曆史
創始人亨利·賈維斯·雷蒙德在大學時，就曾為格裡利的報刊投稿，畢業後即成為格裡利的首席助手，後來同格裡利發生沖突，便離開《紐約論壇報》，另圖發展。在1851年，雷蒙德和喬治·瓊斯分析紐約報界的情況後發現：《紐約太陽報》《紐約先驅報》《紐約論壇報》這三大便士報雖然都獲成功，但《太陽報》和《先驅報》的新聞過于刺激，而《論壇報》又過于偏激。于是他決定創辦一份純正、議論平和的報紙，來打破當時在紐約盛行的花花綠綠的新聞報道方式。
1851年9月18日，《紐約每日時報》創刊，售價1美分。1857年9月14日改用《紐約時報》，平日出90多版，星期日140版。1983年11月13日的一期星期日版達1572版，重量45千克多。發行量平日1056萬份，星期日164萬份（1987年）。
1869年，雷蒙德去世後，《紐約時報》的發行人由喬治·瓊斯接替。在他主持期間，《紐約時報》揭露坦慕尼協會巨額貪污案，轟動一時。
1896年，阿道夫·奧克斯借了75000美元收購了瀕于破産的《紐約時報》，當時發行量約為9000份，負債30萬且每周虧損2500多美元。奧克斯在接辦《紐約時報》時就确定了時報的新聞報道原則：“力求真實，無畏無懼，不偏不倚，并不分黨派、地域或任何特殊利益。”
他大膽地增刊擴版，在新聞報道上不惜投資，大量增加在當時頗為稀有的國際新聞内容。在他的領導下《紐約時報》獲得了國際性的認可和聲譽。雖然當時美西戰争使得黃色新聞大行其道，但時報發行量依然到達8萬2千餘份。兩年後，《紐約時報》的銷售量就超過了10萬份大關。1897年他提出了《紐約時報》的格言：“所有值得印刷的新聞”。這個格言被公認為對“黃色新聞界”的挑戰。奧克斯要求出版一份嚴肅、莊重、富有教養的報紙提供給紐約精英階層，同時也提出了一個針對黃色新聞的響亮口号：“報紙不該弄髒人們早餐的餐巾”。
1935年，奧克斯去世之後，其婿索爾茲伯格任發行人兼社長，直至1961年。後為索爾茲伯格家族所有，與洛克菲勒财團關系密切。1969年起從家族企業變為股份公司，成為擁有多家美國報紙、雜志、電視台、廣播電台和國外聯合企業的大報團。
《紐約時報》第四代發行人是索爾茲伯格的獨子，人稱“彭區”的阿瑟·奧茨·索爾茲伯格，他勵精圖治，選拔麥森、羅森索等優秀編輯、經營人才，引進先進技術，開拓多元化經營。彭區在任30年，時報走出了瀕臨崩潰的困境，積累了雄厚的物質基礎，1963年時報的總收入為1億美元，到1991年，時報總公司的收入已達17億美元，在這一過程中，《紐約時報》也完成了由家族式經營向市場式經營的轉型。
1992年，經過多年培養後，彭區将時報發行人大印傳給兒子小阿瑟·奧茨·索爾茲伯格。小阿瑟比父輩更追逐利潤，他試圖促成《紐約時報》平民化，使各種人群都能夠接受，因此涉及“煽情新聞”，使得《時報》一度失去公衆的信任。
2004年，報道伊拉克戰争“情報門事件”挑戰攻伊正當性。
2008年12月，受到次級房貸風暴和延伸的全球經濟衰退影響，出現周轉問題，将總部大樓抵押貸款。
2009年1月20日，向墨西哥富翁和電信巨頭卡洛斯·斯利姆·埃盧借款250億。
2009年3月9日，将新大樓的股份作價225億出售回租（sale-leasebackagreement）。保留在2019年之前以250億買回的權利。
2010年，為了維持盈利，《紐約時報》探索線上訂閱等經營模式。
2012年6月28日，《紐約時報》中文網上線。網頁版式與英文網站風格相對統一，并将《紐約時報》先進的數字化運營經驗運用于中文網。
2012年8月14日，英國廣播公司前總裁馬克・湯普森被任命為《紐約時報》新任執行總裁。
2014年3月26日，紐約時報公司公布了兩個新的數字訂閱模式，這兩個新等級模式會提供給消費者新低價和溢價模式。
2017年4月10日，《紐約時報》因對俄羅斯總統普京試圖擴大俄在海外的影響力的相關報道獲得2017年普利策國際報道獎。
美國當地時間2018年4月16日，《紐約時報》自由撰稿人JakeHalpern和自由漫畫家MichaelSloan榮獲2018年度普利策獎社論漫畫獎。
2019年11月28日，《紐約時報》評選了2010年代（2010年—2019年）十年間最具影響力的10部影片，《美國狙擊手》《複仇者聯盟》和《黑鲸》等成功入選。
發行
在1851年9月18日它的首刊中該報寫到：“今天我們發行紐約每日時報的首刊，我們打算在今後無限期内每天早晨（周日除外）發行一刊。”1957年，該報也在周日發行。周日版是《紐約時報》每周篇幅最大的一版，除新聞報道外其中還包括許多專欄如食品、旅遊、藝術和其它文化專題。
