职责调整
取消已由市政府公布取消的行政审批事项。
将餐饮业、食堂等餐饮服务环节食品安全监管和保健食品、化妆品卫生监督管理职责划给市食品药品监督管理局。将市食品药品监督管理局综合协调食品安全、组织查处食品安全重大事故的职责划入市卫生局。
根据省有关部门的“三定”规定，将市质量技术监督局食品生产企业的企业产品标准备案的职责划入市卫生局。
增加组织实施国家基本药物目录职责，加强食品安全综合监督的职责；加强对医疗服务、公立医疗机构的监督管理；深化全市医药卫生体制改革，坚持公共医疗卫生的公益性质，坚持预防为主、以农村为重点、中西医并重的方针，坚持为人民健康服务的方向。
将市直单位离休人员医药费管理、结算、核报职责划给市人力资源和社会保障局。
机构职能
1、办公室
负责协调机关政务工作和综合性文稿的草拟，承办各种会议会务和电文处理、秘书事务、机要保密、新闻宣传、政务信息、档案管理、信息化建设以及信访工作；负责做好机关财务、房产、办公财产的管理和接待、保卫、行政后勤等工作；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；负责机关及直属单位的有关社会事务工作。
组织推动公立医院综合改革，推进管办分离，健全现代医院管理制度，制定并组织实施卫生健康公共服务提供主体多元化、提供方式多样化的政策措施，提出医疗服务和药品价格政策的建议。
2、规划财务处(审计处)
研究拟订全市卫生事业发展规划和区域卫生规划，统筹规划与协调全市卫生资源配置，管理大型医用装备配置；编制卫生事业经费的预决算，拟订卫生财务管理规章并监督实施；卫生统计，研究提出卫生服务价格的建议，协同有关部门指导全市医疗卫生收费管理并监督检查；
拟订药品和医疗器械采购、配送相关规范，协助拟订基本药物和增补药物采购、配送的政策措施；指导全市卫生基本建设；负责直属单位的规划建设、财务资产的监督管理以及内部审计工作。
3、卫生应急与食品综合协调办公室
拟订卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；组织实施对突发急性传染病防控和应急措施；对重大灾害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故等组织实施紧急医学救援；依法发布突发公共卫生事件应急处置信息。
负责食品安全综合协调工作，组织查处食品安全重大事故，组织开展食品安全风险监测、评估、预警工作，发布重大食品安全信息，负责食品安全企业标准备案工作，承担市食品安全委员会办公室的日常工作。
4、疾病控制与卫生法制监督处(市血吸虫病、地方病防治领导小组办公室)
拟订重大疾病的防治规划、免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善疾病防控体系，防止和控制疾病的发生和疫情蔓延；组织实施重大公共卫生服务项目；贯彻执行卫生法律、法规，指导规范卫生行政执法工作；按照职责分工负责职业卫生、放射卫生、学校卫生、公共场所和生活饮用水卫生的监督管理；
负责传染病防治监督；整顿和规范医疗服务市场，依法查处医疗服务市场和民营医疗机构违法行为；承担行政复议、行政应诉工作；承担市政府血吸虫病、地方病防治领导小组和市政府艾滋病防治工作委员会的日常工作。
5、基层卫生与妇幼保健处（市新型农村合作医疗管理办公室）
承担农村基本卫生保健和新型农村合作医疗的综合管理，拟订有关政策、规划并组织实施；指导农村卫生服务体系建设和乡村医生管理相关工作；监督指导农村卫生政策落实；
拟订社区卫生与妇幼卫生的政策、规划并组织实施；负责制定社区卫生与妇幼保健的机构建设以及技术服务规范、专项技术标准并组织实施；对社区卫生与妇幼保健实施监督管理；牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作；负责牵头促进基本公共卫生服务均等化；组织实施国家基本药物制度。
