曆史
始建于明弘治（1488-1505）年間；
清康熙二十三年（1684）年集資重建，乾隆三十年（1765）年擴建，規模宏大，翼形結構。脊高7米，寬5間30米，深20米，可容上千人禮拜。
老寺于1975年“沙甸事件”中被毀。
1980年，由政府撥款和群衆捐資，在原址上重建了沙甸大清真寺。大寺總占地面積2.1萬平方米，準備建大殿占地面積在3000平方米左右，拟建二層，一層為半地下層，二層為禮拜殿，建成具有伊斯蘭特色的朝真殿。
2005年又進行了開工擴建，新的禮拜殿建築面積17700平方米，可容納10000人同時做禮拜。
構造及特點
新擴建的沙甸大清真寺沿中軸線左右對稱，由和諧廣場、大殿、四個宣禮塔、和講經堂組成。
占地面積約90 畝，建築面積17708.87平方米，其中大殿面積為3000平方米，兩個附殿分别為900平方米，可容納10000人同時做禮拜，四個宣禮塔高93米。
沙甸清真寺以阿拉伯建築風格為主，部分承襲了中國傳統建築。雖然曆史上沙甸清真寺幾經修擴，但仍保留着明、清建築特色和格局，整個建築典雅氣派。
曆任教長
1、田家培，田應福師台之叔父，雲南近代著名的四大阿訇之一，雲南著名手抄本《古蘭經》的書寫者與整理者；出任沙甸大清真寺教長之後，任大莊清真寺教長，直到病逝于大莊。
2、王家鵬，王樹義師台之父，雲南近代著名的四大阿訇之一，雲貴川三省總教長；任大莊清真寺教長之後，出任沙甸大清真寺教長，直至病逝，葬于沙甸。他一身政績卓越，曾平息沙甸“嘎迪母”與“依赫瓦尼”兩派勢力之間的争鬥;
3、馬文福，馬開賢教長之父，雲南開明大阿訇，烈士；王家鵬教長病危前，曾親口指定他為教長；沙甸事件期間為主道獻身
4、林應祥，沙甸人民的“為人師表”與“學子型儀”，以“林以瑪”而被著稱；沙甸事件前曾連任“伊瑪目”。
5、王紹美，“依赫瓦尼”大阿訇，馬才忠師台的老師；沙甸事件前夕，馬文福教長辭退後，被接任為教長。
6、張子仁，曾與馬堅先生等四人同赴埃及愛資哈爾大學留學，專功“伊斯蘭教法”，回來後任教。他是當時書籍資料最多的阿訇之一。
7、馬開賢，現任教長，沙甸衆望所歸的掌事人，中國伊斯蘭教協會副會長，全國政協委員，雲南省政協副主席，雲南省伊斯蘭教協會會長，昆明經學院院長。
