剧情简介
剧情梗概
C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。
当战斗进行到最激烈的时候，就在自己的眼前，少年真·飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物，就只有妹妹掉落的手机……获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士…
1被触怒的眼神
卡佳丽与阿斯兰为了与迪兰达尔议长的会谈，来到了军械库1号。正巧在同时史汀格与奥尔、史黛拉夺取了札夫特的新型MS，并大肆破坏。于是接到夺还命令的真，驾驶着脉冲高达出击。
2招来战争之物
面对混沌高达、盖亚高达、深渊高达陷入苦战的真，让脉冲高达换装了威力型外挂装备。但混沌高达以炮击在军械库1号外壁开洞，三架高达就从那里逃走。真等人也一路追击至太空。为了支援脉冲高达，智慧女神号也跟着启航。
3预兆的炮火
尼欧的艾格萨斯与脉冲钢弹展开了激战。但由于遭受智慧女神号的追击，只好与母舰葛蒂．露一起撤退。在智慧女神号上的卡佳丽对迪兰达尔议长抗议的时候，由于真对她投以严厉的批评而心生动摇。
4群星的战场
智慧女神号逼近了前往太空碎石带的葛蒂．露。但那却是尼欧所设下的幌子。智慧女神号因此被敌舰咬住了后方，面临了重大危机。虽然之后依靠阿斯兰的临机应变挽回劣势，并对敌舰发动反击，但仍然让葛蒂．露逃脱。
尤尼乌斯7号开始移动。这样下去地球将会被毁灭。虽然焦耳队准备以陨石破碎机进行破坏作业，但却遭到神秘的基恩部队袭击而陷入交战状态。为了支援焦耳队，智慧女神号下令MS出击。
6世界终结之时
焦耳队成功分割了尤尼乌斯7号。为了以舰首炮继续破坏尤尼乌斯7号，智慧女神号决定和碎片一起降下地球。但因为最后来不及收容和基恩部队交战的真与阿斯兰，于是他们决定以MS穿越大气层。
7混乱的大地
在智慧女神号唐怀瑟炮的怒吼下，尤尼乌斯7号被粉碎了。但是落入地表的碎片仍在各地造成了严重损害。智慧女神号平安收容了落下中的脉冲高达与萨克后，决定前往欧普。
8汇合
停泊于欧普，接受补给与修理的智慧女神号。返回奥布的卡佳丽反对与大西洋联邦缔结同盟，而与首长们形成了对立。同时阿斯兰则对基拉说出了他的迷惑，并决定前往殖民地。阿斯兰将戒指交给卡佳丽后，便踏上了旅程。
9骄傲之牙
交出尤尼乌斯7号的恐怖集团。这样不讲理的要求，只不过是地球联合对殖民地开战的借口。地球军的奇袭部队发射了核弹。而殖民地则使用中子溃散器迎击，将该部队歼灭。吉布列因作战失败而怒火中烧。
10父亲的咒缚
对于自己身为原议长派屈克．萨拉的儿子而感到困惑的阿斯兰。而他在此时受到迪兰达尔的开导，迪兰达尔并提出了希望将救世主高达托付给他的意愿。阿斯兰在与扮演拉克丝的米雅用餐时，脑中闪过了无数的想法。
11选择的道路
卡佳丽不敌周遭的人对她不断的说服，奥布与大西洋联邦之间的同盟已成定局。智慧女神号得到渥特菲德告知情势的变化，因此决定出航。而阿斯兰则因为伊扎克的斥责下定决心，决定和迪兰达尔联络。大家都选择了各自的道路。
12血染大海
地球军舰队正等待着脱离欧普领海的智慧女神号。在激战当中，脉冲高达因为萨姆札查的猛攻而陷入了危机。就在此时真的SEED觉醒，将萨姆札查击破。随着船舰逐一遭到击沈，地球军决定撤退。
13苏醒之翼
