李昕

李昕

中國科學院上海營養與健康研究所研究員
李昕,男,博士,中國科學院上海營養與健康研究所研究員、博士生導師。計算生物學重點實驗室,人類基因組與罕見遺傳變異課題組組長。研究方向為人類遺傳變異,基于多組學大數據的機器學習和人工智能方法。
  • 中文名:李昕
  • 民族:
  • 出生地:
  • 畢業院校:
  • 學位/學曆:博士
  • 職業:科研工作者
  • 專業方向:
  • 職務:中國科學院上海營養與健康研究所研究員
  • 學術代表作:
  • 主要成就:

人物經曆

2019-至今:中國科學院-馬普學會計算生物學夥伴研究所,研究員

2016-2018年:美國斯坦福大學,研究員

2012-2016年:美國斯坦福大學,博士後

2010-2011年:美國凱斯西儲大學,博士後

2005-2010年:美國凱斯西儲大學,計算機科學博士

2001-2005年:清華大學,計算機科學學士

主要成就

科研成就

代表性論文(*通訊作者)

Xin Li#, Yungil Kim#, Emily K. Tsang#, Joe R. Davis#, Farhan N. Damani, Colby Chiang, Zachary Zappala, Benjamin J. Strober, Alexandra J. Scott, Andrea Ganna, Jason Merker, Daniel MacArthur, GTEx Consortium, Ira M. Hall, Alexis Battle*, Stephen B. Montgomery*. The impact of rare variation on gene expression across tissues. Nature 550(7675):239-243, 2017

Xin Li*, Alexis Battle, Konrad J. Karczewski, Zach Zappala, David A. Knowles, Kevin S. Smith, Kim R. Kukurba, Eric Wu, Noah Simon, Stephen B. Montgomery*. Transcriptome sequencing of a large human family identifies the impact of rare non-coding variants. Am J Hum Genet 95(3):245-256, 2014

Xin Li, Jing Li*. Haplotype reconstruction in large pedigrees with untyped individuals through IBD Inference. J Comput Biol 18(11):1411-1421, 2011

Xin Li, Xiaolin Yin, Jing Li*. Efficient identification of identical-by-descent status in pedigrees with many untyped individuals. Bioinformatics 26(12):i191-i198, 2010

人才培養

本課題組聚焦于人類基因組研究下一步的關鍵目标即人類遺傳變異功能圖譜的解析。

(1)人類個體罕見遺傳變異的負荷及對個體健康的影響。

(2)人類基因組非編碼區的功能解析。

(3)轉錄組測序在治療診斷疑難疾病中的應用。

(4)現代人工智能和機器學習方法對于人類基因組功能解析和精準醫療的應用。

榮譽表彰

C. W. Cotterman Award, American Society of Human Genetics, 2015.

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