劇情簡介

随着人類大規模的從事宇宙活動，在人工衛星上生活的調整者和在地球上生活的自然人之間的矛盾日益尖銳。在C.E70年2月14日，被後人稱之為的“血色情人節”，由調整者殖民衛星組成的專門軍事組織“Z.A.F.T.”，即紮夫特，和以大西洋聯邦為首的地球聯合軍終于撕破臉，慘烈的宇宙戰争自此爆發。 

調整者阿斯蘭的母親在“血色情人節”裡不幸喪生，讓其決定加入紮夫特，參與奪取由地球軍秘密研制的新型高性能機動戰士的計劃。與紮夫特對立的地球軍則積極反抗，阿斯蘭的兒時好友，同樣身為調整者的基拉偶然中被拉進地球軍的陣營，搶奪還未被劫走的高達。在這一系列的行動中，基拉展現了強大的戰鬥力，也在對立的情況下，和阿斯蘭重逢，愛恨糾纏戰争與和平的故事就此拉開序幕。

人物介紹

地球聯合

基拉·大和（大和吉良），CV：保志總一朗

星座：金牛座

血型：A

年齡：16歲

性别：男

身高：165cm

體重：65kg 

前女友：芙蕾·阿露斯塔（已故）

愛人：拉克絲·克萊茵

雙胞胎姐妹：卡嘉莉·尤拉·阿斯哈

摯友：阿斯蘭·薩拉

發色：褐色

瞳孔色：紫色

基因類型：最強調整者

養父母：春間·大和、雁田·大和

生父母：悠連·響、薇雅·響

所屬勢力：地球聯合軍、三艦同盟、奧布、PLANT

所屬軍階：地球聯合軍普通兵、地球聯合軍少尉、奧布少尉、奧布準将、紮夫特金邊白衣

曾駕駛的MS：

1.強襲高達

2.自由高達

3.強襲嫣紅高達

4.強襲自由高達

有關芙蕾：基拉說她是“必須保護好的人”。對于基拉，她的傷是他的罪，他為贖罪不惜陷入她的毒，因為他曾認為自己一無所有、自己其實一開始就喜歡的拉克絲隻是夢想。為此他一度成為芙蕾手中孤獨的人偶，失去了塞伊的友情。他一度長久痛苦，終于又找回了拉克絲的懷抱、自己封閉已久的純真愛戀。

芙蕾·阿露斯塔，CV：桑島法子

聯合軍二等兵。聯合外交官之女。本是一個活潑任性的大小姐，是自然人，與基拉一樣是海裡奧波利斯工業專科學校的學生，與塞依有口頭婚約，對塞依抱有好感，基拉女友。作為難民登上大天使号。因父親被ZAFT軍殺死而志願加入地球聯合軍，并與基拉在一起，其實是利用基拉對她的感情把他作為利用和報複的工具。

痛恨戰争，對調整者懷有極大的恨意。在阿拉斯加被克魯澤俘虜，後被釋放。在雅金-杜維戰役中死去（最後也意識到自己以前所犯下的錯誤）。她自私，極端，高傲，軟弱，但所做的都隻是想要和平幸福，不是個讨喜的角色，但她作為戰争的犧牲品，刻畫了人性從軟弱到扭曲的一面，對這部作品來說是非常必要的。

瑪琉·拉米亞斯，CV：三石琴乃

聯合軍少校，地球聯合軍第二宙域第五特務師團所屬，階級為大尉（後晉升為少校），自然人。原本是作為大天使号的副長來到海裡奧波利斯接收高達，在艦長戰死後成為代理艦長指揮大天使号。為人溫和善良，富有人情味，但也總是有人情優先的傾向。

穆·拉·弗拉格，CV：子安武人

聯合軍少校，地球聯合軍第七軌道艦隊所屬，自然人，有“安迪米翁之鷹”稱号的王牌機師（安迪米翁是古希臘神話中深受月神阿爾忒密斯鐘愛的少年，穆因曾在月面恩底彌翁環形山擊墜5架吉恩而得到這個稱号），階級為上尉（後晉升為少校）。因擔任高達的護衛任務而來到海裡奧波利斯，在高達被強奪後成為大天使号所屬的機師。

娜塔爾·巴吉露爾，CV：桑島法子

聯合軍中尉，地球聯合軍第二宙域第五特務師團所屬，階級為少尉（後晉升為中尉），自然人。大天使号副艦長，在艦内原先成員大多戰死的情況下成為CIC戰鬥指揮官。出身于軍人世家的娜塔爾是典型的冷徹型軍人，一切以任務為最優先考慮，因此常常與瑪琉發生沖突。她訓練有素，具有非常優秀的指揮才能。後率領主天使号，在雅金-杜維戰役中戰死。生前男友是個喜歡福利的男孩。

