内設機構
辦公室
負責文電、會務、機要等日常運轉工作；承擔政務信息、保密、檔案、信訪、政務公開、政策法規研究和機關後勤行政管理等工作。
綜合計劃處
編制年度财務部門預算；參與拟訂航道發展、建設規劃；編制基本建設計劃、航道前期工作計劃并監督計劃執行情況；負責航道基本建設項目的前期工作；承擔航道綜合性統計、航道基本建設資金籌措、利用外資、對外合作與交流等工作。
基建技術處
承擔航道基本建設和航道科技進步管理工作；負責航道基本建設初步設計和施工圖設計，組織基建項目的實施、建設項目竣工驗收及建設項目的後期評估工作。
航道管理處
承擔航道基本建設和航道科技進步管理工作；負責航道基本建設初步設計和施工圖設計，組織基建項目的實施、建設項目竣工驗收及建設項目的後期評估工作。
财務審計處
編制年度财務部門決算；負責航道行政事業經費、基本建設資金的财務管理和引進外資的财務監督；承擔國有資産監管工作；指導并監督本系統财務管理工作；承擔船舶過閘費的征收、解繳及票證的使用和管理工作；負責系統内部審計工作。
安全監督處
負責指導、協調航道系統安全生産監督管理和應急管理；組織開展安全生産和應急管理教育、培訓，按規定組織、參與安全生産事故或突發事件的綜合統計及調查處理；統籌協調航道應急物資儲備及勞動保護、内部治安綜合治理等工作。
人事處
負責人事管理、勞動工資、機構編制、專業技術職稱評審等工作；承辦本系統二級單位領導班子及其後備幹部考核任免管理工作；承擔外事工作和職工教育培訓任務；負責局機關和指導直屬單位、各區域局離退休人員服務等工作。
監察室
負責本系統紀檢、監察、精神文明建設、行風和黨風建設等工作；負責局機關和直屬單位的黨務工作；組織協調全局性的對内對外宣傳工作；負責局機關和指導直屬單位的統戰、共青團、婦女、計劃生育等工作。
領導信息
楊三喜，黨委書記：主持黨委全面工作
簡曆：
男，1974年5月參加工作，中共黨員，本科學曆，曆任廣東省交通廳人事教育處副處長、省交通廳辦公室主任兼省交通檔案信息管理中心主任，2007年7月任省航道局黨委委員、黨委書記。
黃祥光，局長：主持行政全面工作
簡曆：
男，1972年10月參加工作，中共黨員，黨校研究生學曆，曆任西江航道局副局長、局長、廣東省航道局副局長，2007年7月任廣東省航道局黨委委員、局長。
荀建群，副局長：分管辦公室、人事處(含老幹辦)工作
簡曆：
男，1976年1月參加工作，中共黨員，黨校本科學曆，曆任海軍南海艦隊政治部幹部處副處長、海軍驅逐艦第二支隊政治部主任、副政治委員，海軍陸戰隊第一旅政治委員，2006年9月任省航道局黨委委員、副局長。
劉陽林，副局長：分管安全監督處工作
簡曆：
男，1982年8月參加工作，中共黨員，黨校本科學曆，曆任省航道建設開發公司經理、廣東航建有限公司總經理、省航道局航道管理處處長、珠海航道局局長、黨組成員、佛山航道局局長、黨組成員，2007年7月任省航道局黨委委員、副局長。
馬國棟，副局長、工會主席：分管基建技術處、工會工作
簡曆：
男，1972年8月參加工作，中共黨員，大專學曆，曆任廣東省航道局航務工程公司經理、廣東省航道局基建處處長、廣東省航盛工程有限公司總經理、黨委委員、董事、董事長，廣東省航道局調研員、省航道局利用外資項目管理辦公室主任，2007年7月任省航道局黨委委員、工會主席，2012年4月任省航道局黨委委員、副局長、工會主席
段翔，副局長：分管财務審計處工作
簡曆：
男，1986年8月參加工作，本科學曆，曆任省航道局副總會計師、省航道局航道規費征稽處處長、省航道局财務審計處處長，2006年3月任省航道局總會計師，2014年2月任省航道局副局長。
李雁翀，紀委書記：分管監察室(含機關黨委)工作
簡曆：
男，1990年6月參加工作，中共黨員，黨校研究生學曆，曆任省航道局直屬機關黨委辦公室副主任、江門航道局黨組副書記、工會主席、紀檢組長、省航道局監察室主任，2007年7月任省航道局黨委委員、紀委書記。
楊明遠，總工程師：分管綜合計劃處、航道管理處工作
簡曆：
男，1989年7月參加工作，中共黨員，博士研究生學曆，曆任廣州航道局建築工程公司經理、黨支部書記、廣東省航道局副總工程師，2002年12月挂職任惠來縣科技副縣長，2006年3月任省航道局黨委委員、總工程師。
