2大候選人對決的第2輪選舉中，藤森以57%的得票率勝過Fedemo政黨主席，作家出身的馬裡奧·巴爾加斯·略薩（MarioVargasLlosa）當選總統，并于1990年7月28日宣誓就職。
對于藤森當上總統的表現，有各種各樣的分析，但是藤森自己的一句戲言，似乎是一種準确的解釋；藤森戲稱自己實行的是“推土機式的統治”。
清剿遊擊隊
在藤森上台前，秘魯全國有不少領土均為反政府遊擊隊所控制，計有毛派組織“光明之路”（SenderoLuminoso）及馬列主義組織“圖帕克-阿馬魯革命行動”遊擊隊（MRTA）。單在1989年，超過100名官員被“光明之路”殺害，有四份一的秘魯區議會及省議會選擇不舉行選舉。在“光明之路”的恫吓下，秘魯在同一年内出現了超過三份一的太平紳士職位空缺。
據估計，在1990年代初期，全國有近60%領土由遊擊隊占據，住在這些地方的居民需向遊擊隊繳稅。
在清剿反政府遊擊隊方面，藤森确有一番手段。他在位期間曾逮捕“光明之路”領袖阿維馬埃爾·古斯曼（AbimaelGuzmán），結束了長達15年的恐怖時代，而獲得人民的贊賞。在反恐手段中，藤森賦予軍隊權力，逮捕疑似恐怖份子者，并于軍事法庭進行秘密審訊；又動員郊區的民衆武裝起來，組織自衛隊，共同反恐。
随着清剿行動漸見成效，遊擊隊的活動于1992年起大幅減少，藤森聲稱他的行動大大消除恐怖份子的威脅，但其實功勞應歸于國家的反恐理事會（DINCOTE），使多個恐怖組織的首腦被捕，尤其是逮捕“光明之路”的領袖。
有人認為藤森的反恐行動與侵犯人權的問題出現抵觸，在軍方與武裝分子的交戰當中，死傷者多為無辜的農民。在2003年國家的一份報告當中，提及在1980年至1995年間，大多數的恐怖活動均由遊擊隊制造的，另外秘魯軍方在該段期間，曾破壞一些村落以及殺害一些被懷疑協助叛軍的農民，有濫殺無辜之嫌，因此他們也需承擔責任。
其中一宗案件，有14名軍人涉嫌于1988年5月14日在一個城鎮屠殺了47名男女和兒童，被軍事法庭宣判入獄三個月至一年不等。該14名被告不服上訴，辯稱其隊長和另外3名士兵在他們執勤前一天遭到“光明之路”的伏擊喪生。後來他們上訴得直，得以繼續服役，沒有入獄。
1996年12月17日，首都利馬的日本大使官邸内正在舉行派對，一批全副武裝的MRTA遊擊隊闖進使館并挾持800多人作人質。在與軍方長達四個月的對峙期間，多名人質陸續獲得釋放，至翌年四月隻剩下72人。該組織要求政府釋放被囚禁的組織成員，他們事前已有周詳計劃作出行動，但政府拒絕其要求，堅決要作出談判及營救。
1997年4月22日，秘魯軍方出動一支為數140名士兵的突擊隊，執行拯救人質的任務，在行動中，有兩名士兵和全數十四名綁匪死亡，另有一名人質在救出後被證實死亡，遇害人質為一名法官，經法院裁定，該人質在軍方的拯救行動中喪生。事件繼續調查至2002年，根據目擊者所提供的證詞，行動中隻有一名綁匪當場被軍方擊斃，其餘綁匪均棄械投降，在國家情報局的指使下遭軍方即場處決。
藤森在下台前，宣布于1980年至1995年間，曾觸犯人權罪行的軍警可獲得特赦，此舉受到人權組織及多個國家的批評。
流亡日本
藤森利用訪問日本的機會，透過傳真及郵寄遞交請辭信後，流亡日本。由于父母早已向日本使館為藤森保留日本國籍，并且在1985年修例時沒有放棄，因此可于日本居留。不少日本政客對藤森表示支持，其中原因是在1997年的日本大使館人質事件中表現果斷。