米麗雅莉亞·哈烏，CV：豐口惠美

聯合軍二等兵，大天使号CIC愛稱米麗，男朋友是多爾，自然人。資源衛星海裡奧波利斯工業專科學校的學生，基拉的同學，在海裡奧波利斯遇襲後與基拉等人一起被瑪琉“脅持”登上大天使号，成為戰時MS管制員，後正式加入地球聯合軍，軍階為二等兵。男友多爾戰死，後來和ZAFT軍戰鬥駕駛迪亞卡的關系暧昧。

卡茲·巴斯卡克，CV：高戶靖廣

聯合軍二等兵，資源衛星海裡奧波利斯工業專科學校的學生，基拉的同學，成為通信員，後正式加入地球聯合軍，軍階為二等兵。對調整者抱有不信任感。自然人。于第一次奧布防衛戰役前退伍。

阿斯蘭·薩拉，CV：石田彰

原屬ZAFT克魯澤小隊，後屬于ZAFT特務部隊。PLANT最高評議會議長帕特裡克·薩拉之子。為基拉幼時好友。性格溫柔王子，做事卻果敢幹練。因母親被卷入“血腥情人節”事件身亡而加入ZAFT軍。在高達搶奪作戰中奪得神盾高達，被迫與基拉在戰場上刀兵相見。曾在一個無人小島上與女主角之一的卡嘉莉邂逅。作為軍人和戰鬥駕駛有極高的素質。曾一度擊毀強襲高達。後被前未婚妻拉克絲·克萊茵說服而駕駛正義高達與基拉并肩作戰。雅金杜維戰役中引爆座機阻止“創世紀”的發射。戰後隐居奧布。

拉克絲·克萊茵，CV：田中理惠

女主角之一，PLANT前議長之女，著名歌姬，基拉大和的女友,阿斯蘭原未婚妻（政治聯姻）。表面上是天真無邪的少女，實際極富魄力和政治洞見，受到ZAFT軍内一部分人士的擁護。奪取永恒号反抗薩拉議長的戰争政策。曾因在偶然情況下被大天使号俘虜，與基拉相識；後私自将“自由高達”授予基拉，開導他為和平而戰，成為了基拉·大和的心靈上的守護者并與基拉相戀。大戰後隐居奧布，被PLANT市民認為是終結戰争的英雄人物。

尼高爾·阿瑪菲，CV：摩味

紮夫特軍駕駛員，克魯澤小隊所屬，駕駛迅雷高達，阿斯蘭的好友。天性溫柔，是個擅長彈鋼琴的陽光男孩。為保護阿斯蘭而被基拉誤殺。

伊紮克·玖爾，CV：關智一

在血染情人節悲劇之後，于CE70年2月21日加入ZAFT軍校，同年9月以優異成績畢業并應征入伍，直接授予代表精英的紅服，加入克魯澤小隊。同期同學還有阿斯蘭·薩拉，迪亞卡·艾爾斯曼，尼高爾·阿瑪菲等人。CE71年初，參加強奪高達作戰，此後駕駛決鬥高達。

迪亞卡·艾爾斯曼，CV：笹沼晃

克魯澤隊戰鬥駕駛，暴風高達機師。後被大天使号俘虜，在第一次奧布防衛戰役前被釋放，後幫助大天使号為三艦同盟戰鬥。

勞·魯·克魯澤，CV：關俊彥

阿斯蘭的上司，平時總戴着面具，作戰時極富智謀。實際上是穆父親的克隆體，能和穆互相産生精神感應。因基因端粒縮短，需要長期服用抗老化藥物，壽命也大為縮短。痛恨制造他出來的世界；暗地裡洩露聯合和紮夫特的作戰計劃和技術資料，決心利用戰火毀滅人類。在雅金-杜維戰役中駕駛神意高達，最後被基拉擊敗身亡。

安德魯·巴爾特菲爾德，CV：置鲇龍太郎

人稱“沙漠之虎”的紮夫特名将，愛稱安迪。喜好咖啡，為人豁達，曾經告訴基拉“戰場上不會沒有犧牲”的道理。後被基拉擊毀座機，導緻身體緻殘，戀人愛莎死去。後擔任永恒号指揮官，輔助拉克絲。

愛莎·特萊茵，CV：徐若瑄

安迪的戀人，與安迪共同駕駛MS，但并不隸屬于ZAFT軍。與基拉作戰時戰死。調整者。

奧布

卡嘉莉·尤拉·阿斯哈，CV：進藤尚美

本作女主角之一，金發金眸的勇敢少女，生父母為響博士與其妻蕾亞，有一攣生弟弟大和基拉。養父為人稱“奧布之獅”的奧布首長烏茲米。為阿斯蘭·薩拉的女友。有着陽光般活躍的性格，為人豁達開朗，正義感極強。對基拉和阿斯蘭均抱有好感，在其養父死後知道自己與基拉是雙胞胎，其後與阿斯蘭相戀。草薙号指揮官。座機是“嫣紅強襲高達”。