在奥布方面卡佳丽思考着尤纳的话，为了国家的安定最好就是跟尤纳结婚，现实的情况让她不能再跟调整者的阿斯兰和基拉继续来往。在此时发生暗杀部队来到奥布准备杀害拉克丝。巴特菲尔特告诉基拉这些暗杀部队是来自PLANT，这让基拉陷入长考最后决定再次驾驶自由高达捍卫心爱的人。
14向明日出航
在知道暗杀部队是使用PLANT最新锐机体的基拉一行人，原本打算离开局势不稳的奥布前往PLANT的计画只好做罢。卡佳丽最后决定和尤纳结婚以稳定国内情势，并托基拉带一封信给阿斯兰。但就在结婚典礼的最高潮，自由高达突然出现在会场并将卡佳丽掳走。
15重返战场
为了和智慧女神号会合，阿斯兰驾驶着救世主高达奔往奥布联合国。却遭到欧普军队的迎击，阿斯兰只好辗转前往卡贝塔利亚基地和智慧女神号会合。在听到一连串不可思议的消息让他陷入一片混乱。另一方面幻痛队准备对智慧女神号展开追击。
16印度洋的死斗
和一艘护卫潜舰从卡贝塔利亚基地出发的智慧女神号准备前往直布罗陀。就在直布罗陀附近的一个半岛，地球联合军正秘密建设前进基地。尼欧利用这里的驻军近三十架威达，对智慧女神号展开新一波的攻击。
17战士的条件
逃亡中的大天号上的基拉一行人，暂时投靠在斯堪地那维亚王国内，并讨论今后他们的去向及作为。另一方面智慧女神号顺利逃过尼欧设下的追击。但真和阿斯兰间又发生冲突。对于在印度洋战结束后阿斯兰打了自己那一巴掌，真感到非常不服气认为自己并没有做错事。于是阿斯兰告诉真拥有力量的真谛是什么但真不接受。
18讨伐罗安格林炮台！
智慧女神号决定和马哈姆尔基地的驻军，一同攻击当地的地球军据点。并且得到当地反抗军协助取得有利情报。于是阿斯兰决定派真去执行一项，最为艰难但对地球军有致命打击的行动。最后也顺利攻下了地球军的据点。
19看不见的真实
攻陷地球军喀尔纳罕基地的智慧女神号来到了黑海沿岸的都市迪欧奇亚。当地正好在举行拉克丝‧克莱因的劳军演唱会。同时迪兰达尔议长也来到这里款待近来表现突出的智慧女神号的驾驶员们。并和他们提出了战争的起因及其背后的复杂关系。
20PAST过去
这里交待了真是如何前往PLANT并成为高达的驾驶员。原本住在奥布中立国的一名少年是为了什么加入札夫特军，还成为高达的驾驶员。是为了报复失去亲爱家人的仇恨还是...
21迷惘的眼神
获得休假的智慧女神号一行人，一早就得知有新的FAITH成员海涅将加入他们的行列。真一边想着迪兰达尔议长的话一边来到了海边。却发现一名不小心落水的少女史黛拉。真并不知道他就是幻痛队，那个抢夺钢弹的一员。将她救起后交给了史汀格和奥尔两人。
22苍天之剑
由尤纳率领的奥布舰队和尼欧的部队会合。并共同商讨如何拿下令他们讨厌的智慧女神号。就在两军交战当中，决心全面阻止战争的基拉一行。又再度回到了他们以往所熟悉的战场。
23战火的背后
从天而降突然现身的自由高达。紧接着大天使号及嫣红钢弹也出现在战场上。卡佳里决定阻止这场奥布不应该参加的战争。虽然卡佳里大声疾呼，还是无法阻止欧普军队的继续攻击。于是基拉驾驶着自由高达展现他惊人的力量。
24错过的视线
经过达达尼尔海峡的一场苦战，智慧女神号因为自由高达的介入而受到不小的创伤。并且造成海涅的死亡。对于这样的结果不只只是真，就连基拉的好友阿斯兰也感到非常的不谅解。于是决定只身前往找出基拉，问清楚现在大天使号的立场到底是什么。
作品评价
作为机动战士高达SEED的续作，本作也或多或少也承继了上作的评价，同时也继承了SEED的大量迂回路线，以及大量相同的战斗场景，以至于50集中将近20集都是可以跳过而不影响剧情，至于战斗方面就是主角们耍酷了。但是作为续作，机动战士高达SEEDDESTINY在某些方面的表现使之获得不少劣评。