2016年，紐約時報進入美國發行量前10名。
版面
紐約時報傳統的版面風格高貴、嚴肅，但拘謹保守，版面上一片灰色，被稱為“灰貴婦”。1975年，執行總編輯艾布·羅森索對版面作了改變，将報紙分為A、B、C、D四個單元，針對不同讀者，設計推出了多種專刊。當時紐約時報的經營已經到了虧損的邊緣，由于這次成功的設計，營業額驟增，一下子扭轉了劣勢。這種分為四個單元的編報方式也引得其他美國報紙紛紛效仿。
1997年，時報新的印刷廠建成使用，開始引進彩色新聞與廣告，巨幅照片及圖解的應用也使版面更進一步發展。每天固定刊出五疊：A疊要聞，B疊“大都會新聞”，C疊“經濟生活”，D疊“體育”，E疊“藝術”。其餘是有固定受衆群的專刊，輪流出現。
在時報，版面設計工作由一個專門部門完成，叫做“藝術設計部門”。這個部門十分龐大，包括13位版面組合編輯、15位藝術設計專家、16位圖表設計編輯和地圖制作專家、藝術制作專家等。除第一版新聞的畫樣工作屬于編輯主任（夜間部總編輯）外，所有内部版面的編排均由版面組合編輯來完成。
特點
在新聞報道方面《紐約時報》将自己看做是一份“報紙記錄”，這個政策的結果是除紐約當地的新聞外，《紐約時報》很少首先報道一個事件。而假如它真的首先報道一個事件的話，那麼這個報道的可靠性是非常高的，因此往往被世界上其它報紙和新聞社直接作為新聞來源。在美國大多數公共圖書館内都提供一份《紐約時報》索引，其内涵是《紐約時報》對時事的報道文章。《紐約時報》享有可靠的新聞來源的聲譽。它的社論一般被認為是比較開通的。不過實際上它的社論是由許多不同的作者撰寫的，而他們的觀點則從左到右各不相同。
網絡版
1996年1月，紐約時報公司建立了自己的報紙網站，提供《紐約時報》的在線閱讀。1999年紐約時報公司整合了網絡方面的業務，成立了獨立核算的數字《紐約時報》（NewYorkTimesDigital）部門，負責《紐約時報》網站和波士頓環球網在内的40餘個網站的業務，并設有各種類型的數據庫以供讀者查閱。
數字版的《紐約時報》在創辦的第一年就已開始盈利，2003年數字版《紐約時報》營業收入88046萬美元，稅後利潤20431萬美元，比2002年增長1474%。《紐約時報》網站，2002年創造利潤1600萬美元，2004年上半年又赢利1730萬美元。在美國報業協會的評選中，《紐約時報》網絡版2004年和2005年連續兩年被評為全美最佳報紙網絡版，2005年其地産版塊還獲得了最佳地産版的殊榮。
2014年1月，《紐約時報》網絡版進行改版，改版後的主要變化有：
網頁更加簡潔，界面大量留白，去掉衆多瑣碎模塊。
文章頁去除了分頁符。
多媒體内容擁有更大展示空間。
鼓勵用戶直接從文章進入到下一篇文章，不必再回主頁。
網頁對移動終端的适配性提高。
廣告位置更少，研發更多新的廣告形式。
首次推出了原生廣告。
網站底層技術架構改變。
評價
《紐約時報》在美國的影響可謂是巨大而深遠，它是美國人生活中不可或缺的一部分。每天早晨在上班前，從地鐵站花2美元買一份《紐約時報》已經成為許多美國人生活中的一部分。（新浪網）
《紐約時報》從經營到内容生産，包括對社會問題的觀察，應該說都是報業的楷模。（人民大學教授宋建武）
醜聞
《紐約時報》
2003年，《紐約時報》承認其名下記者傑森·布萊爾多年在其新聞報道中做假。《紐約時報》的名譽為此大降。布萊爾被立刻解雇。其他一些重要的人物如社論欄的頭也被迫辭職。
2004年5月26日，《紐約時報》再次承認在它的新聞報道中發生了錯誤。它承認在美國對伊拉克的戰争爆發前錯誤地促進了公衆對伊拉克擁有大規模殺傷性武器的信任。
2005年7月6日，《紐約時報》記者茱蒂絲·米勒因拒絕透露消息來源遭法院判刑入獄。
2014年3月4日，《紐約時報》糾正161年前一篇報道介紹了所羅門·諾瑟普的錯誤報道。
2021年2月多名世界衛生組織專家及相關研究人員駁斥美國《紐約時報》，認為該報“故意歪曲”“斷章取義”，所謂“中方拒絕分享可能讓世界更加了解新冠疫情起源的原始數據”的報道與他們在中國的經曆不符。
2021年6月，《紐約時報》的華裔記者黃瑞黎抹黑中國疫苗在巴林、塞舌爾、智利和蒙古等國“無效”的文章。标題是“他們依賴了中國的疫苗。現在他們仍在與疫情搏鬥”。
2022年2月，《紐約時報》承認向推特公司舉報：數百名曾經發布過北京冬奧會積極内容的用戶，指控這些賬号是受中國政府控制的機器人或是虛假賬号。推特公司随即照辦，全部封号。
