建設曆程南京地鐵12号線初步規劃設16個站點,分别是金馬路站、百水橋站、北灣營站,花港路站、麒麟科技園站、石楊東路站、上坊工業園站、萬安北路站、金箔路站、東山站、楊家圩站、百家湖站、天元西路站、高湖站、河海大學·佛城西路站、牛首山站。線路站點沿線列表站名換乘線路金馬路站南京地鐵2号線(運營中)南京地鐵4号線(運營中)白水橋站南京地鐵S6号線(在建)北灣營站/花港路站/麒麟科技園站南京地鐵8号線(規劃中)石楊東路站南京地鐵10号線二期(在建)上坊工業園站/萬安北路站/金箔路站南京地鐵13号線(規劃中)東山站南京地鐵5号線(在建)楊家圩站/百家湖站南京地鐵1号線(運營中)天元西路站南京地鐵3号線(運營中)高湖站河海大學·佛城西路站南京地鐵S1号線(運營中)南京地鐵18号線(規劃中)牛首山站/注:換乘線路欄中粗體部分為現有換乘。