人物的争议
虽然在本作开始时真·飞鸟是以主角的定位登场，但其真正活跃的场景却不多见，前六话的戏份也没有特别着重在他的表现，反而较偏重于阿斯兰·萨拉与吉尔伯特·迪兰达尔这两位角色的应对，之后又穿插了为数不少的兼用卡，因此感觉不太出他主角的地位。
第12话虽然有他爆种觉醒的活跃，但是在第11话却只有一句台词，14话的时候也只有在卡嘉莉·尤拉·阿斯哈的回忆镜头登场，作为一个主角，其镜头真的是少的可怜。
同时，由于他在剧中对战斗的无情，而击墬不少人气角色也成为一部分观众对他行为的愤慨，且由于他多不是出于自己的意愿而是遵从着议长的命令，因此不少的观众（尤其是人气角色的拥护者）也很直接的在讨论版或自己的网志上，说他只不过是“议长与尼尔的棋子”。
之后由于故事剧情的展开，真·飞鸟所待的ZAFT方明显透露出越来越多将成为敌方的迹象，相对于此，前代主角基拉·大和这一方则有着被描写正义行为的镜头出现，两相对照之下，真也越来越没有主角的地位，也因此被观众讥为“路人真”。
而且在片尾配音人员列表顺序的部分，更出现了基拉·大和（保志总一朗）与真·飞鸟（铃村健一）的顺序替换，虽然一般说来也是有其他动画有过主角一话不出场之类的情况，但主角在列表顺序的调换倒是相当奇异的例子。
根据监督福田己津央在GundamACE上的访谈，他说“他并没有尽全力”，因此也有人据此而做出“因为万代的商业化政策与前代人气角色的拥护者的原因而牺牲掉了真”的推论；然而在日本最大匿名讨论区2ch，由于曾经出现能准确泄漏剧情的疑似剧组相关人士，在提供剧情情报之余还谈到“福田夫妇一心一意想将主角换成基拉跟阿斯兰，其他工作人员因此与之争执”；导致日本观众比较相信真是纯粹因为导演夫妇私情而被冷落一说。
而真被冷落的原因，有人认为是因为声优铃村健一对于真的戏份于一开始就被大砍，而他又被前代人气角色的拥护者给不断骚扰感到不满而向监督抗议，因此导致戏份更是不断大砍，连帮他撑腰的卡嘉莉·尤拉·阿斯哈的声优进藤尚美在特别篇中戏份也全被砍光。
日本历史曾出现“大和时代”，继后出现的，便是“飞鸟时代”。因此主角“真·飞鸟”用“飞鸟”为姓，是要表示他继承基拉·大和，成为新主角。
兼用卡的问题
本作在制作上虽然每集制作费高达3000万日币，但因为剧本的问题，经常导致剧本完成后只有8周的时间进行绘制动作（一般而言是16周左右），因此有时为了节省时间，在分镜和绘制的方面会选择使用重复的画面（也就是所谓的兼用卡），然而，SEEDDESTINY却不时出现一些兼用卡错用的情况，因而引人诟病。
机械设定的沿用
机动战士高达SEEDDESTINY的机械设定大量使用了过去一些高达系列作品的不同年代的机械设定，如：
U.C.纪元的ZAKU、ZAKUII及老虎都经过外观上的修改，成了扎古战士、扎古幻影及老虎烈焰等以新形机体登场。
而大魔的外观，及其使用的“喷射气流攻击”战术也直接移到ZGMF-XX09TDomTrooper。
百式的金色外观，肩上的汉字，等独特的外观、机体设定，也全部出现在拂晓的身上。
MVF-M11CMurasame的外型设计亦与MSZ-006系列机动战士相似，这亦是受到批评的其中一个原因。
作为机械设定者的大河原邦男在之后的访谈中被问及为什么不作创新时，说明自己想要创新，却被监督坚持要使用U.C.的旧有机体名称和类似的外观而不能有创新设计。
