機構設置
院長
呂建（副校長）
常務副院長
許鈞
副院長
朱俊傑，朱易然（蘇州研究生院）
院長助理
張巧林
綜合辦公室
主任：張巧林
成員：馬曦
招生辦公室
主任：陳謙
副主任：李松
成員：陸國平，邊鶴華，趙仁鈴
培養辦公室
主任：卞清
成員：吳珺瓊，鄒冬雲，仇鵬飛，葉鵬飛
校學位評定委員會辦公室
主任：吳曉曼
成員：夏紅雲，金光
思想教育與管理辦公室
主任：陳靜
成員：敖永勝，周玥，宋志萍
黨委研究生工作部
部長：杭祝洪
副部長：陳靜
成員：敖永勝，周玥，宋志萍
蘇州研究生院
院長：呂建（副校長）
副院長：朱易然
成員：薛業飛，楊茜
專業學位辦公室
主任：朱易然
成員：薛業，飛楊茜
主要職能
綜合辦公室
協助院長協調研究生院日常行政工作；負責各類經費的管理與使用；負責學期工作總結及工作計劃的彙總與上報；負責印信的管理與使用，信件、文件收發、管理與歸檔；負責計算機網絡與信息管理；負責對外接待與聯絡，各類會務組織與安排；負責院長辦公會議及全院工作會議；負責院内人事管理工作；負責招标、采購、固定資産管理工作；負責各類物品的管理與使用。
招生辦公室
招生辦公室主要負責南京大學研究生的招生、考試及錄取；研究生各類招生計劃的申報管理；研究生招生政策的制定或修訂；國家和學校專項招生計劃的實施與落實；各級招生管理部門的溝通聯絡；招生先進的評選；招生政策的學習、研究及培訓等。
培養辦公室
建立健全學術學位研究生培養的各類規章制度；學術學業研究生學籍事務服務管理；學術學位研究生教學教務工作服務管理；學術學位研究生培養過程的學業支撐、過程考核、學業預警、服務管理；學術學位研究生培養機制改革推進；學術學位研究生教育的國際化交流；學術學位研究生教育的質量監控與督導。
學位管理辦公室
作為校學位評定委員會下設的日常辦事機構，學位辦公室受理校學位評定委員會日常工作，負責學位與導師隊伍建設相關工作。主要工作職責為：n一、根據工作需要，報請校學位評定委員會副主席、分管領導批準，組織召開校學位評定委員會全體會議；
二、負責組織和協調碩士、博士學位申請審核、學位信息審核上報工作；
三、負責辦理碩士、博士、名譽博士學位證書；
四、負責組織研究生導師基本資格申報、遴選及導師隊伍建設工作；
五、負責博士學位論文答辯前抽檢盲審的組織和送審工作，定期進行學位授予質量的檢查和評估；
六、負責向國家圖書館及專業圖書館報送獲得博士、碩士學位的學位論文；
七、負責優秀學位論文的組織、評選、推薦工作；
八、處理校學位評定委員會授權辦理的其他有關事宜。
黨委研究生工作部（思教辦公室）
南京大學黨委研究生工作部由校黨委直屬領導，與研究生院思想教育與管理辦公室合署辦公，負責全校研究生的思想政治教育和學生事務管理的機構。主要職能是開展研究生的思想政治教育、資助管理、隊伍建設、社會實踐、獎懲等事務管理和服務工作、協助開展黨團建設與指導群團工作等。
專業學位管理辦公室
專業學位辦公室主要負責專業學位研究生培養和教學工作；專業學位研究生學籍和畢業管理工作；專業學位研究生出國（境）交流項目選派工作；專業學位實踐基地建設和管理工作；專業學位校外兼職導師評聘和管理工作；專業學位授權點的申報和評估工作；專業學位在職生和同等學力學習等工作。nn
科研成就
排名
2006年榮獲國家自然科學一等獎；10年來取得國家自然科學二等獎12項，名列大陸高校第一。
在最能反映基礎研究水平的SCI論文榜上曾經在我國大學中領跑7年；在國際頂尖雜志《Science》和《Nature》發表的論文數全國第一。
1995年，世界頂級學術期刊《Science》發布的大學排行榜中，南京大學位列中國高校第二，僅次于北大。
英國倫敦泰晤士報最新全球頂尖大學排行榜，南京大學位居143位，位于亞洲大學第27位，居國内高校第五。
上海交通大學高等教育研究所2008年世界大學學術排名，居國内高校第一。
2009年中國高校國家重大自然科學獎排行榜，位居國内高校第三。
2002年、2003年、2004年、2005年、2007網大中國大學排行榜，位居國内高校第三。
中國管理科學研究院《中國大學評價》課題組武書連：2009年中國15所一流大學之一，2009年中國研究型大學研究生創新環境排名，位居國内高校第四。
實驗室
國家實驗室（1個）：南京微結構國家實驗室（籌）
國家重點實驗室（6個）：固體微結構物理國家重點實驗室、現代配位化學國家重點實驗室、計算機軟件新技術國家重點實驗室、内生金屬礦床成礦機制研究國家重點實驗室、醫藥生物技術國家重點實驗室、污染控制與資源化研究國家重點實驗室（與同濟大學合建）
教育部重點實驗室（8個）：海岸與海島開發教育部重點實驗室、中尺度災害性天氣教育部重點實驗室、介觀化學教育部重點實驗室、生命分析化學教育部重點實驗室、高性能高分子材料實驗室、近代聲學教育部重點實驗室、現代天文與天體物理教育部重點實驗室（籌）、模式動物與疾病研究教育部重點實驗室（籌）
教育部工程中心（2個）：蛋白質與多肽新藥教育部工程中心、水處理與水環境修複教育部工程中心
重點學科
一級學科國家重點學科（8個）：中國語言文學、數學、物理學、天文學、化學、計算機科學與技術、地質學、生物學
二級學科國家重點學科（13個）：馬克思主義哲學、世界史、政治經濟學、企業管理、英語語言文學、社會學、情報學、微電子學與固體電子學、材料物理與化學、環境科學、氣象學、自然地理學、外科學（普外）
國家重點（培育）學科（6個）：世界經濟、經濟法學、中國近現代史、大氣物理學與大氣環境、水文學及水資源、環境工程
發展目标
随着南京大學“211工程”全面實施和“985工程”二期的啟動，南京大學研究生教育将努力探索高素質高層次人才培養的新思路、新模式，把南京大學研究生教育的各項工作紮紮實實落到實處，為南京大學創建世界一流大學的目标勤奮工作。
