司法解釋
最高人民法院關于“行為人确實不知對方是不滿十四周歲的幼女，雙方自願發生性關系，未造成嚴重後果，情節顯着輕微的，不認為是犯罪”的司法解釋于2006年1月24日開始執行了。
這一司法解釋一經出台，就引起争論。有人指這是縱容對幼女的犯罪，但主流輿論都盛贊其顯現出的司法理性。我國刑法強奸罪條款長期缺乏“是否明知不滿十四周歲”的主觀要件，這種“客觀歸罪”的做法，有悖于刑罰适用主客觀相一緻的原則。可以相信，新的司法解釋的出台，将彌補刑事立法的缺陷，更能夠實現強奸犯罪構成的完整性、準确性、科學性，體現了“區别對待”的刑事政策和司法能動的優點。
界限認定
本罪與非罪
必須以奸淫幼女罪的犯罪構成為依據，凡是行為人的行為符合奸淫幼女罪的全部構成要件的，應定奸淫幼女罪；凡是行為人的行為不符合奸淫幼女罪全部構成要件，而又不構成其他罪的，就不應定罪，即非罪，這是區分奸淫幼女罪與非罪界限的一個總原則，也是一個總的界限，但是，由于奸淫幼女行為的複雜性，既要對幼女予以特殊保護，又不能任意擴大打擊面，從而在處理這類案件時，也就經常在奸淫幼女罪與非罪問題上發生争議。
（1）男青少年與染有淫亂惡習的幼女發生性交行為的界限
由于幼女染有淫亂惡習，遇見男青少年就搭話，問長問短，從外貌上也看不出是幼女，自願與男性發生性關系，一般也可以不定為奸淫幼女罪，對最初奸淫幼女的，或引誘該幼女賣淫的，應依法治罪。
（2）未婚男青年與發育較早、貌似成人、虛報年齡，不滿14周歲幼女發生性關系的界限
不滿14周歲的幼女，發育早熟，身體高大，貌似成人，虛報年齡，與男青少年談戀愛，而男青少年誤信其為少女，雙方自願發生兩性行為，類似青少年男女談戀愛中越軌行為。男青少年沒有摧殘幼女的犯罪故意，也不宜定奸淫幼女罪。
2013年10月23日，最高法院發布的《關于依法懲治性侵害未成年人犯罪的意見》明确，知道或者應當知道對方是不滿十四周歲的幼女，而實施奸淫等性侵害行為的，應當認定行為人“明知”對方是幼女，這是認定奸淫幼女等性侵害犯罪主觀明知問題的總原則。意見還以幼女年齡是否達到十二周歲為标準，對如何認定“明知”，分别予以指導和規範。
與強奸罪的界限
強奸罪與奸淫幼女罪的區别是：
（1）侵害的客體不同。強奸罪侵害的客體，是婦女性的不可侵犯的權利，而奸淫幼女罪侵害的客體、則是幼女的身心健康。因為幼女正在發育成長時期，對社會生活中的許多事物缺乏辨别能力，既不知道性交行為的性質和可能産生的結果，也不可能真正表達自己的意志，容易上當受騙，幼女被奸後，往往會摧殘幼女的身心健康。這兩個罪不僅侵害的客體不同、而且侵犯的對象也不同。強奸罪侵犯的對象是14同歲以上少女或者成年婦女，奸淫幼女罪侵害的對象，隻能是不滿14同歲的幼女。
（2）客觀方面不問，強奸罪，行為人使用暴力、脅迫或者從他手段，緻使婦女不敢抗拒、不能抗拒、無法抗拒和不知抗拒，違背婦女意志，強行與之性交的行為。而奸淫幼女罪，則不論行為人采用什麼手段，也不問幼女是否同意，隻要與不滿14周歲的幼女發生性交的行為，就構成奸淫幼女罪，
（3）主觀故意的内容不同，強奸罪，行為人必須具有奸淫的目的，而且隻有具有奸淫的目的，才能構成強奸罪，否則，就不構成此罪。而奸淫幼女罪、行為人不僅具有奸淫幼女的故意和奸淫的目的，而且行為人必須明知對方是不滿14周歲的幼女，才能構成奸淫幼女罪。如果行為人确實無法從幼女的外表判斷其可能尚不滿14周歲，也不具備了解該幼女實際年齡的條件，也就不能定為奸淫幼女罪。
按照《最高人民法院、最高人民檢察院關于執行〈中華人民共和國刑法〉确定罪名的補充規定》（最高人民法院審判委員會第1193次會議、最高人民檢察院第九屆檢察委員會第100次會議通過，自2002年3月26日起施行），奸淫幼女已一并納入強奸罪，“奸淫幼女罪”罪名已經取消。
奸淫幼女罪（未遂）與猥亵女童
奸淫幼女罪在主觀上具有與幼女發生性關系的犯罪故意和目的，在客觀方面表現為與幼女發生性關系的行為，其實行犯罪的手段行為可以是暴力、脅迫的。奸淫幼女罪的犯罪構成是主觀奸淫目的和客觀奸淫行為的統一，這種主客觀統一的要件是否具備，是奸淫幼女罪（包括既遂和未遂）與猥亵幼女（包括一般違法和犯罪）相區别的标準。
