人物經曆
在華山論劍之前，黃藥師曾上終南山拜訪王重陽，王重陽告知打賭輸于林朝英一事，黃藥師識破林朝英的掌心暗藏化石丹。
《九陰真經》出現在江湖之後，引起各路武林人士争奪。最終當世武功最強的五個人—王重陽、黃藥師、歐陽鋒、段智興、洪七公決定在華山論劍，誰奪得“武功天下第一”的稱号則《九陰真經》歸誰。經過七天七夜的比試，王重陽獨魅群雄，獲得了《九陰真經》，但黃藥師也得到五絕之一“東邪”的稱号。
而後黃藥師娶馮衡為妻，先後将曲靈風、陳玄風、梅超風、陸乘風、武眠風、馮默風收歸門下為徒。
王重陽逝世前交代其師弟“老頑童”周伯通将經書上下卷分開藏匿，周伯通在運送《九陰真經》下卷至藏匿地點的途中遇到黃藥師與其新婚妻子馮衡，馮衡憑借其過目不忘的記憶力欺騙老頑童真經為假，周伯通一怒之下毀去經書，而後馮衡默寫出《九陰真經》下卷交予黃藥師。
因黃藥師隻有下卷經書，自負可以從下卷中自創上卷内功基礎，因而發誓若不練成經中所載武功，便不離桃花島一步。
黃藥師的兩個徒弟陳玄風、梅超風互生愛慕，恐黃藥師性格怪癖不予應允，決定竊取了師父的《九陰真經》下卷之後逃走。黃藥師後來得知，一怒之下挑斷了其餘四個徒弟的腿筋，全部逐出師門。
馮衡為了安慰黃藥師，再想把經文默寫出來。但因不懂含義多半忘記，因而苦思幾日幾夜寫下了七八千字而導緻流産生下黃蓉，自己因此逝世。
日後周伯通得知其受騙于黃藥師二人，為防上冊經書被盜，于是攜帶《九陰真經》上卷經書前往黃藥師居所桃花島追讨經文，其時馮衡已死，黃藥師又因周伯通言語相激，與之展開激烈交戰，打斷周伯通雙腳，從此把周伯通困在桃花島上十五年。多年之後發現黃蓉為周伯通送酒及食物，因而責罵她，黃蓉和父親賭氣從而由浙江一路北上。
黃藥師為了找尋女兒打破誓言離開桃花島，在太湖歸雲莊發現了黃蓉、郭靖及為救楊康而來的梅超風。随後黃藥師将陸乘風重收門下，授予“旋風掃葉腿法”以便恢複行走，并準許其傳授桃花島武功給陸冠英。并得知武眠風已死，黃藥師吩咐梅超風找尋《九陰真經》和将其他弟子及家屬帶至歸雲莊。黃藥師因覺得郭靖是洪七公的弟子并打敗了自己徒弟而覺得氣憤，并出手攻擊郭靖，但因黃蓉跳入太湖之中要挾而作罷。
在郭靖和歐陽克來桃花島上向黃蓉求婚，黃藥師出了三道題目，郭靖經“北丐”洪七公和周伯通協助下赢得黃蓉。
在臨安府牛家村，黃藥師從沙通天、彭連虎、楊康等人手中救下了陸冠英、程瑤迦、傻姑。雖然饒過沙通天等人性命但逼迫他們從自己胯下鑽過。因之前聽到尹志平對桃花島出言不遜，便出手教訓他，尹志平卻甯死不屈，反而辱罵黃藥師，黃藥師因此欣賞他的傲骨，放他而去。随後為互相隻認識了先後兩天的徒孫陸冠英和程瑤迦主婚。
後來全真七子被裘千丈所騙誤以為周伯通被黃藥師所殺，因而在牛家村内與黃藥師展開激烈交戰，黃藥師功夫着實了得，在“全真七子”的最大絕學“天罡北鬥陣”之下，仍然能憑“落英神劍掌”等高超武功以一敵七維持平手局面。但歐陽鋒突然出手所緻譚處端和梅超風被殺死，黃藥師也被歐陽鋒嫁禍于身。後來江南七怪趕到，黃藥師決心為梅超風報了殺夫之仇而準備殺死江南七怪，但因郭靖、黃蓉出現而作罷，并為受傷的郭靖治好了傷。随後得知了傻姑正是曲靈風之女，因而将傻姑收入門下傳授武功。