烏茲米·尤拉·阿斯哈，CV：大川透

中立國奧布的首領（綽号“奧布之獅”）。堅持貫徹奧布理念的優秀領導人，曾因手下幫助地球軍在海裡奧波利斯秘密開發新型武器而引咎辭職。曾兩次收留大天使号。由于大西洋聯邦意圖把奧布拉進自己陣營而實施侵略，烏茲米不願屈服于威脅，為了堅持奧布的理念（“不侵略他國，不允許他國侵略，不介入他國紛争”），在送走大天使号及草薙号後，啟動軍事設施的自爆程序，與其他領導人一起犧牲。

各國軍備

地球聯合軍

強襲高達：基拉的機體，擁有換裝能力：标準中距離宇宙戰形态，裝備長距離兵器的炮擊戰形态（左），裝備劍的接近戰形态（右），全能的I.W.S.P.形态，适合長距離并具有比一般裝備更多的能量閃電強襲，可使用龍騎兵的105有線誘導，6種形态能力的萬能機體。

神盾高達：阿斯蘭的機體，從地球聯合搶走的四架高達之一。以在宇宙和空中的高速戰鬥能力見長，最大特征在于可以變形為MA，因此和其他4部高達的設計框架有着根本性的區别。

迅雷高達：以主要追求行動靈敏性為主旨設計出的近身格鬥戰機型，還裝備有在一定期間使機體呈現透明狀态并不被眼睛以及雷達發現的"海市蜃樓"系統。

決鬥高達：泛用性極高的正統機體，後被改造成加裝了磁軌炮以及制導飛彈的機體。

暴風高達：以遠距離炮擊戰為主要适用對象而設計的機體，裝備了直線鋼彈槍和高能量狙擊步槍各一把，能夠在敵人的射程之外對目标發動攻擊 ,是強大的炮裝穆專用MA莫必斯[零式]（莫必斯是德國著名的數學家，以發明橫8字型的“莫必斯帶”而著稱于世。）穆的愛機，裝備了有線式機槍桶，但能操縱它的隻有穆本人。他為執行運送高達的任務來到赫立奧波利斯 。

旋風：聯合軍戰鬥艙，泛用性極高，有多種機型 。

空中霸王：與強襲高達是互裝備武器的幫手。

強襲短劍：通過将強襲高達的部分資料傳送至月球基地，而開發首款自然人機動戰士，由于強襲高達被成功傳送的資料不多，并且配置較高，無法實行量産和半量産，于是使用與金恩相同的推進器與機動系統，進行量産，由于武器配備為光束裝備，總體比使用實彈與實體劍的吉恩要強大。

105短劍：經過強襲短劍的開發，105短劍也被開發出來，105短劍在強襲短劍的基礎上，添加了積存盾，可以有效抵抗光束系武器，并是2刀流機體，推進力也有了一定程度的提高。

禁斷高達：本機是利用幻象化粒子技術發揮最大性能的GAT-X207 Blitz Gundam所采用的X-200系骨架為基本，充分運用戰鬥力·運用力為前提而誕生的機種。機體本體與兵器群分離開來統一由駕駛艙調度，能量包(Energy PackUnit)、推進器(Thruster)、大型武器群，全部裝設于背部的背包組件(Back Pack Unit)上。由此實現了機體功能單純化的框架系統，以及即便搭載重型武器裝備亦能發揮最高運動性能的優秀機能。

災厄高達：本機使用了最新的位相變移裝甲（TP裝甲）——相對轉移裝甲的進化版。相對轉移裝甲以顯示顔色表示啟動、以變回灰色表示關閉，但位相變移裝甲隻是在受到沖擊的時候開啟，從而可以節省能量。這些節省的能量就可以用作使用強烈的能量武器。

強奪高達：經過簡化設計而搭載了更符合運用效率的變形系統。MA形态以戰鬥機的要素為要點進行了強化，大幅提高了大氣圈内的飛行能力和滞空能力。武裝也重視确保飛行形态時的戰鬥力，複數的機關炮與光束炮得以裝備。本機藉此确立了在急速接近敵機之後，迅速實施攻擊并且即時脫離戰鬥空域的一擊脫離戰法。

