區别
廣義上的國有獨資企業(即全民所有制企業)包括國有獨資公司和其他國有企業。國有獨資企業的産權結構有許多獨特之處。因為國有獨資企業的剩餘索取權屬于全體人民(由政府代表行使)，并由國有資産管理部門代表政府行使國有資産的監管權，即對國有資産進行宏觀管理，并對國有資産保值增值狀況實施監督。
國有獨資公司是指按照《公司法》規定，由國家授權的投資機構或者國家授權的部門單獨投資設立的國有獨資的有限責任公司。根據《公司法》的規定，公司法實施前已設立的國有企業，符合公司法規定設立有限責任公司條件的，單一投資主體的，可以依照公司法改組為國有獨資的有限責任公司。
(1)法律依據不同：國有獨資企業遵循《全民所有制企業法》，國有獨資公司遵循《公司法》。
(2)管理體系不同：國有獨資企業由政府出資，隸屬于政府，實行政府任命或職工選舉并經政府審核同意的廠長(經理)負責制，注重隸屬關系；國有獨資公司是以“歸屬清晰、權責明确、保護嚴格、流轉順暢”的現代産權制度為指引，建立明确的以資産為紐帶的現代國有産權管理體系。
(3)治理結構不同：國有重點大型企業監事會由國務院派出，對國務院負責，代表國家對國有重點大型企業的國有資産保值增值狀況實施監督。一般的國有企業董事會則由同級政府派出。國有獨資公司監事會由國有資産監督管理機構委派。
(4)管理者角色不同：國有獨資企業的廠長(經理)是上級任命的，是企業法定代表人，在企業生産經營中處于中心地位。國有獨資公司總經理是由董事會聘任，對董事會負責，根據董事會的決策，對企業的日常經營管理工作負全面的責任，董事會與總經理之間是一種聘用關系(委托代理關系)。
問題
按《公司法》注冊的企業存在以下問題：
1.董事會制度實際上的缺失在20世紀90年代也有一批國有獨資企業按《公司法》注冊，建立了董事會。然而，這些企業大都是董事長總經理為一個人，董事會和經理層成員高度重合，因此，董事會的作用被弱化，董事會實際上被内部人控制，董事會制度在實際上缺失了。
2.決策權高度集中于董事長體制轉軌後的企業，董事長和總經理都由以前的廠長一人兼任，董事會的成員也幾乎是原企業的高管人員。因此，董事長依然完全掌握國有獨資公司的控制權，董事長在企業中的地位并未發生實質性的變化。這種一人壟斷決策的模式有很大的弊端，容易造成董事長大權獨攬，一旦決策失誤，後果不堪設想。
2004年試點後的企業則存在以下問題：
1.董事會不具有總經理任免權
根據2006年的最新的《公司法》規定：國有獨資公司設經理，由董事會聘任或者解聘。在這次的董事會試點中，國資委沒有下放給央企董事會任免總經理的權利。經理是否受到董事會任免，國資委是否放權給董事會決策任免總經理的職位，将成為決定董事會能夠有效制衡監督管理層的首要問題。
2.外部董事來源具有單一性
從試點的情況看出，除了寶鋼的董事會成員相對多樣化以外，試點的企業中大部分的外部董事是國有企業退休的高層領導。誠然，作為國有企業退休的總經理或董事長，對于國有企業的管理經營都有很豐富的經驗，然而将其作為外部董事的主要構成，必然削弱董事會的獨立性。當外部董事作為退休國有企業領導的唯一工作，而他們的薪酬又是直接由公司支付，他們可能會采取比較中庸的态度對待董事會的大小決議，那麼獨立監督的效果将很難達到。
建議
根據淡馬錫公司治理的成功經驗，對于我國國有獨資企業的建議主要有：
由國資委提名董事會成員
國有獨資企業董事會成員應該由國資委提名委員會提名，上報國資委批準。此外，由全國人大提名産生一名董事，作為國有資産的人民代表對國有資産的運作進行監督管理。而國資委也應該派出一名董事對國有獨資企業的董事會進行監督，使國家可以有效的保證對企業的最終控制權，代表政府出資的利益，全程監督。
增強董事會的多樣性
獨立董事應該由各三分之一的國家代表，專家代表和其他企業的管理人員組成。國有獨資企業要面向全球招聘董事長和獨立董事。國資委可以從内地和香港、新加坡選拔一些專家學者、高級管理人員作為外部董事的合适人選，還可從外國的國有企業招聘獨立董事，主要可以挑選對中國情況熟悉的華人。
加強董事會的權力
國資委應該下放央企董事會任免經理的權力。董事會試點改革後，國有獨資企業已經成為董事會授權下的經理制，由董事會代表股東監督管理層，國資委放權給董事會，可以明确國資委與中央企業的關系，即是國資委通過派出董事參與董事會的運作，董事會決定和監督企業高管人員，負責企業的戰略計劃。國資委将真正的變成股東的角色，而不會再度形成政府幹涉央企的情況，使國有獨資企業能夠相對市場化的運作。
科學的管理獨立董事
從法律上規範獨立董事的責任。在我國，獨立董事的職責常常是屬于一種道德上的責任，缺少法律的約束，而在發達國家，常常會有獨立董事受到起訴的情況。獨立董事不僅要有激勵機制，相應的也要受到約束。成熟企業的董事會要對于公司公布的财務報表等信息負責，獨立董事應該保證公司公開信息的準确性。如果從法律上明确獨立董事的責任，對獨立董事進行約束，這樣可以促使獨立董事對董事會的大小決議更加負責，而不是采取以前的應付的态度。
完善獨立董事的薪酬的決定和考核。國資委應該成立一個獨立董事協會，由這個協會加強對獨立董事的考核及管理，形成一種外部的考察監督機制。此外，還可以由該協會向企業收取獨立董事的基金，再将薪酬發放給獨立董事。
