历史沿革
1909年5月，济宁商绅杨毓泗等，以济宁商业繁盛，系南北水陆转运枢纽为由，要求将初建的津浦铁路改经济宁。因津浦铁路已定线开工，决定不再变更，故增建兖州至济宁的支线。线路于1911年10月开工，1912年6月竣工。
1944年4～6月，侵华日军根据其侵略战争的需要，为解决干线缺轨，剜肉补疮，拆支补干，于同年10月间将兖济支线拆除。
1958年，山东省济宁专区专员公署呈请铁道部由地方政府筹建修复兖济支线。山东省政府拨款600万元，济南局提供技术资料和技术力量。兖济支线修复指挥部于年初成立，并负责工程的施工组织等项工作。在“全党全民办铁路”和“先通后备”的口号下，采用“边勘测、边设计、边施工”，按施工计划分段包工修筑。驻军抢运路料，民工承担了土石方工程，济南局第一工程大队参加施工。同年6月开工，10月1日即竣工通车。于此同时，济宁站于1958～1960年修复重建，修复后的站场布局呈菱形，有到发线6条、机车整备线1条、货物线4条、卸煤线1条、装卸线2条，以及候车室1座、客运站台1座。
1976年山东省革命委员会计划委员会报请铁道部修建济菏铁路，全线工程于1977年12月13日正式开工，于1979年建成，1980年投入运行。又于1983年3月14日动工兴建新兖铁路新乡至菏泽段，1985年12月建成通车。随着1984至1985年，新兖、兖石线相继先后通车，形成了西接新乡火车站与京广线，东连兖州火车站与京沪线、兖石线，形成了贯穿东西、呼应南北的铁路网络。
2002年10月，车站对候车室进行了扩建，并增设了电子导乘、导购、安全监控及危险品检测系统。
业务范围
客运：办理旅客乘降；行李、包裹托运。
货运：办理整车、零担、集装箱货物发到；办理整车货物承运前保管。
站场设置
站货场是办理正车、零担、集装箱到发及全路中转的综合性货场，货场总面积137172平方米，其中集装箱货场面积1197平方米，货场现有货物线6条，正车仓库4座，正车雨棚4座，零担中转棚l座，零担仓库4座，笨零作业区1个，集装箱货场1个。一次堆货量达20895吨，年办理量1651000吨，主要发送货物品类有河沙、磷矿、粮食、化肥、轻纺及其他机械工业产品和部分钢材、军用品、零担、集装箱等。
安检安全
根据铁路部门和济南铁路局要求，济宁站的售票厅将设置安检仪器，并启动安检程序。此后，旅客除进站乘车需要在大门处持自身身份证件安检进入以外，到火车站售票大厅买车票也须进行安检，以防止管制刀具易燃易爆等危险品携带进入售票厅和乘客列车。
为了加强火车站安保力量，济宁火车站进站大厅也将启动安检程序，所有旅客购票需要先过安检。济宁站广场有警察值岗特警巡逻已保证所有人员安全和良好的秩序。
服务
济宁站为缓解旅客缺氧、疲劳等症状，济宁站尽量缩短旅客进出车站的路程，车站内将设立电梯。同时，为了保护周边环境，车站将尽量采用当地丰富、无污染的太阳能作为取暖原料。
济宁站删繁就简，以建立一套标准，突出四个考核抓手为核心，创新实施了“1＋4”安全（服务）管理模式，形成了依靠标准建秩序、依靠机制促落实、依靠规矩保安全、依靠规范上质量的良好局面，大大提升了管理水平和服务质量。2007年春运，面对同比增长21%的超大客流，面对日旅客发送量18天超过06年春运最高水平的严峻考验，新的管理模式发挥了巨大作用。
按照“简单就是效力”的管理理念，借鉴现代管理经验，车站删繁就简，以建立一套标准，突出四个考核抓手为核心，创新实施了“1＋4”安全（服务）管理模式，形成了依靠标准建秩序、依靠机制促落实、依靠规矩保安全、依靠规范上质量的良好局面，大大提升了管理水平和服务质量。
2007年春运，面对同比增长21%的超大客流，面对日旅客发送量18天超过06年春运最高水平的严峻考验，新的管理模式发挥了巨大作用。春运40天，车站安全生产持续稳定，服务质量稳步提升，旅客发送量、运输收入一举跃为全局第一。并先后获得山东省“安全生产先进单位”，济宁铁路局“安全生产优质站”、“先进基层党委”、“四好班子”等光荣称号。