阿伽門農級宇宙母艦：一般為地球聯合宇宙軍旗艦，全長300米，搭載2做雙聯裝光束主炮，飛彈發射器數目不詳，作為MA,MS的母艦使用。

納爾遜級戰艦：全長250米，裝備多門雙聯裝光束炮，飛彈發射器數目不詳，可搭載一定量MA或MS。

德雷克級：全長130米，搭載三座75毫米對空機關炮，4座多聯裝導彈發射器，2座三聯裝魚雷發射管，一般不配備MA或MS。

“葛蒂·露”：全長300米，艦首六座雙聯裝光束主炮，導彈發射器數目未知，裝備海市蜃樓裝備，可搭載MA或MS多台。

主天使号：通過大天使号的資料開發出的高性能戰艦，擁有2門飛彈發射器，8門攔截飛彈發射器，4門火神炮攔截器，2門光束主炮，以及陽電子炮。

紮夫特軍

自由高達：基拉的愛機，核驅動，速度極快，威力強大。

正義高達： 阿斯蘭的機體，核驅動，可以将後面的飛行器解除。

神意高達：勞·魯·克魯澤駕駛，核驅動，搭載“龍騎兵”系統。

吉恩：紮夫特軍量産型機動戰士，是裝備有多種武器，泛用性很高的機體。

偵查型吉恩：強化了索敵功能的偵查用MS，可以進行長距離偵查，可搭載光束步槍。

希古：紮夫特軍指揮官用機動戰機，勞·魯·克魯澤駕駛。

威薩利斯号：那斯卡級高速戰鬥艦，全長約255米，克魯澤隊的旗艦，被紮夫特軍派遣執行奪取高達計劃。

伽莫夫：羅拉西亞級戰艦，強奪高達行動後，運載着4部搶來的高達。

格烏：ZAFT軍的無人MS輸送機，背部可搭載MS戰鬥。

巴庫：高機動性MS，為了适應沙地作戰改為了獸型，俗稱“狗巴庫”，火力一般。

拉古：巴庫的隊長機，背上裝有雙聯光束炮，但體積較大，一般由雙人操作。

雷塞布斯号：ZAFT軍大型陸上戰艦，沙漠之虎的旗艦，全長250米。艦首中央設有MS甲闆，可收容巴庫、拉古等機體；艦底部為沉入沙中的半沒式船體，裝備的推進器可使艦體以無振動推進的方式在沙漠中航行。

皮特利級陸上戰艦：ZAFT軍巴爾特菲爾德隊的僚艦， 全長約194米。艦底部為沉入沙中的半沒式船體，其中裝備的推進器可使艦體以無振動推進方式在沙漠中航行。

博茲格羅夫級潛水母艦：ZAFT軍水下部隊的母艦，全長約270米。艦首設有4個幹燥管以收容MS，一般都搭載着迪恩、格恩和佐諾。

永恒号：本艦是ZAFT軍作為自由高達和正義高達的專用艦而開發的戰艦，全長300米。艦首兩側各搭載了一具流星系統以供自由高達和正義高達使用。本艦在完工後被克萊茵派奪走，成為拉克絲的旗艦，艦長為“沙漠之虎”安迪·巴爾特菲爾德。

密涅瓦号：本艦是作為高達的運用艦而制造的ZAFT軍的新銳戰艦，全長320米，可以向搭載了氘核光束送電系統的脈動高達提供能量；另外還搭載了大量的武器，戰鬥能力也非常高。艦體兩側巨大的可收納翼是密涅瓦号的顯著特征；此外，本艦不僅可以在宇宙空間中使用，還可以在大氣圈内飛行。本艦的艦長為塔麗亞·格拉迪斯，艦名來源于古羅馬神話中掌管智慧、戰争及工藝的女神的名字。

迪恩：大氣層内空戰專用MS，可攜帶多款武器，對聯合軍的戰鬥機有壓倒性的優勢。

格恩：ZAFT軍水中主力MS，裝有魚雷發射器和聲波炮，但沒有格鬥武器。

佐諾：水戰重型MS，防禦力較強，裝有大型格鬥爪、魚雷發射器和聲波炮。

紮烏特：紮夫特火力極強的MS，威力相當于10台金恩，由于搭載了強大的火力，雙腿變為履帶以提高機動性。

蓋茨：作為金恩的後繼機開發的泛用型MS，分為标準型和指揮官專用型，戰鬥力比強襲短劍要強。

奧布

神盾艦：奧布軍的主力海上戰艦，全長200米。同型艦數量極多，火力也相當強勁，主要用于奧布近海領域的防衛工作。

建禦雷号：奧布軍的大型空母，搭載了M1 歧途及村雨等機體，艦長是戶高上校。在克列塔島的戰鬥中，建禦雷号遭到脈動高達的攻擊而沉沒，戶高上校殉職。

暗淤加美級護衛艦：随同旗艦建禦雷号與聯合軍合流後在與ZAFT軍密涅瓦号的交戰中被擊沉。

出雲級宇宙戰艦：本艦全長290米，設計概念與大天使号比較類似，艦體平時可分離為三個獨立的部分，核心部分可以作為輸送艦往來于奧布本土及殖民衛星赫利奧波利斯之間；在宇宙中時三個部分可以合體成一艘完整的戰艦。戰鬥時，艦首的嘴狀部分向前伸出，成為射出MS用的線形發射台。

