機構架設
設立了機構會員部、藥品交易部、醫療器械交易部、交收部、結算中心、信息中心、數據中心、市場監管部、綜合辦公室、發展戰略研究部、财務部、監察審計部、網絡事業部等12個部門。
交易形式
重慶藥品交易所交易主體實行會員制，按照“質量優先、價格合理、量價結合、規範配送、限時結算”的基本思路，實行電子挂牌交易。賣方和買方會員在重慶藥品交易所電子交易平台簽訂電子購銷合同，共同選定配送企業完成配送交收，會員通過交易所與銀行組建的結算中心在規定時間内結清貨款。
理念宗旨
理念
重慶藥品交易所秉持“會員至上、傾情服務”的理念，以現代信息技術為支撐，建立信息、交易、交收、結算四大服務系統，形成藥品交易、醫療器械交易、貨款結算、融資服務、資金周轉、信息咨詢、發展研讨、形象展示等為一體的綜合服務體系，為會員提供快捷、高效、優質服務。
宗旨
重慶藥品交易所笃行“以人為本、服務民生”的宗旨，堅持“信息公開、流程透明、自由選擇、公平交易”的基本原則，旨在探索完善醫藥流通體制，減少醫藥流通環節；降低藥品交易成本，抑制藥價虛高；完善監管手段，規範藥品流通秩序；形成合理價格，推動建立科學合理的藥品價格形成機制；優化資源配置，促進醫藥産業健康發展。
文化建設
1.打造一流員工隊伍。
2.六承諾六不準。
大事記
2009年
9月25日，時任市委常委、常務副市長黃奇帆在全市深化醫藥衛生體制改革電視電話工作會議上提出建立重慶藥品交易所的構想。
11月5日，時任市委常委、常務副市長黃奇帆主持召開專題會，研究籌建重慶藥品交易所有關事宜。會議決定，從市政府研究室、市發改委、市衛生局等部門抽調人員，啟動籌建工作。
2010年
3月1日，市委副書記、市長黃奇帆主持召開市政府第63次常務會議，審議通過《重慶藥品交易所管理暫行辦法》。
3月30日，重慶市人民政府批準成立重慶藥品交易所。
3月31日，市政府召開重慶藥品交易所成立大會。市委常委、宣傳部長何事忠，市政府副市長謝小軍，市政協副主席陳萬志等領導出席。
4月28日，市委副書記、市長黃奇帆主持會議，專題研究重慶六大交易所建設發展有關問題，提出重慶藥品交易所“三年發展目标”。
6月25日，市委三屆七次全委會通過的《關于做好當前民生工作的決定》中要求“辦好藥品交易所，抑制藥價虛高”。
6月25日，副市長謝小軍考察重慶藥品交易所，對藥品交易所建設提出要求。
7月3日，市委常委、常務副市長馬正其和副市長謝小軍主持會議，專題研究全市醫藥衛生事業改革發展有關問題，要求加快推進重慶藥品交易所建設。
7月8日，衛生部陳竺部長聽取重慶衛生工作彙報時表示支持重慶探索建立藥品交易所。
7月26日，重慶市機構編制委員會批準重慶藥品交易所為副廳（局）級事業法人單位。
9月1日，中紀委駐國家食品藥品監督管理局紀檢組組長李東海和監察專員姚雪良考察重慶藥品交易所。
9月10日，衛生部規财司、藥政司、監察局領導聽取重慶藥品交易所工作專題彙報。
9月29日，重慶藥品交易所舉行開業慶典，黃奇帆市長出席開業慶典并作重要講話。
