背景
位于獨聯體南部的“山國”塔吉克斯坦面積不大，隻有14萬多平方公裡，高原和山地占國土的93％，是中亞自然條件最差、經濟發展水平最低的國家。塔吉克斯坦600多萬人口中有86個民族，民族關系、宗教問題比較複雜，地區差别很大，又與長期戰亂的阿富汗為鄰，是獨聯體南部安全最薄弱的環節之一。
塔吉克斯坦内部的問題主要有：南北矛盾，是烏茲别克人和塔吉克人之間的矛盾，北方列甯納巴德州經濟比較發達，烏茲别克人主要居住在這裡，塔吉克人生活的南方相對貧困；東西矛盾，是塔吉克族不同部族間的矛盾，東部是帕米爾高原和山區，生活條件差，以牧業為主的“山地塔吉克人”與西部從事農業，生活相對穩定的“平原塔吉克人”有矛盾，其中以原庫利亞布州（獨立後與庫爾幹秋别州合并為哈特隆州）和戈爾諾-巴達赫尚自治州之間的矛盾尤為突出。塔吉克斯坦曆史上伊斯蘭文化非常發達，獨立前後伊斯蘭教的影響迅速擴大。清真寺1989年為79座，到1992年已猛增至2870座。
塔吉克斯坦于1991年9月9日宣布獨立後，國内各種政治、宗教、地方利益集團鬥争日趨激烈，導緻政局持續動蕩。蘇聯後期政治多元化浪潮中成立的“拉斯托赫茲”（複興）運動、塔吉克民主黨、伊斯蘭複興黨聯合向掌權的共産黨人發難，迫使首任總統納比耶夫于10月辭職。其中塔吉克斯坦伊斯蘭複興黨是1990年6月成立的蘇聯伊斯蘭複興黨的重要分支之一，影響很大。時隔一個月，納比耶夫在選舉中卷土重來，再次成為總統。
1992年3月，反對派舉行大規模集會，提出解散議會、政府辭職等政治要求，并于4月發出“最後通牒”，向政府施加壓力。
經過
1992年5月，反對派組織的民兵與政府的國民衛隊發生武裝沖突，在納比耶夫決定向反對派讓步的情況下局勢有所緩解。但伊斯蘭複興黨等反對派并未打算就此止步，在地方開始了武裝奪權，政局再度失控。同年8月，反對派組織2000名武裝人員包圍總統府。
9月7日，納比耶夫被迫辭職，由伊斯坎達洛夫代行總統權力，但庫利亞布州反對新領導人奉行的親伊斯蘭政策，呼籲俄羅斯羅斯和中亞各國向塔吉克斯坦派兵，國家實際上處于割據狀态。10月，吉薩爾和庫利亞布州的民兵武裝開進首都杜尚别，占領總統府、最高蘇維埃大樓等重要設施。
1992年11月，在俄羅斯羅斯、烏茲别克斯坦等國幫助下，塔吉克斯坦首都基本上恢複秩序。同月26～28日，塔吉克斯坦最高蘇維埃舉行非常會議，選舉拉赫莫諾夫為最高蘇維埃主席，決定取消總統制，實行議會制。拉赫莫諾夫成為國家元首。
11月30日，俄羅斯羅斯、烏茲别克斯坦、哈薩克斯坦、吉爾吉斯斯坦四國向拉赫莫諾夫承諾，派維和部隊進駐塔吉克斯坦。俄羅斯羅斯的201摩托化步兵師作為維和部隊的核心駐紮在塔吉克斯坦首都和邊境地區。但塔吉克斯坦内戰實際上仍在延續，12月，杜尚别市自衛隊和吉薩爾民兵發生激烈的武裝沖突。
在失去合法地位後，以賽義德.努裡為首的部分伊斯蘭反對派（或稱反政府武裝）領導人及其追随者1992年11月逃到阿富汗等鄰國，在阿富汗成立了流亡政府并組建武裝力量，1993年秋又在阿富汗成立了反對派政黨——伊斯蘭複興運動，擁有6000多名武裝隊員，與拉赫莫諾夫政權相對抗，經常組織武裝人員襲擊塔吉克斯坦與阿富汗邊境，雙方的武裝沖突時有發生。
如1993年7月，伊斯蘭極端主義武裝人員在塔阿邊界挑起嚴重沖突。反對派武裝人員共200人從阿富汗境内向塔吉克斯坦方面發起進攻，守衛邊界的俄羅斯羅斯邊防軍犧牲28人，200多名平民被炸死。