而繼任總統托萊多從即位起，便不停查找藤森過往的犯罪證據，包括多次與最高法院、稅局及其他權力機構開會，以“集中力量，把罪犯藤森從日本抓回來”。托萊多的急進超越了秘魯法律的底線，包括強迫司法及立法機關在不聽取藤森答辯的情況下，判藤森有罪（見1993年的秘魯政治憲法），而非為藤森提供律師作缺席審判。又在毫無指控的情況下，把支持藤森的國會議員開除。最後司法部也拒絕了托萊多的越軌行為。
重返南美被捕
2005年11月6日藤森在毫無預告的情況下，與四名不知名的人士同行，乘坐私人飛機由日本經墨西哥飛抵智利首都聖地牙哥，并直接到達酒店下榻。據了解，這次藤森返回南美洲是為了下一屆秘魯總統競選作準備。由于智利和秘魯兩國關系緊張，藤森可能是看準了智利政府不會把他交給秘魯，才敢到智利。智利警方其後宣布，警方在當地時間11月7日淩晨，在藤森入住的萬豪大飯店，把他逮捕。而秘魯外長馬烏都阿在聲明中，表示是秘魯方面向智利當局提出拘捕的要求。
2006年1月3日，秘魯政府以藤森在任期間屠殺、挪用公款等為理由，正式向智利外交部遞交了有關引渡藤森的申請。1月10日，秘魯國家選舉委員會決定，禁止藤森參加下一屆總統大選。他們依據秘魯議會的一項裁決作出此決定。秘魯議會曾裁定，藤森在2011年之前不得在該國擔任公職。5月18日，藤森被允許保釋，從而使他獲得了臨時人身自由。
2007年7月11日，智利最高法院做出一審判決，拒絕秘魯政府提出的将藤森引渡回秘魯的要求。但随後在9月21日，智利最高法院做出終審判決，批準将藤森引渡回秘魯。9月22日，藤森被引渡回秘魯接受審判。
同年12月11日，藤森因濫用職權及指使他人非法搜查罪而被判監6年，期間藤森曾提出上訴，最高法院于2008年4月15日駁回上訴，維持原判。
申請赦免
秘魯前總統藤森的4名子女2012年10月10日向秘魯司法部提出赦免藤森的正式申請。藤森長女藤森慶子在遞交申請時對媒體說，現年74歲的藤森健康狀況極差，為其申請司法赦免是出于人道主義考慮。
慶子說，提交赦免申請不是政治問題，而是人道主義問題，主要理由是藤森年事已高，癌症和其他多種疾病纏身，健康每況愈下，需要更好的護理和治療。
慶子說，這次提交的文件中有近幾年藤森接受治療及進行手術的所有病曆和一直為藤森治療的醫務委員會的病情診斷書和醫療報告。醫療診斷顯示，正在監獄服刑的藤森患有嚴重的口腔癌，且健康狀況極為不佳。
慶子希望秘魯總統烏馬拉能以客觀和不含政治感情的方式，為藤森提供人道主義的解決措施。
秘魯部長會議主席(政府總理)希門尼斯當天表示，司法部的技術部門将評估藤森子女提出的人道主義赦免申請。如果赦免委員會認定這一申請符合相關程序和規定，申請将會提交給烏馬拉總統做最後決定。
藤森家人從去年起就着手準備為藤森申請人道主義赦免。但藤森本人一直持反對态度，不願以這種方式離開監獄，因為他始終認為對他的審判是不公正的。
是否赦免藤森這一問題目前在秘魯國内引起激烈争論。藤森家人及其支持者認為，藤森已患癌症，如繼續在監獄服刑，得不到良好的治療，将使其健康狀況進一步惡化，以緻有生命危險。
