内设机构
办公室
负责文电、会务、机要等日常运转工作；承担政务信息、保密、档案、信访、政务公开、政策法规研究和机关后勤行政管理等工作。
综合计划处
编制年度财务部门预算；参与拟订航道发展、建设规划；编制基本建设计划、航道前期工作计划并监督计划执行情况；负责航道基本建设项目的前期工作；承担航道综合性统计、航道基本建设资金筹措、利用外资、对外合作与交流等工作。
基建技术处
承担航道基本建设和航道科技进步管理工作；负责航道基本建设初步设计和施工图设计，组织基建项目的实施、建设项目竣工验收及建设项目的后期评估工作。
航道管理处
承担航道基本建设和航道科技进步管理工作；负责航道基本建设初步设计和施工图设计，组织基建项目的实施、建设项目竣工验收及建设项目的后期评估工作。
财务审计处
编制年度财务部门决算；负责航道行政事业经费、基本建设资金的财务管理和引进外资的财务监督；承担国有资产监管工作；指导并监督本系统财务管理工作；承担船舶过闸费的征收、解缴及票证的使用和管理工作；负责系统内部审计工作。
安全监督处
负责指导、协调航道系统安全生产监督管理和应急管理；组织开展安全生产和应急管理教育、培训，按规定组织、参与安全生产事故或突发事件的综合统计及调查处理；统筹协调航道应急物资储备及劳动保护、内部治安综合治理等工作。
人事处
负责人事管理、劳动工资、机构编制、专业技术职称评审等工作；承办本系统二级单位领导班子及其后备干部考核任免管理工作；承担外事工作和职工教育培训任务；负责局机关和指导直属单位、各区域局离退休人员服务等工作。
监察室
负责本系统纪检、监察、精神文明建设、行风和党风建设等工作；负责局机关和直属单位的党务工作；组织协调全局性的对内对外宣传工作；负责局机关和指导直属单位的统战、共青团、妇女、计划生育等工作。
领导信息
杨三喜，党委书记：主持党委全面工作
简历：
男，1974年5月参加工作，中共党员，本科学历，历任广东省交通厅人事教育处副处长、省交通厅办公室主任兼省交通档案信息管理中心主任，2007年7月任省航道局党委委员、党委书记。
黄祥光，局长：主持行政全面工作
简历：
男，1972年10月参加工作，中共党员，党校研究生学历，历任西江航道局副局长、局长、广东省航道局副局长，2007年7月任广东省航道局党委委员、局长。
荀建群，副局长：分管办公室、人事处(含老干办)工作
简历：
男，1976年1月参加工作，中共党员，党校本科学历，历任海军南海舰队政治部干部处副处长、海军驱逐舰第二支队政治部主任、副政治委员，海军陆战队第一旅政治委员，2006年9月任省航道局党委委员、副局长。
刘阳林，副局长：分管安全监督处工作
简历：
男，1982年8月参加工作，中共党员，党校本科学历，历任省航道建设开发公司经理、广东航建有限公司总经理、省航道局航道管理处处长、珠海航道局局长、党组成员、佛山航道局局长、党组成员，2007年7月任省航道局党委委员、副局长。
马国栋，副局长、工会主席：分管基建技术处、工会工作
简历：
男，1972年8月参加工作，中共党员，大专学历，历任广东省航道局航务工程公司经理、广东省航道局基建处处长、广东省航盛工程有限公司总经理、党委委员、董事、董事长，广东省航道局调研员、省航道局利用外资项目管理办公室主任，2007年7月任省航道局党委委员、工会主席，2012年4月任省航道局党委委员、副局长、工会主席
段翔，副局长：分管财务审计处工作
简历：
男，1986年8月参加工作，本科学历，历任省航道局副总会计师、省航道局航道规费征稽处处长、省航道局财务审计处处长，2006年3月任省航道局总会计师，2014年2月任省航道局副局长。
李雁翀，纪委书记：分管监察室(含机关党委)工作
简历：
男，1990年6月参加工作，中共党员，党校研究生学历，历任省航道局直属机关党委办公室副主任、江门航道局党组副书记、工会主席、纪检组长、省航道局监察室主任，2007年7月任省航道局党委委员、纪委书记。
杨明远，总工程师：分管综合计划处、航道管理处工作
简历：
男，1989年7月参加工作，中共党员，博士研究生学历，历任广州航道局建筑工程公司经理、党支部书记、广东省航道局副总工程师，2002年12月挂职任惠来县科技副县长，2006年3月任省航道局党委委员、总工程师。