1994年，反對派在塔吉克斯坦和阿富汗邊界以及塔境内不斷挑起沖突，暗殺、搶劫等恐怖活動加劇，社會治安嚴重惡化，邊境地區日益升級的武裝沖突造成了大量人員傷亡。
調停
除獨聯體鄰近國家以外，國際社會也非常關注塔吉克斯坦内戰問題。1994年2月16日，聯合國駐塔吉克斯坦代表處正式成立，其任務是監督塔吉克斯坦的軍事政治形勢，但不能幹預該國内政。聯合國向塔吉克斯坦派出約有70名成員的觀察團，主要任務是與獨聯體國家維和部隊一道監督沖突雙方對有關協議的執行情況。
1995年5月19日，聯合國安理會通過決議，敦促塔吉克斯坦沖突各方“在相互讓步和妥協的基礎上，完全通過和平的政治手段”實現民族和解。其後，聯合國為在塔吉克斯坦實現民族和解，付出了許多努力和代價，幾次延長觀察團的任期。
1997年4月30日，拉赫莫諾夫總統遇刺負傷。1998年9月22日，出任聯合政府第一副總理的反對派領導成員拉蒂菲在杜尚别被暗殺身亡。同年12月，塔吉克斯坦兩個反對派在首都杜尚别發生武裝沖突，造成5人死亡，4人受傷。
1998年7月，4名聯合國駐塔吉克斯坦觀察團成員在執行例行巡邏任務時，遭不明身份的武裝分子襲擊身亡。在這種形勢下，1995年塔吉克斯坦政府加快了與反對派民族和解的進程，但雙方仍是邊談邊打。1996年2月以後，塔吉克斯坦政府軍和反對派武裝在本國境内的戰鬥不斷升級，反對派堅決要求政府部分成員辭職。
2月4日，拉赫莫諾夫總統下令解除塔吉克斯坦第一副總理烏拜杜羅耶夫和總統辦公廳主任哈耶耶夫等官員的職務，同時決定對反對派武裝分子實行大赦。但此舉并未見到效果，5月，塔維爾達爾地區局勢急劇惡化，政府軍和反對派發生激烈交火，雙方均有人員傷亡。直到12月，拉赫莫諾夫才同努裡簽署了關于實現停火的議定書。
1997年，根據談判的結果，塔吉克斯坦重新進行權力組合，解散反對派的武裝組織，對從事過内戰和政治對抗的人實行大赦，保證難民返回家園和解除對政治活動的限制。6月27日，雙方在莫斯科簽署了《關于在塔吉克斯坦建立和平與民族和睦總協定》，7月20日，雙方基本完成了首輪交換戰俘的工作。
但政府軍内部、反對派武裝内部仍不時發生沖突，收編反對派武裝、收繳民間的武器十分困難。伊斯蘭極端分子采取了一系列恐怖行動，破壞政局穩定和民族和解進程。
1998年1月，反對派一度宣布暫時退出民族和解委員會，原因是政府在落實雙方的協定方面未采取任何行動。2月，拉赫莫諾夫任命了反對派的一些成員為内閣部長。2000年3月31日，曆時兩年半的塔吉克斯坦民族和解委員會在該國順利舉行總統大選後結束曆史使命，并宣布停止活動。同年5月12日，聯合國安理會發表主席聲明，表示由于塔吉克斯坦已最終實現和平，安理會同意從塔吉克斯坦撤出聯合國觀察團的建議。
結果
塔吉克斯坦的和平曆程經過了8年多的時間，戰火曾使5.53萬兒童成為孤兒，并導緻數十萬難民湧向境外。一些塔吉克斯坦反對派控制的地區還成為烏茲别克斯坦等國反政府恐怖分子的後方基地。
另外，塔吉克斯坦的和平非常脆弱，2000年7月，阿富汗的塔利班發動新攻勢，直接進攻靠近塔吉克斯坦邊境的北方聯盟控制區，時間持續一個月。
阿富汗的恐怖分子假道塔吉克斯坦進入烏茲别克斯坦，有些叛亂分子失敗後逃往其他中亞國家，如1998年11月，塔吉克斯坦發生武裝叛亂，以前上校胡多伊别爾德耶夫為首的叛亂分子占據了一些戰略設施，被政府軍擊敗後據稱逃往烏茲别克斯坦。這些都惡化了地區安全形勢和國家關系。内戰使經濟遭到嚴重破壞，2000年塔吉克斯坦國内生産總值僅為8.2億美元。