赫利：奧布主力戰鬥機，和MS相比戰鬥力低下。

米斯特拉爾：泛用型MA，戰鬥力低下，赫利奧波利斯的奧布軍就裝備着這些MA。

嫣紅強襲：用強襲的預備部件制造（局部相轉移裝甲配色不同），卡嘉莉的專機。

M1異端：奧布的主力機體，異端高達的改造量産化型。

異端高達紅色機：奧布獨自開發的最早3台MS之一，紅色機為近戰，擁有巨大的實體劍：“菊一文字”以及比藍色機與金色機更長的光束軍刀，但其光束槍威力不如金色機與藍色機。可以搭載奧布最強的近戰武器：草雉巨劍。

異端高達藍色機：奧布獨自開發的3台機體之一，藍色機為遠戰型，搭載了大量的飛彈與超強力的火箭發射器，由于受到武器限制，藍色機的光束劍較為弱小，不宜近戰。藍色機與奧布保衛戰中損壞，用強襲高達的部件進行修理，搭載了強襲高達的“破甲者”匕首，對MS具有極強破壞性。修理後的藍色機改變了遠戰攻擊，成為了續紅色機之後的有一台近戰機體。

異端高達金色機：奧布獨自開發的3台機體之一。金色機具有極強的泛用性，具備了紅色機與藍色機的特色，但由于繼承了雙方的特色，使金色機的右手不能熟練的切換光束軍刀與火箭炮，在奧布攻防戰中中彈損壞，通過迅雷高達右手的微型海市蜃樓系統的結合修複，金色機接收了迅雷高達的MS專用海市蜃樓系統，并且更加靈活了。

三艦聯盟

 由地球聯合軍的大天使号、紮夫特的永恒号、奧布的草薙号組成，與紮夫特、地球聯合軍抵抗的第三聯盟。各軍艦指揮官為瑪琉、拉克絲、卡嘉莉。主力機體為基拉的自由高達和阿斯蘭的正義高達，強襲高達和後來加入的暴風高達。

作品歌曲

片頭曲

Invoke：T.M. Revolution

Moment：Vivian or Kazuma

Believe：玉置成實

Realize：玉置成實

片尾曲

あんなに一緒だったのに：See-Saw

River：石井龍也

Find the way：中島美嘉

插曲

靜かな夜に（寂靜的夜晚裡）：田中理惠

曉之車：南裡侑香

水の證（水之證）：田中理惠

Zips：T.M. Revolution

分集劇情

第1集

C.E.70年，追求政治經濟獨立的PLANT以“染血的情人節”事件為契機，與地球聯合之間正式爆發了武裝沖突。擁有MS的ZAFT軍在各地都對聯合軍取得了壓倒性的勝利，使得各方原先“地球軍将會以數量優勢取得勝利”的預測徹底落空了。11個月過去了，戰局依然呈現膠着狀态。　　基拉大和是在中立國奧布的資源衛星赫利奧波利斯上生活的一名普通的工業專科學校的學生。某一天，在前往研究室的時候，基拉被卷入了ZAFT軍奪取高達的作戰之中。利用突襲所産生的混亂，ZAFT軍很快奪取了5架高達中的3架。此時，正在尋找避難場所的基拉偶然發現了剩下的兩架高達，而前來奪取高達的ZAFT軍人之一，竟是他幼時的好友阿斯蘭·薩拉。

第2集

基拉與地球聯合軍的軍官瑪琉一起乘上唯一未被奪走的強襲高達，離開了陷入爆炸之中的工場。但是，ZAFT軍的MS正守候在工場外面。負傷的瑪琉無法操作強襲高達，危急時刻，基拉代替瑪琉開始駕駛強襲高達，并修正了高達的操作系統。潛在能力被解放出來的強襲高達輕而易舉地擊破了ZAFT軍的MS。然而，危機解除後，基拉和他的朋友們卻被瑪琉以涉及軍事機密而“挾持”。同一時刻，前來接收高達的大天使号的殘餘人員在娜塔爾少尉的帶領下，啟動了大天使号；得知消息的穆也回到了赫利奧波利斯的内部對大天使号進行援護。大天使号與ZAFT軍就在殖民地衛星的内部展開了激戰。