在牛家村外的樹林中，黃藥師得知郭靖原來在蒙古早有親事，本欲出手殺死郭靖，但在黃蓉的乞求下而作罷，并感歎黃蓉對郭靖已經愛之入骨，随後飄然而去。
全真派因歐陽鋒嫁禍，誤将黃藥師當作殺害譚處端的兇手，大舉上門尋仇，歐陽鋒和楊康趁機也來到桃花島，意欲趁火打劫，但黃藥師聽從了江南七怪的建議，乘船離開桃花島，避開全真派，在嘉興遇見郭靖和丘處機，被急欲尋仇的兩人追殺到煙雨樓，再和全真派交戰，黃藥師看破了全真派天罡北鬥陣的弱點，全真派諸人不是黃藥師的對手，但郭靖加入天罡北鬥陣，黃藥師反而難以脫身。
煙雨樓大戰裡，黃藥師聽從女兒黃蓉的請求，負責保護江南七怪中唯一幸存的柯鎮惡，即使柯鎮惡侮辱于他，黃藥師也不計較。
煙雨樓大戰後，黃藥師護送洪七公回桃花島養傷，一年後洪七公傷勢徹底痊愈，黃藥師和洪七公便先後離島，前往華山參與華山論劍。
第二次華山論劍，黃藥師三百招内仍無法擊倒郭靖，自認落敗；後來逆練《九陰真經》的歐陽鋒突然出現，黃藥師運起“彈指神通”，哪知遭歐陽鋒怪異無倫，一口咬住黃藥師食指，無奈之下，連黃藥師隻得默認他“武功天下第一”。
郭靖、黃蓉參與華山論劍之後，由黃藥師主持成婚，在桃花島歸隐，黃藥師性情怪僻，不喜熱鬧，與女兒女婿同處數月，不覺厭煩起來，留下一封書信，要另尋清靜之地閑居，徑自飄然離島。
經過江南陸家莊時，黃藥師使用“彈指神通”壓倒性的力量輕松制服“赤練仙子”李莫愁，并破了她的“冰魄銀針”，順道救走了程英，将她收作關門弟子。
後來程英、楊過、陸無雙遭遇李莫愁，黃藥師便幫助解圍。與楊過一見如故，并願意收楊過為徒，好讓楊過與小龍女在一起，楊過卻不願屈服于禮法，使黃藥師對其更加另眼相看。後來李莫愁說以多欺少，黃藥師不願與她相争，後來便傳授楊過能克制李莫愁武功的“彈指神通”和玉箫劍法後離去。
在郭襄16歲生日之際，運用彈指神通擊殺霍都，并與楊過一同來到英雄大會比武台。随後楊過使用“黯然銷魂掌”與黃藥師一同趕跑潇湘子、尹克西等人，并随後得知世上并無”南海神尼“ 。
蒙古大軍圍困襄陽、郭襄被金輪法王所抓，黃藥師、一燈、周伯通相助郭靖黃蓉守城。黃藥師擺下奇門術數二十八宿大陣與蒙古大軍周旋，後來楊過趕到擊敗金輪法王射殺蒙哥，從而解了襄陽之圍。
後黃藥師與衆人準備去華山祭拜洪七公、歐陽鋒，恰逢一群庸人争奪天下第一，趕跑他們之後黃藥師等人重新确立天下五絕，黃藥師仍為“東邪”。
版本差異比較
在第一版中，《九陰真經》原為黃藥師“賴以成藝”的武學奇書，自第二版開始已經删改。 第二版中的“落英神劍掌”，在第三版中稱為“桃華落英掌”。 在新版的《射雕英雄傳》中，加入了黃藥師與徒兒的各種新關系。
人物設定人物關系
外貌描寫
黃藥師形相清癯，身材高瘦，風姿隽爽，蕭疏軒舉，湛然若神，身穿青衣直綴，頭戴同色方巾，文士模樣。