在奸淫幼女罪未遂的情況下、，與既遂一樣，行為人主觀上也具備奸淫幼女的犯罪故意和門的，雖然法律隻要求達到兩性器官接觸，就構成奸淫幼女罪的既遂、但是行為人的奸淫目的決不隻是要接觸，而是要奸入，甚至要達到滿足其性欲的程度：從客觀上看，構成奸淫幼女罪（未遂）的行為人已開始實施暴力、脅迫或非暴力、脅迫的手段行為，也可能已發展到正要以其性器官接觸、奸入幼女性器官的程度，隻是由于行為人意志以外的原因，而未能在開始實施直接的奸淫行為或未能達到兩性器官接觸的程度。
而在猥褒幼女行為的場合，行為人主觀上隻有猥亵幼女、以猥亵行為發洩其性欲的故意，而無奸淫（即奸入）的目的；客觀上可以表現為對幼女實施親吻、摳摸、性器官頂蹭甚至在幼女性器官外部摩擦等強制的或非強制的猥裘行為，但決不能表現為企圖奸入的行為。區分奸淫幼女罪的未遂與猥亵幼女行為。
必須根據上述的二者不同的主客觀要件和特征。因為猥亵幼女行為也可以表現為兩性器官的接觸摩擦，而奸淫幼女罪達到兩性器官接觸程度就屬既遂，因此，兩性器官已達接觸程度的情況，就一定不是奸淫幼女罪的未遂，這時應結合主客觀情況考察判定是奸淫幼女罪的既遂，還是猥亵幼女行為，其關鍵在于查明行為人為什麼沒有奸人。
是未來得及奸人、奸不人，還是根本沒有打算奸入。前者應認定為奸淫幼女罪的既遂，後者應認定為猥亵幼女，應該特别指出，在與幼女性器官剛剛接觸就出現意志以外的原因，而迫使危害行為停止的情況下，決不能輕信行為人的口供就認定其隻有猥亵幼女的故意，而無奸淫幼女的目的。這時要綜合全部案情查明行為人有無奸淫的目的。有奸淫目的的是奸淫幼女罪的既遂；隻有确鑿地證明行為人确實無奸淫目的的，才可定猥亵兒童罪或一般違法行為。
與其他罪行
奸淫幼女罪與強迫賣淫罪、引誘幼女賣淫罪、嫖宿幼女罪的界限
強迫賣淫罪的對象包括幼女、對于強迫幼女賣淫的，應依照本法第358條的規定定罪處罰，即應以強迫賣淫罪定罪，處10年以上有期徒刑或者無期徒刑或者死刑，并處沒收财産。另外，根據本法第358條的規定，強奸幼女後迫使幼女賣淫的，隻定強迫賣淫罪一罪，而不另定奸淫幼女罪，不實行數罪并罰，當然，這裡指的是強奸幼女行為與迫使幼女賣淫行為有聯系的情況；
引誘不滿14周歲的幼女賣淫的行為，構成引誘幼女賣淫罪。并不構成奸淫幼女罪的共犯，嫖宿不滿14周歲的幼女的，在1991年全國人大常委會《關于嚴禁賣淫嫖娼的決定》中被規定為依照刑法關于強奸罪的規定處罰。本法已将這一種行為獨立為一個新罪名，即嫖宿幼女罪，且規定了相對較輕的法定刑，即5年以上有期徒刑，并處罰金。今後司法實踐中應當注意，對于明知賣淫女為幼女而仍嫖宿的，應以嫖宿幼女罪論處，而不能按奸淫幼女罪定罪處罰。需要指出，如果行為人在嫖宿幼女而又強行奸淫該幼女的，應以嫖宿幼女罪和奸淫幼女罪對行為人實行數罪并罰。
康複治療費
未成年被害人進行精神康複治療費用可獲賠，《意見》明确了被告人應當承擔的民事賠償責任範圍。
《意見》第31條規定，對于未成年人因被性侵害而造成的人身損害，為進行康複治療所支付的醫療費、護理費、交通費、誤工費等合理費用，未成年被害人及其法定代理人、近親屬提出賠償請求的，人民法院依法予以支持。其中，康複治療費用包括進行身體醫治和精神診治所支出的費用。
性侵害未成年人犯罪，對被害人最大的傷害往往是精神和心理上的傷害，被害人到醫院進行精神康複治療所支付的醫療費，不同于精神撫慰金，該部分醫療費用，被害人提出賠償請求并提供就診病曆、收費票據等相應證據的，人民法院依法予以支持。在當前對普通刑事案件的被害人進行精神損害賠償尚存在客觀條件及制度障礙的情況下，《意見》規定性侵害未成年被害人進行精神康複治療支出的費用可以得到支持，無疑是一大突破，有利于強化對未成年被害人的保護力度。
人大議案
2014年3月4日，針對近年來兒童傷害案件時有發生的現狀，全國人大代表、全國婦聯副主席趙東花建議修改刑法中有關兒童保護條款。她表示，應提高虐待罪法定量刑的最高刑期。同時應将奸淫幼女罪改為奸淫兒童罪，将男童性侵害案件囊括在内，從重處罰。