第3集

在與ZAFT軍的拉烏激戰的時候，基拉駕駛強襲高達将赫利奧波利斯的壁轟開了一個大洞。驚訝于強襲高達的威力的拉烏選擇了撤退。基拉等人登上了大天使号。正當衆人驚詫于駕駛強襲高達的基拉隻是個孩子的時候，穆看出了基拉是調整者。感覺到高達的威脅的拉烏選擇了再度攻擊大天使号，阿斯蘭也駕駛着剛強奪來的聖盾高達随隊一同出擊。由于操作系統被基拉修改過，其他人根本無法駕駛強襲高達。随着敵人的臨近，已決定不再駕駛高達的基拉不得不再度出擊。基拉與阿斯蘭，曾經的朋友在戰場上再次相逢。激烈的戰鬥中，早已傷痕累累的赫利奧波利斯開始解體。

第4集

帶着赫利奧波利斯解體時逃出的一艘救生艙，基拉回到了大天使号上，基拉等人的同學芙蕾也在這艘救生艙裡。大天使号選擇前往友軍的軍事衛星阿爾特彌斯要塞；但這個行動被拉烏識破，并針對大天使号的路線立下了行動方案。作為友人，阿斯蘭一心希望基拉能回到調整者這邊來，因此對于拉烏的質問，他的回答是将說服基拉。被識破計劃的大天使号遭到拉烏隊的夾擊。為了減輕基拉的負擔，多爾等人志願來到艦橋協助瑪琉等人工作。被朋友們的行動及穆的言語所觸動的基拉，決定繼續駕駛強襲高達作戰。

第5集

在強襲高達面前出現的是被奪走的四架高達。混戰中，先行出擊的穆出其不意地襲擊了ZAFT軍的威薩利烏斯号，但伊紮克和迪亞克無視撤退命令，繼續攻擊基拉。能量消耗嚴重的強襲高達解除了相轉移裝甲，危急中，聖盾高達變形為MA形态強行将強襲高達帶走。在穆的援護下，強襲高達利用換裝補充了能量，艱苦地将伊紮克等人擊退。

第6集

艱難地擺脫了ZAFT軍的追擊的大天使号逃入阿爾特彌斯要塞，然而在這裡等待着他們的是友軍士兵的槍口。雖然同在地球聯合内，但瑪琉等人所屬的是大西洋聯邦，而阿爾特彌斯要塞則是歐亞聯邦的勢力範圍。想要獲取高達的機密的阿爾特彌斯要塞司令加爾西亞軟禁了大天使号上的成員。克魯澤隊的尼科爾利用自己駕駛的迅雷高達特有的“海市蜃樓系統”破壞了阿爾特彌斯要塞的全周圍光波防禦帶發生系統，基拉趁隙駕駛強襲高達出來迎戰。但決戰高達及暴風高達此時已開始對要塞展開攻擊。在大天使号逃離之後，曾經誇稱“難攻不落”的阿爾特彌斯要塞開始崩壞。

第7集

利用ZAFT軍攻擊阿爾特彌斯要塞的間隙，大天使号暫時逃離了克魯澤隊的攻擊。然而艦内卻出現了物資嚴重不足的新情況，為了解決這一問題，穆提出了利用位于碎石帶上的廢棄艦船上的物資的方案。另一方面，返回PLANT述職的拉烏和阿斯蘭，在國防委員長帕特利克·薩拉的指使下片面陳述了赫利奧波利斯事件。PLANT最高評議會内，強硬派勢力開始擡頭。為從“尤尼烏斯7”的殘骸中搬運物資的多爾等人擔當哨戒任務的基拉遭遇了一架偵察型金。為了保護多爾等人，基拉将偵察型金擊毀。在現場還發現了一艘救生艙，基拉将其帶回到大天使号上。

第8集

在救生艙裡的人是PLANT最高評議會議長西格爾·克萊恩的女兒、阿斯蘭的未婚妻拉克絲·克萊恩。天真爛漫的拉克絲即使在敵對方的大天使号上也沒有絲毫的不安感，而對拉克絲抱有敵意的也僅有芙蕾一人。作為拉克絲的未婚夫，在威薩利烏斯号的維修期間進行短暫休整的阿斯蘭因拉克絲失蹤一事被緊急随隊派往碎石帶進行搜索。而此時的大天使号，也與第八艦隊的先遣隊聯系上了。

第9集

盼望已久的救援即将到來的消息使大天使号艦内一片輕松。芙蕾的父親，地球聯合外務次官喬治·阿爾斯塔也随先遣隊一同前來。但就在兩方彙合之際，克魯澤隊對先遣隊和大天使号發動了攻擊。芙蕾劫持了處于被軟禁狀态的拉克絲來到艦橋上，希望以拉克絲為質換得父親的安全，但就在此時喬治·阿爾斯塔所乘坐的“蒙哥馬利”号被擊沉。在先遣隊全滅、大天使号也岌岌可危的情況下，娜塔爾以拉克絲為人質，對克魯澤隊通訊，要求停火。