秘魯一些社會組織、政黨團體和人權主義者則反對赦免藤森，認為藤森罪行嚴重，對他的赦免将是對藤森政權所有受害者的“侮辱”。他們要求藤森必須向國家和受害者道歉并支付所有罰款後才能獲得赦免。
藤森1990年當選秘魯總統，兩次連任。2000年11月，藤森因國内政治危機宣布辭職并出走日本尋求政治庇護。2005年11月他在智利被捕，2007年9月被引渡回秘魯。此後，秘魯最高法院4次判他有罪。2009年4月，藤森因謀殺和綁架罪被判刑25年。
藤森目前被關押在利馬一處警察總部監獄。近年來，藤森為治療口腔黏膜白斑病先後數次接受舌部手術，他還在獄中患上嚴重的胃炎和抑郁症，去年10月13日因墜床受傷緊急住院，耳朵縫了4針。
中風入院
秘魯前總統阿爾韋托·藤森2014年3月14日因中風入院，目前情況穩定，但左上臂喪失部分活動能力。
醫生胡安·巴雷托對媒體記者說，藤森意識清醒，可以說話，醫生正在确保藤森的左上臂不會永久喪生活動能力。據他推測，這次輕度中風可能與壓力和高血壓有關。
現年75歲的藤森現階段在秘魯警察總部監獄服刑。有醫療小組去年稱，藤森身患抑郁、高血壓、慢性胃炎、腰痛等多種疾病。
成就
藤森在第一屆任期中曾創造高度的經濟成長，但在第二屆任期中，由于1990年代後期的厄爾尼諾現象嚴重影響了秘魯經濟，導緻成長力道減弱，然而1992至2001年間的秘魯國内生産總值總增長率仍達44.60%，相當于每年3.76%；1991至2001年間的人均生産總值總增長率達30.78%，相當于每年2.47%。
而秘魯國家統計局INEI的報告指出：在阿蘭·加西亞任内，秘魯的貧民比率由41.6%升至55%，而在藤森任内則稍有好轉（降至54%）。聯合國糧食及農業組織的一份報告則指出：在1990-1992年與1997-1999年間，秘魯的營養不足人口比率下降了29%。
秘魯重新進入全球經濟體系，并吸引了外資。借着賣出國營企業，某些服務産業得到了改善，例如當地的電話、手機與互聯網業。舉例明之，在私有化之前，一名顧客可能要等上十年，國營電話公司才會裝妥線路，而且裝機費甚高（然而月租費較低廉）；而私有化以後僅須等上幾天。電話普及率由1993年的2.9%提升至2000年的6.2%。私有化也促使外資湧入礦業、觀光、出口農業與能源産業等出口導向産業。加西亞任内幾近于零的外彙存底增加到将近一百億美元。
藤森也縮減了政府支出，增設學校、道路，并改善通訊基礎建設。這些措施有助于觀光業、出口農業與漁業的發展。
批判
批判者指出，藤森之所以能鼓勵有外資參與的大型采礦計劃，并推動有利于礦業的法律，實為戒嚴後的政治氣候所緻。
一些分析家則表示：在藤森任内的經濟成長背後，反映的是跨國企業大量開采不可再生資源；這些企業看上的是極低的礦區使用費，也正因如此，開采所得幾乎全流向國外。
藤森的私有化計劃也仍受争議，2002年由反對派社會主義議員坎塞科發起的一份國會調查指出：在将數百間國營企業私有化所得的90億美元收入中，隻有一小部份真正利益到秘魯人民。
藤森的風格有時被評為“民粹獨裁主義”。政治分析家肯尼認為藤森政府在戒嚴後走向了專政；與藤森合作密切的秘魯情報局局長弗拉迪米羅·蒙特西諾斯建立了一個遍及政、商及媒體的貪腐網絡；1996年解密的一份文件證明，雖然美國政府知道他向毒販收取保護費，中央情報局仍提供他每年100萬美元，共計十年的緝毒經費。蒙特西諾斯後來被以挪用公款、販毒及謀殺等罪名起訴。