武功絕學武功
靈鳌步：低頭，雙臂内彎，手肘向前，似箭般向敵人胸口撞去。
附骨針：伸手在人身上輕輕一拍，那針便深入肉裡，牢牢釘在骨骼的關節之中。針上喂有毒藥，藥性卻是慢慢發作，每日六次，按着血脈運行，叫人遍嘗諸般難以言傳的劇烈苦痛，一時又不得死，要折磨到一兩年後方取人性命。
三招火叉、三招掌法：這六招呆呆闆闆，并無變化後着，威力全在功勁之上。常人練武，少則數十招，多則變化逾千，招數雖少，卻也非同小可，黃藥師為傻姑所創。
八卦方位：東邪平日修習上乘内功時所用的姿式。另有數招不知其武功名字的招式，想來是普通易見的招式。招名為：回風拂柳、星河在天。
碧波掌法：桃花島入門功夫，掌勢如波，重重遞進，雖然淺近，卻已含桃花島武學的基本道理。
劈空掌：以八片鐵片所排成的鐵八卦修練，鐵片排法疏疏落落，歪斜不稱。手需浸醋，如尚未散功而手掌受壓，手将毀去。
蘭花拂穴手：拇指與食指扣起，餘下三指略張，手指如一枝蘭花般伸出，姿勢美妙已極。蘭花拂穴手講究的是“快、準、奇、清”。指拂處若春蘭葳蕤出手優雅，氣度閑逸，輕描淡寫，行若無事。與落英神劍掌并用，指可化掌，掌可化指。掌來時如落英缤紛，指拂處若春蘭葳蕤，招招淩厲，豐姿端麗。
彈指神通：右手中指曲起，扣在拇指之下彈出，也可将暗器扣在拇指之下彈出。手法精微奧妙，用于彈射暗器時，射程甚遠，速度之盡急，力道之強勁，與強弓勁弩一般無二，可用于彈落敵兵器，及彈敵穴道。此招式後為多人所學(楊逍、謝煙客)，但不知如何傳出。
玉漏催銀劍：劍鋒成弧，旁敲側擊，去勢似乎不急，但劍尖籠罩之處極廣，除非武功高于其對手以兵刃硬接硬架，否則極難閃避。
落英神劍：從落英神劍掌的路子中演化來，雖不若玉箫劍法的精妙，卻也是桃花島的一絕。劍來時青光激蕩，劍花點點，便似落英缤紛，四散而下。招式「萬紫千紅」等。
玉蕭劍法：劍招精微奧妙，敵人唯覺周身要害皆被劍尖籠罩。劍式潇灑俊雅，是一路自玉箫中化出的劍法。劍招俊雅花俏，仿佛隻求美觀，毫無威力的劍舞，實際妙用非凡，仿佛有黏力可以牢牢粘住他人兵器。招式「箫史乘龍、山外清音、金聲玉振、鳳曲長鳴、響隔樓台、棹歌中流」等。
落英神劍掌：招式「江城飛花、雨急風狂、散花勢」。掌法中有神劍兩字，乃是從劍法中變化而得。掌來時如落英缤紛，四方八面都是掌影，五虛一實，或八虛一實，如桃林中狂風忽起、萬花齊落一般，妙在姿态飄逸，宛若翩翩起舞，而掌淩厲如劍。可與蘭花拂穴手、旋風掃葉腿并用。
旋風掃葉腿：有新舊兩版。舊版為一足支地一足連環橫掃數圈。可與落英神劍掌并用。新版為潛心創出修習下盤的内功秘訣，可以回複行走。這套内功是全部新創，但仍是用上一個舊名。
東風絕技：落英神劍掌與旋風掃葉腿齊施。六掌六腳齊施，六招之下敵人若是不退，接着又是六招，招術愈來愈快，共六六三十六招。