第10集

因顧忌到拉克絲的人身安全，克魯澤隊停止了對大天使号的攻擊。芙蕾将父親的死歸咎于基拉不肯全力作戰。基拉與被軟禁的拉克絲相遇，言談之中自然而然地回憶起了阿斯蘭。得知兩人關系的基拉決意将拉克絲送回PLANT。通過塞等人的幫助，基拉駕駛着強襲高達将拉克絲還給了阿斯蘭。真正的訣别之後，被命運捉弄的兩人走上了截然不同的道路。

第11集

為了完成和朋友們的約定，基拉回到了大天使号上，并就私自放走拉克絲一事而受審。因其并非正式軍人，所以僅僅被要求反省便算完事。芙蕾聽到奪走父親生命的聖盾高達的駕駛員竟是基拉的好朋友，但她一反常态，為自己先前的表現向基拉道了歉，并開始主動接近基拉。

第12集

大天使号終于與地球聯合軍的第八艦隊彙合了。瑪琉就基拉為保護大天使号所做的一切而向其道謝。第八艦隊的哈爾巴頓提督親自來到大天使号上與老部下瑪琉見面，然後命令大天使号前往位于阿拉斯加的地球聯合軍的本部。其間，娜塔爾關于強行留下基拉的主張被哈爾巴頓駁回。塞等人從娜塔爾那裡收到了退伍許可證，然而此時芙蕾卻突然提出志願參軍。吃驚的塞等人撕掉了自己的退伍許可證，決心留在大天使号上盡一分力。在脫出用艦船前，朋友們将基拉的退伍許可證給了他，并且告之自己決心留下來。此時警報聲響起，總合了戰力的克魯澤隊再度全力襲來。基拉的腦海中浮現起瑪琉、哈爾巴頓以及避難的小女孩的話，放棄了自己的退伍許可證，回到強襲高達上待機。

第13集 

位于地球軌道上的第八艦隊開始了與克魯澤隊壯絕的會戰。在數量上占絕對優勢的聯合軍艦隊被擁有4架高達的克魯澤隊打得毫無還手之力。大天使号緊急向地球降落，為了守護大天使号，基拉決定出擊。在掩護大天使号的同時，哈爾巴頓提督所在的旗艦與ZAFT軍的卡莫夫艦同歸于盡。戰鬥中，一直以來所保護的難民們所乘坐的救生船就在基拉的眼前被擊毀。以第八艦隊的重大犧牲為代價，大天使号終于降落到地球上。

第14集 

在與第八艦隊決戰的前夜，拉烏在威薩利烏斯号自己的房間裡回顧了自赫利奧波利斯遇襲以來的所有事情，并且提到了喬治·格雷恩——第一個調整者。喬治·格雷恩是在受精卵階段接受了人為遺傳因子操作而誕生的人，因此無論是智力還是身體，他都比一般人更加優秀，所取得的成就也令普通人望塵莫及。在乘坐自行設計的宇宙船執行木星探測任務的時候，喬治·格雷恩公布了自己出生的秘密。随着調整者的逐漸增多，其與自然人的沖突也愈演愈烈，喬治·格雷恩本人也死于自然人的暗殺。

第15集

 為了救起在突入大氣圈時因與決戰高達戰鬥而偏離了降落軌道的強襲高達，大天使号不得不修正了自己的航向，降落在位于ZAFT軍勢力範圍之内的非洲。得救的基拉由于戰鬥及突入大氣層時所受的傷害而發起了高熱。芙蕾意外地承擔起了照顧基拉的責任。受到嚴重刺激的基拉在芙蕾的安慰下，精神漸漸地平複下來，兩人的距離也慢慢地縮小了。抵抗組織“光明沙漠”的成員卡嘉莉發現了為了去阿拉斯加而在沙漠中前行的大天使号。

第16集

非洲沙漠中，大天使号遭到有着“沙漠之虎”稱号的安迪·巴爾特菲爾德所率部隊的夜襲。基拉駕駛強襲高達出擊，但由于不習慣在沙漠中進行戰鬥而一度陷入了苦戰之中。就在這時，抵抗組織“光明沙漠”向大天使号伸出了援助的手，将巴爾特菲爾德隊的MS引入了地雷陣，擊退了敵人。

第17集

依靠抵抗組織“光明沙漠”的幫助，大天使号艱難地打退了巴爾特菲爾德隊的猛攻。在與大天使号合流的“光明沙漠”的成員之中，基拉意外地發現了曾在赫利奧波利斯有過一面之緣的少女卡嘉莉。從“光明沙漠”的領導人塞布那裡，瑪琉等人得知了聯合軍的維多利亞基地已經陷落的消息。目前唯一的方案，便是從紅海經印度洋、太平洋到達阿拉斯加。然而前進道路上最大的障礙，便是由“沙漠之虎”所率領的ZAFT軍。巴爾特菲爾德隊計劃對“光明沙漠”實施報複性攻擊。另一方面，大天使号上的衆人迎來了短暫的休息。正準備對強襲高達進行調整的基拉被卷入了塞和芙蕾的争吵之中，芙蕾并且公然宣布了自己與基拉的關系。面對塞的诘問，基拉爆發了。這時，巴爾特菲爾德隊正式對“光明沙漠”所居住的村莊發動了攻擊。

