分集劇情
第1集 綠色小矮人
墨西哥叢林裡的雷達收到外星文明的訊号。Mulder隻身前往，險些喪命，又落得一場空。
第2集 下水道驚魂記
水蛭人變種驚現下水道。Mulder被趕去調查。
第3集 恐懼症
小鎮實驗農藥，一個人被農藥影響的人出現幻視，遵循電子儀器的顯示瘋狂殺人。
第4集 不能睡的人
軍方實驗的對象二十幾年不能睡覺，懂得了控制人的反應思維，開始報複殺人。Mulder見到了Mr. X。Alex Krycek首次出場。
第5集 第四類接觸（上）
精神病院的前FBI探員聲稱被alien劫持過，因為不願再次被劫持，綁架了精神病院的醫生。被請來幫忙的Mulder自願成為人質。
第6集 第四類接觸（下）
Duane Barry逃跑并綁架了Scully，Alex Krycek原來是CSM的幫手。最後Scully在UFO出現的強光中失蹤了。X檔案重新開啟。
第7集 三位一體
洛山基出現殺人取血案件，Mulder認為是吸血鬼所為，還跟其中之一Christen有了一夜情。
第8集 起死回生
Scully被悄悄送了回來，但生命垂危。Mellisa就像個靈媒。
第9集 火山口驚魂
研究火山的幾個科學家紛紛死于喉嚨裡長出矽基孢子植物。
第10集 紅色博物館
盛産美味牛肉的小鎮的孩子們被綁架，發現的屍體上都有“he/she is one”的字樣。Mulder和Scully以為是鎮上的教徒所為，但其實是和alien計劃有關的人體實驗。
第11集 再生
老人院裡鬧鬼了。Mulder和Scully沒看到鬼，倒是發現些讓人恢複精力的小蘑菇。
第12集 剃刀殺人狂
幾十年前的殺人狂有個後代繼承了他的殺人基因，現在基因被激活了。Mulder和Scully能否阻止新的慘劇發生？
第13集 摧花狂疑雲
法斯特是個戀物癖，挖掘年輕女性的屍體，把她們的頭發和指甲全部剪下來收藏。當屍體已不足滿足他的時候，隻有殺人。法斯特的下一個目标轉向了Scully。
第14集 巫教學校
在一個小城，一個少年被謀殺了，而謀殺過程像一個儀，少年心髒和眼睛被挖掉了，居然出現在老師的課桌抽屜裡。Mulder探員和Scully探員發現，當地學校的家長教師協會舉行一種秘密儀式，而一個代課教師擁有神奇的能量。
第15集 巫毒的複仇
在一個海地難民營，幾個陸戰隊員神秘死去。Mulder探員和Scully探員發現，這是難民營首領虐待難民，一個巫師反抗的結果。
第16集 殖民地球（上）
Mulder探員收到一封電子郵件，信中包括三個不同城市醫生的訃告。正在此時，一個CIA特工通知Mulder探員和Scully探員，一個俄羅斯殺手已經潛入美國境内的醫療機構，目的是為了除掉冷戰時期潛伏在美國的俄羅斯克隆人。Mulder妹妹突然出現回家，妹妹Samantha和克隆人有說不清的關系。
第17集 殖民地球（下）
一個來自外星的職業捕手綁架了Scully探員，用她來交換Mulder探員在幼年時期被綁架的妹妹Samantha。交易失敗後，Mulder發現Samantha居然是克隆人，今兒繼續跟随這個外星人到了北極冰雪下的潛艇中，逼問關于Samantha的真相。然而Mulder再一次失去了Samantha的線索。
第18集 審判
在一個UFO經常出沒的地區，動物園中發生了隐身的動物攻擊事件。Mulder探員和Scully探員奉命去調查這樁奇案。
第19集 幽靈船
一艘美國海軍船隻失事，艦上隻有一半成員成功逃生。18個小時當他們被一艘漁船發現時，他們看上去比事發前至少蒼老60歲。Mulder探員認為，該艦進入了未知的時空，因而加速了他們的老化，沒想到的是Mulder和Scully到達軍艦上，他們也莫名其妙的老去，衰老使他們已經快要死亡了。Mulder和Scully能否發現使他們衰老的秘密？能否活着等到救援？
第20集 斑身人
佛羅裡達州的Gibsonton 城充斥了馬戲團和雜耍藝人。一個以鳄魚表演為生，名叫Jerald Glazebrook 的人被謀殺了。Mulder探員和Scully探員在調查這宗謀殺案時，遇到了形形色色的奇怪人物，甚至包括當地的警長。
第21集 巫童
一個2歲大的嬰兒神秘死亡。Mulder探員和Scully探員介入調查。他們發現了一種與死者有關，源自羅馬尼亞的的驅魔儀式。驅魔人告訴他們，死者是被其未出生的孿生兄弟附身。在驅魔儀式過程後，Mulder被驅魔人嚴重警告，“現在結束了，但你必須小心，它認得你了”！
第22集 剖屍
在一座警備森嚴的監獄，一種瘟疫一樣的疾病開始流行，造成10人死亡。Scully探員留守監獄，摸清疾病的源頭。而Mulder探員則連同聯邦司法官員一起追蹤兩名可能已經感染該疾病的越獄者。
第23集 柔光
一項關于暗物質的試驗造成了驚人的後果－該試驗可以把人的影子轉化為一種緻命武器，任何接觸到這種武器的人都會被轉化成能量。
第24集 我們的小鎮
一個小城發生了數起失蹤案。Mulder探員和Scully探員在該城一條小河裡發現了數以百計的人骨。該城最富有的人擁有一座雞肉加工廠。此人找到了一種吃人肉而延長壽命的辦法。
第25集 外星檔案（上）
Mulder探員意外獲得了一些關于外星生命的原始資料。但他的敵人卻想讓他看到，發現真相是要付出沉重的代價的。
簡介
X檔案關閉後，穆德（David Duchovny 大衛•杜楚尼 飾）和斯科莉（Gillian Anderson 吉蓮•安德森 飾）被分開。穆德受命執行監聽工作，斯科莉則回到學院讀書。某日國會議員麥特森（Raymond J. Barry 飾）向穆德透露一條消息，稱在波多黎各接收到外星人的電訊。為了在特種部隊之前找到外星人的證據，穆德隻身前往。得知消息的斯科莉趕到穆德住處，從電腦中的旅客名單中找到線索，尾随來到波多黎各。
