根
根據發生的部位，根分成主根、側根和不定根三種。植物地下部分所有根的總和叫做根系，分為直根系和須根系兩種。
從根的頂端到着生根毛的部分叫做根尖，它是根生長、分化、吸收最活躍的部位。從根尖的頂端起，依次分成根冠、分生區（生長點）、伸長區和成熟區（根毛區）四部分。
根的初生結構由外向内分成表皮、皮層和維管柱（中柱）。皮層的最内層細胞叫做内皮層，這層細胞的徑向壁和橫壁上形成栓質化的帶狀加厚結構，叫做凱氏帶，它具有加強控制根的物質轉移的作用。維管柱由中柱鞘、初生木質部和初生韌皮部三部分組成。雙子葉植物的根可以進行次生生長，由形成層細胞進行細胞分裂，向内形成次生木質部，向外形成次生韌皮部。
根的生理功能是吸收、支持、合成和貯藏，有些植物的根還有營養繁殖的作用。
莖
莖的形态特征是有節和節間，有芽，落葉後節上有葉痕。莖因生長習性的不同，可以分為直立莖、攀援莖、纏繞莖和匍匐莖四類。
莖的主幹由種子的胚芽發育而成，側枝由主幹上的芽發育而成。因此，芽是一個枝條的雛型，将植物的葉芽縱切，從上到下依次為生長點、葉原基、幼葉、腋芽原基。
雙子葉植物莖的初生結構分為表皮、皮層和維管柱。維管柱由維管束、髓和髓射線三部分組成。維管束是初生韌皮部、形成層和初生木質部組成的束狀結構。雙子葉植物莖的維管束常排列成筒狀。莖的次生結構是由形成層的活動而加粗的部分。由于形成層的活動受四季氣候影響而在多年生木質部橫切面上出現年輪。
一般單子葉植物的莖隻有初生結構，由表皮、維管束和薄壁組織組成。表皮下有機械組織，起支持作用，其細胞常含葉綠體。維管束是分散的，有的植物莖中空成髓腔。
莖的生理功能主要是運輸水分、無機鹽類和有機營養物質，同時又能支持技、葉、花和果實展向空中。此外還有貯藏和營養繁殖的作用。
葉
植物的葉一般由葉片、葉柄和托葉三部分組成。葉片内分布着葉脈，葉脈有網狀脈和平行脈之分。葉柄有支持和輸導作用。
葉片的結構通常分三部分：表皮、葉肉和葉脈。表在分為上表皮和下表皮。表皮細胞之間有許多氣孔，由兩個保衛細胞圍成，保衛細胞控制着氣孔的開閉。氣孔是葉蒸騰水分和氣體進出的通道。葉肉由含許多葉綠體的薄壁細胞組成，分為栅欄和海綿組織，大中型葉脈由維管束和機械組織構成，木質部在上，韌皮部在下。葉脈越細，結構越簡單。
變态形式
根的變态
變态根由于功能改變引起的形态和結構都發生變化的根。根變态是一種可以穩定遺傳的變異。主根、側根和不定根都可以發生變态。根的變态包括貯藏根（有肉質直根、塊根）、氣生根（有支柱根、呼吸根、攀援根等）、寄生根（吸器）。
莖的變态
變态莖（modification of stem）由于功能改變引起的形态和結構都發生變化的莖。植物在長期系統發育的過程中，由于環境的變遷，引起器官形成某些特殊的适應，以緻形态、結構都發生了改變的莖。莖的變态，有兩種發展趨向。變态部分，有的特别發達，有的卻格外退化。無論發達或退化，變态的部分都保存着莖特有的形态特征：有節和節間，有退化成膜狀的葉，有頂芽或腋芽。
根據形态上的差異，可分為兩大類型：地上變态莖，如肉質莖、葉狀莖、莖卷須、莖刺等；地下變态莖，如根狀莖、塊莖、球莖、鱗莖等。莖變态是一種可以穩定遺傳的變異。變态莖仍保留着莖所特有的特征：如有節和節間的區别，節上生葉和芽，或節上能開花結果。莖的變态包括地下莖的變态（有塊莖、鱗莖、球莖、根狀莖等）、地上莖的變态（有莖卷須、枝刺、葉狀枝、肉質莖等）。
葉的變态
由于功能改變引起的形态和結構變化的葉。葉變态是一種可以穩定遺傳的變異。在植物的各種器官中，葉的可塑性最大，發生的變态最多。葉的變态，有苞葉、葉卷須、鱗葉、葉刺、捕蟲葉等。
