主要職責
（一）拟訂水務發展規劃和政策，拟訂水資源、防洪排澇、農田水利、供水、排水、節水、水土保持、污水處理及回用、再生水利用、海水利用等專業規劃，經批準後組織實施。起草有關地方性法規、規章草案。
（二）負責生活、生産經營和生态環境用水的統籌和保障工作。組織實施最嚴格水資源管理制度，實施水資源的統一監督管理。根據全省水資源分配方案，做好跨境水資源規劃銜接工作。發布全市水資源公報。
（三）負責水資源保護工作。負責水文水資源監測，指導、監督水文站網建設和管理工作。監測河道、水庫的水量，檢測其水質，協助做好水源保護工作。
（四）負責全市水環境綜合整治工作的組織領導、統籌協調、督查督辦工作。負責水污染治理、内澇整治、排水管網建設的指導、協調、監督工作。組織拟訂全市水環境治理專項規劃及流域綜合治理規劃、年度工作任務及實施計劃，并監督實施。參與拟訂全市水環境保護政策和規劃。
（五）負責城市供水水質安全工作。負責水務企業的行業管理，負責水務行業的特許經營管理。負責管道直飲水的管理以及原水、供水水質日常檢測和管理工作。
（六）負責水務工程建設管理及其質量和安全監督管理工作。負責水務行業安全生産工作。負責河道工程修建維護費的征收管理工作。負責政府投資水務固定資産的監管及水務發展專項資金的業務管理工作。
（七）按照分級管理原則，負責全市水庫、河道、堤防、河口灘塗、滞洪區及其他水務設施的監督管理工作。指導重要河湖、河口灘塗的治理、開發和保護。負責河湖水生态保護與修複、河湖生态水量管理以及河湖水系連通工作。負責全市大、中、小型水庫、河道、滞洪區及其他水工程設施的防洪防風安全工作。負責水工程範圍内建設項目審批工作。
（八）負責防治水土流失工作。組織協調水土流失的綜合防治、監測預報并定期公告。負責建設項目水土保持方案的審批和監督實施工作。
（九）負責節約用水工作。拟訂節約用水政策及有關标準，指導和推動節水型社會和節水型城市建設工作。
（十）負責排水行業管理工作。承擔全市排水設施(含污水、污泥處理設施)的建設管理責任，負責全市排水運營單位監督考核工作。負責污水處理費的征收管理工作。制定運營服務費的支付标準。
（十一）負責落實綜合防災減災規劃相關要求，組織編制洪水幹旱災害防治規劃和防護标準并指導實施。負責水情旱情監測預警工作。組織編制重要河道湖泊和重要水工程的防禦洪水抗禦旱災調度和應急水量調度方案，按程序報批後組織實施。承擔防禦洪水應急搶險的技術支撐工作。承擔台風防禦期間重要水工程調度工作。
（十二）組織指導和協調監督水政監察和水行政執法，調解水事糾紛。組織拟訂水務監察政策，完善相關法規規章，統一執法标準。組織查處跨區、重大、複雜案件。組織開展專項或聯合執法行動。
（十三）負責統籌全市海綿城市建設工作。組織制定我市海綿城市建設工作技術規範、标準，協調、指導、督促相關單位開展海綿城市建設工作。拟訂全市海綿城市建設工作方案，經批準後監督實施。負責我市海綿城市建設績效考核工作。
（十四）負責指導水務行業人才隊伍建設。
（十五）完成市委、市政府和上級部門交辦的其他任務。
（十六）職能轉變。市水務局應切實加強水資源合理利用、優化配置和節約保護。堅持節水優先，從增加供給轉向更加重視需求管理，嚴格控制用水總量和提高用水效率。堅持保護優先，加強水資源、水環境、水安全、水生态、水文化建設管理，加強流域統籌管理，強化水域和水務工程的管理保護，維護河湖健康美麗。堅持統籌兼顧，保障合理用水需求和水資源的可持續利用，為經濟社會發展提供水安全保障。
内設機構
（一）辦公室
承擔文秘、會務、行政、後勤、信息、信訪、政務公開、機要、保密、檔案、宣傳等工作；組織重大調研并拟訂政策，承辦依法行政的有關工作；承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作。
（二）人事處
承擔黨務、紀檢、監察、機構編制、人事、外事、社會保險、工青婦、計劃生育、離退休人員服務等工作；組織本局專業技術職務的評聘工作。
（三）綜合計劃處
拟訂全市水務綜合規劃和水務發展戰略，組織專業規劃的編制、報批工作；承擔水務工程建設項目立項、前期及年度投資計劃管理工作；依法籌集、管理水務發展專項資金；負責财務、資産管理、内部審計和綜合統計工作。
（四）水資源處
拟訂水資源開發利用規劃及全市水量分配計劃；負責全市水資源的統一調度工作；承擔拟訂水源工程規劃和管理工作；組織原水價格核算；組織水功能區的劃分和原水水質監測；承擔取水許可及水資源費的征收管理工作。
（五）河道堤防處
組織、協調河道、滞洪區、海堤、河口灘塗等水域的建設和管理工作，審批其範圍内的建設項目；承擔河道綜合治理，監督管理河道範圍内水工程設施日常運行維護；承擔水文站網建設和水文監測資料收集整理工作。
