剧情简介
故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。
萌学园现况
萌学园即将迎接热闹的开学日，各路消息都暗示着帕主任即将摆脱代理校长的命运，取代到各地巡回演讲的罗博高校长，正式升任。而当各具特色的新生陆续报到，萌学园也开始出现一些奇怪的现象。就在众人开学之际，电话亭突然铃声大响，跌出了满身是伤的长老会密使－老兵大军，他更带来充满疑点的讯息…“复活石”！
大军好不容易终于清醒，但没想到他竟然失去短期记忆，完全不记得“复活石”是什么，以及自己怎么会到萌学园？另一方面，校园发生师生失控的事件，造成学生与卜快老师之间的鸿沟加深，在此同时，还有神秘新生也悄悄现身…卜快老师使用的音乐盒藏在保健室的床下，被潼恩和艾瑞克找到交给帕主任。意外发现音乐盒的设定时间和同学失控时间完全符合。
卜快老师与神秘人制造出的“心灵钥匙”究竟是什么？绑住大军放入“心灵钥匙”手上出现“心灵钥匙”印记，攻击其他人交出“复活石”，“复活石”究竟是什么？没想到竟然是可以让闇黑大帝复活的重要元素...闇黑大帝即将复活，卜快老师究竟有什么目的？
分集剧情
第1集
萌学园即将迎接热闹的开学日，各路消息都暗示着帕主任即将摆脱代理校长的命运，取代到各地演讲的罗博高校长，正式升任。而当各有特色的新生陆续报到，萌学园也开始出现一些异状。就在众人开学之际，电话亭突然铃声大响，并且冒出许多浓烟，导致传输同学们的速度变慢，随后跌出了满身是伤的长老会密使－老兵大军，并且还被一名神秘人物抓着，老兵大军更带来充满疑点的讯息“复活石”，“复活石”究竟是什么？
新生入萌学园时电话亭有冒出浓烟且老兵大军与卜快老师进萌学园时也有浓烟，爓王怀疑电话亭有问题。卜快老师用一个疑似音乐盒的东西，放在保健室大军的病床下。
第2集
大军好不容易终于清醒，但没想到他竟然失去短期记忆，完全不记得「复活石」是什么，以及自己怎么会到萌学园？另一方面，校园发生师生失控的事件，造成学生与卜快老师之间的鸿沟加深，在此同时，还有神秘新生也悄悄现身…
第3集
神秘新生-诺蓓儿、时尚教主-普莉丝老师，相继报到。另一方面，大军的病症时好时坏，根本问不出重要情报。经连日的努力后，帕主任好不容易联络上长老会，老师们和萌骑士们因此得知「复活石」和「诅咒石」的存在，令人惊讶的是，这两颗石头，竟然和闇黑大帝的复活有关！
第4集
大军使出「千军难买早知道」的分身在萌学园内四处搜索「复活石」，把校园搞得鸡飞狗跳。新生阿肯为了追求梦中人－蘑朵而来到萌学园就读，没想到蘑朵竟煞到帅气的学生会长爓王，让阿肯觉得备受威胁。而夹在蘑朵和陶喜儿之间的爓王，开始感受到人红的压力。另一方面，传奇英雄雷普在校内越来越受欢迎，连潼恩都对雷普另眼相看、心生崇拜，两人越走越近。
第5集
大甜甜为治疗大军而找来的救兵终于赶到，众人一看，发现原来是当年的宜静小护士回来了！而在地球学医多年的她，如今早已是身怀各式医疗证照的Dr.宜静！雷普荣登校园新人气王，学生会长爓王为一别苗头，特举办“校园试胆大会”来掳获人心。卜快老师看到学生试胆痛苦的样子，脸上露出一抹冷笑，竟因此召唤出大军破碎的记忆，大军想起似乎在哪看过卜快！大军的疗愈始终没有进展，大甜甜决定急召欧趴回萌学园帮忙，没想到欧趴竟莫名失联，让众人开始担心欧趴遭遇不测！
第6集
在Dr.宜静的协助下，终于解决了大军的分身失控事件。诺蓓儿在学园内急寻的神秘黑手套，被闇黑力量趋动，悄悄在学园内兴风作浪，竟然危害到陶喜儿生命安全！？Dr.宜静怀疑这是诺蓓儿与闇黑势力勾结的证明？而诺蓓儿对谜亚星奇怪的态度，让谜亚星感到十分不解。最后诺蓓儿终于找手套了！但是居然戴在玛堡手上，而且玛堡对阿肯使用了黑手套，让阿肯陷入危机！
第7集
神秘黑手套被证明是暗黑族的三大黑暗手套之一，诺蓓儿也因为黑手套遭到同学们的排挤。就连谜亚星也怀疑诺蓓儿的身分，却是最让诺蓓儿感到伤心。在一旁观察两人互动的艾瑞克，似乎对诺蓓儿的真实身份有了答案？（诺蓓儿，谜亚星是兄妹）而卜快老师和杰西在帕主任的办公室偷偷摸摸，究竟有什么阴谋？
第8集
战情室接收到紧急讯息，讯号来源是人在地球的十之星欧趴。由于讯号中断，一直无法和欧趴取得连系，萌骑士们都十分担心夥伴十之星的安危。艾瑞克和谜亚星计划前往地球寻找欧趴，这个计划让诺贝儿有不详的预感...