碧海潮生曲：曲子仿真大海浩淼，萬裡無波，遠處潮水緩緩推近，漸近漸快，其後洪濤洶湧，白浪連山，而潮水中魚躍鲸浮，海面上風嘯鷗飛，再加上水妖海怪，群魔弄潮，忽而冰山飄至，忽而熱海如沸，極盡變幻之能事，而潮退後水平如鏡，海底卻又是暗流湍急，于無聲處隐伏兇險，更令聆曲者不知不覺而入伏，尤為防不勝防。以内功催動此曲，短時間内可亂人心神。
制藥
九花玉露丸：有一股清香沁人心脾。以搜集九種花瓣上清展的露水所制。調配這藥丸要湊天時季節，極費功夫，所用藥材多屬珍異。
無常丹：猩紅如血的丹藥。天下傷藥，隻怕無出桃花島無常丹之右。
田七鲨膽散，等
奇門術數
五行生克、陰陽八卦的變化、五行生克變化，說來似乎玄妙，實則是中國古人精研物性之變，因而悟出來的至理，通陰陽之道，反鬼神之說，中國醫學、曆數等等，均依此為據，所謂“五運更始，上應天期，陰陽往複，寒暑迎随，真邪相薄，内外分離，六經波蕩，五氣傾移”。
奇門五轉：掌影飄飄，出手快捷無倫。受攻者似一座大山重重壓向來，眼前金星亂冒，堪堪抵擋不住。招如其名，是從奇門五術中變化出來的招式。
五行大轉：為桃花島陣圖的根基。
二十八宿大陣：黃藥師在觀察全真教的天罡北鬥陣後，潛心苦思，參以古人陣法，創下這二十八宿陣來，有心要與全真教的道士們較個高下。
一百一十三根竹簽陣：此陣排列得零零落落，非九宮八卦，梅花五出或梅花樁功夫。
詩詞對聯
“桃花影落飛神劍，碧海潮生按玉箫”為武功寫照。
“魑魅魍魉，四小鬼各自肚腸” 對絕對“琴瑟琵琶，八大王一般頭面”，出自黃蓉之口，原為黃藥師所對，當時陳玄風、曲靈風、陸乘風、馮默風四弟子随侍在側，黃藥師以此與四弟子開個玩笑。
“乞丐何曾有二妻？鄰家焉得許多雞？ 當時尚有周天子，何事紛紛說魏齊？”這首詩是黃藥師所作，他非湯武、薄周孔，對聖賢傳下來的言語， 挖空了心思加以駁斥嘲諷，曾作了不少詩詞歌賦來諷刺孔孟。
人物評價
倪匡：東邪黃藥師是上中人物，灑脫不羁，把普天下都當作腳底下泥，他不喜歡傻小子郭靖，是情理中事。本來，黃藥師可算是絕頂人物，但是他遷怒，銅屍鐵屍偷了九陰真經，與其他弟子何關？何況真的如此超絕，又何必如此重視九陰真經？難道無所不能的黃老邪，就非靠九陰真經不可？自己不會去創出比九陰真經更高的武功來？至于要在愛妻墳前，焚化九陰真經，那是執着的做作，不是至情至性的表現，所以，連上上人物都不是，隻是上中人物。
吳霭儀：他不落俗套，不為世俗思想所規限，他任性癡情而極度浪漫。妻子亡故，他戀戀不忘，十幾年中，夜夜在她墓旁吹箫相伴，墓中供着的是他親筆所繪的小像及最精巧的珍玩，他做了花船，思算攜了她的玉棺，月夜出航，讓海浪打碎船身，與她一同葬身大海，這是何等癡情，又何等浪漫。而且他的浪漫，不是做夢的少年的浪漫，而是一個懂得愛也懂得欲的成熟男子的浪漫。他的重視真情，一生渴望思念也在所不計。所以，他看見黃蓉深愛郭靖，難舍難分，他便共鳴而發出悲吟：“且乎天地為爐兮，造化為工！陰陽為炭兮，萬物為銅！”這樣的人自是驕傲的，所以是“東邪”，而黃藥師的缺點也太多太多，“偉大”、“英雄”、“完美”的這些字眼不能用到他身上，但這麼多才多藝多令人傾心之處的人，有缺點又有什麼關系？
影視形象
