傳統的作法
制作一個水琴窟比想像中的要困難的多，因為所有的零件必須經過細微的調整才能确保它發出好的聲音。水琴窟最重要的部份在于它的壺，也就是被倒轉埋在土裡的那部份，在早期是用裝米或裝水的器具做成的，不論是否有上釉的陶壺都可以用，近來也有出現鐵做的水琴窟。未上釉的壺是比較好的，因為它粗糙的表面有助于形成水滴。壺的高度為三十厘米至一米，直徑為三十厘米至五十厘米。在頂端的洞直徑則大約是兩厘米。它的原理跟鐘很類似，水琴窟的壺被敲擊到的時候會發出聲響；發出好聲音的壺制作出來的水琴窟聲音也就會好，反之就像碎裂的鐘一樣發不出好聲音。
水琴窟的橫切面圖
水琴窟通常埋在碎石子地裡，在壺的底端會用泥土砌好密封以便盛水，且有一根排水管确保水位不至過高。在壺的旁邊通常會有陶制的磚，壺的上面則會被拳頭大小的石頭完全蓋住。傳統習慣上水琴窟會埋在一顆踏腳石以及日本茶道用的“手水缽（一個用來洗手的水池）”中間，制作與設計水琴窟的材料範圍也很廣，通常視所在當地的狀況而定。
通常隻會有一個壺埋在一個手水缽之下，不過在少部份的情況下同一個手水缽會接連埋着兩個壺，譬如說日本愛知縣日進市的岩崎城公園、群馬縣高崎市的創造大學以及京都的京都大學。不過要在兩個長達五十厘米的壺上面找到一個最适合洗手的地方是困難的一件事，所以這樣的設計其實是希望人故意潑水在兩個壺之上來發出聲音。雖然目前為止還沒有，但是埋着多于兩個壺的水琴窟也是有可能的情形。
心理方面的概念
水琴窟重要的概念之一就是這是一個隐藏起來、看不見的裝置。當訪客在洗手的同時，也會聽見從地底下傳來令人愉悅的聲音。洗手的動作也可以被視為在彈奏“水琴窟”，洗完手後水的聲音很快的會消失。水滴清澈的聲音被認為可以幫助放松心情，也象征了美麗與和平。