（六）水土保持處（市水土保持辦公室）
組織協調全市水土保持工作；拟訂水土保持規劃并監督實施；承擔水土流失的綜合防治、監測、預報并定期公告；承擔生産建設項目水土保持方案的審批、監督實施及水土保持設施的驗收工作；組織開展水土保持宣傳教育和科學研究。
（七）供水管理處
拟訂并組織實施供水發展規劃；承擔供水行業管理及供水特許經營監管工作；承擔供水工程可研及初步設計行政許可工作；承擔供水調度及監督實施工作；參與自來水價格的核算；承擔供水水質日常監督管理工作。
（八）水污染治理處
拟訂全市水污染治理年度計劃，組織全市水污染治理項目的前期論證;協調市、區水污染治理項目建設,承擔市政府投資水污染治理工程的組織實施和水污染治理設施的運行監管工作。
直屬機構
（一）市排水管理處
職能：
負責制定全市排水監督管理方面的政策、标準及有關規範；組織編制排水專業規劃；負責全市污水處理費的征收管理工作，制定運營服務費的支付标準；負責全市污水處理的特許經營授權，監督管理全市排水設施運營企業，并對其日常運營維護服務質量進行考核；負責特區内排水設施驗收、建設項目施工方案審批、拆遷或移動排水設施審批工作；指導、協調、監督各區排水管理工作。
（二）市節約用水辦公室
職能：
1、貫徹國家、省、市有關計劃用水、節約用水的法律、法規和方針、政策，結合本市實際，拟定節約用水的規章制度和管理辦法，經批準後組織實施;
2、會同有關部門編制節約用水規劃和各類用水定額，經批準後組織實施;
3、管理用水單位的水量平衡測試工作;
4、審查建設項目的用水節水評估報告，組織節約用水設施的竣工驗收;
5、負責污水、中水、海水和雨水等非傳統水資源利用的規劃、管理工作;
6、負責計劃用水管理工作，并對超定額、超計劃用水加價收費的征收進行監督管理；拟定超計劃加價費用的年度使用計劃，經批準後組織實施;
7、組織節水産品、器具及節水新技術的推廣、應用，開展節約用水的宣傳、教育和節水型城市的建設工作;
8、指導各區節水管理工作，受理有關投訴、行政複議等。
（三）市水政監察支隊
職能：
1、貫徹執行國家、省、市有關水務管理的法律、法規和規章，依法糾正和查處違法行為；
2、組織協調并負責處理全市重大、統一的行政執法活動；
3、指導協調、監督檢查各區水務行政執法工作；
4、負責市政府交辦的其他執法工作。
（四）市水務局财務管理中心
職能：
1、負責對市水務局非财政撥款單位的财務進行集中會計核算（記帳、報帳、對帳）和結算，定期進行财務分析，提供會計報告；
2、負責辦理納入集中核算單位的工資統發手續和各類款項的支付手續；
3、負責為納入集中核算單位編制年度經費預算提供業務指導，組織審核和編報各單位年度經費預算；
4、協助納入集中核算單位做好資金收支管理,負責對各單位财務預算執行情況進行監督，為納入集中核算單位提供其他财務服務。
（五）市水務工程建設管理中心
職能：
負責市政府投資水務工程項目的組織實施和監督管理工作。
（六）市防洪設施管理處
職能：
負責管理和維護深圳經濟特區内的防洪設施，即已建防洪水利工程（河道、防洪排澇泵站、滞洪區、水閘等）。
（七）市東江水源工程管理處
職能：
深圳市東江水源工程管理處為東部引水工程正常運行提供管理保障。供應原水（未加工的天然水）。已建水利工程日常維護、機械設備運行管理、運行安全監測。
（八）市鐵崗·石岩水庫管理處
職能：負責鐵崗水庫、石岩水庫和茅洲河提水泵站、塘頭抽水泵站、庫區涵養林及配套水務工程設施的建設、運行、維護、管理工作。
（九）市北部水源工程管理處
職能：負責觀瀾河引水工程、茜坑水庫、龍茜供水工程以及北線引水工程的建設、管理、運行和維護工作。
（十）市大鵬半島水源工程管理處
職能：負責大鵬半島水源工程的建設、管理、運行和維護工作。
（十一）市水務工程質量監督站
職能：負責全市水務工程（包括配套、輔助、附屬工程）的質量監督工作。
（十二）市水質檢測中心
職能：負責原水、城市供水（含二次供水）及污水處理廠進廠、出廠水質檢測工作。
（十三）市西麗水庫管理處
職能：負責西麗水庫、長嶺皮水庫、石塘引水渠、長（嶺皮）西（麗）引水渠和紅木山水庫等工程的管理維護和水資源保護工作，為深圳市城市供水、城市防洪提供保障。
（十四）市梅林水庫管理處
職能：為已建水利工程正常運行提供管理保障。負責梅林水庫工程運行管理，水庫資源保護。
（十五）市三洲田·銅鑼徑水庫管理處
職能：負責三洲田水庫和銅鑼徑水庫的建設、管理、維護和水源保護工作；負責三洲田水廠、三洲田電站、大康泵站的管理和維護，保證橫崗、龍崗、坪山、華僑城三洲田投資有限公司的源水、自來水供應和發電工作。