第18集

在事先進行過通告之後，巴爾特菲爾德隊以彈藥和糧食為目标對“光明沙漠”所居住的村莊發動了攻擊。在得知消息趕過去救援的穆及“光明沙漠”成員到達村莊的時候，巴爾特菲爾德隊早已揚長而去。憤怒的“光明沙漠”的成員對巴爾特菲爾德隊實行了追擊，但由于實力過于懸殊，反使自己陷入了危機之中。基拉駕駛強襲高達趕到，擊退了巴爾特菲爾德隊。

第19集

為了補充匮乏的物資，基拉和卡嘉莉等人潛入了ZAFT軍基地所在的巴拉迪亞的市場。兩人偶然與“沙漠之虎”安迪·巴爾特菲爾德相見，并卷入激進組織“藍色波斯菊”對“沙漠之虎”的暗殺行動之中。由于基拉和卡嘉莉遲遲不歸，大天使号被籠罩在不安的氣氛當中。格納庫内，塞試圖強行啟動強襲高達，但他的努力卻終告失敗。

第20集

按照事先的約定，阿斯蘭來到拉克絲的家中作客。兩人談到了基拉，阿斯蘭得知基拉依舊保留着自己送給他的小鳥，心情郁郁不樂。在PLANT最高評議會上，穩健派和強硬派對采用繼續戰争還是共存的不同手段展開了激烈的争吵。另一方面，大天使号拟訂了強行突破“沙漠之虎”部隊的作戰計劃。

第21集

伊紮克與迪亞克在直布羅陀基地與“沙漠之虎”部隊合流。大天使号與巴爾特菲爾德隊開始決戰，駕駛強襲高達的基拉也與安迪·巴爾特菲爾德交上了手。為了扭轉不利的局面，卡嘉莉駕駛空中霸王出擊。一番激戰過後，安迪·巴爾特菲爾德被重傷。

第22集

大天使号離開了光明沙漠，駛入紅海。基拉擊退了ZAFT古恩的進攻。

第23集 

大天使号艱苦地打退了莫拉希姆隊的進攻，然而莫拉希姆隊依舊锲而不舍地對大天使号實行追擊。卡嘉莉再度駕駛空中霸王出擊。與此同時，和尼高爾一起降落到直布羅陀基地的阿斯蘭被任命為薩拉隊的隊長，承擔起指揮對大天使号作戰的重任。阿斯蘭乘坐輸送機到卡奔塔利亞基地領取MS母艦，正巧被因機體中彈而偏離作戰區域的卡嘉莉發現。小戰過後，兩人同時落到一個無人島上。

第24集

卡嘉莉駕駛的空中霸王與阿斯蘭所乘坐輸送機同時被擊落，兩人降落在同一個無人島上。在沙灘上遇到阿斯蘭的卡嘉莉被阿斯蘭以武力制服。由于電波障礙嚴重，兩人都無法與各自的部隊取得聯系，隻得在小島上度過了一夜。另一方面，基拉也在不停地尋找着卡嘉莉。天明的時候，兩人分别被各自的部隊救起。

第25集

大天使号與追擊的薩拉隊展開了激戰，由于作戰地點十分靠近中立國奧布的近海領域，因此雙方同時受到奧布軍的警告。卡嘉莉表明了自己是奧布公主的身份，幾乎被大破的大天使号進入了奧布的基地，薩拉隊被迫撤退。奧布的領導人烏茲米·納拉·阿斯哈向瑪琉等人表明了願意向大天使号提供協助的态度；但作為交換條件，奧布必須得到強襲高達的戰鬥數據，以及基拉必須到曙光社進行技術支持。

第26集

總集編。并添加了對五部集體的資料說明。

第27集

薩拉隊一行四人借着奧布内部親PLANT派的幫助秘密潛入了奧布。與奧布達成協議的大天使号開始在奧布的基地中進行修理工作；另一方面，曙光社的技術主任艾莉卡開始解析強襲高達的戰鬥數據。基拉來到曙光社，不但見到了曙光社正為奧布開發的M1 Astray，還遇上了卡嘉莉。艾莉卡要求基拉協助曙光社開發M1 Astray的操作系統。

第28集

瑪琉向塞、多爾等人宣布了可以在軍隊本部與家人會面的消息。除了芙蕾之外，衆人都十分興奮。在基拉調試M1 Astray系統的閑暇裡，卡嘉莉向基拉談起了自己加入抵抗組織的原因。塞等人和父母見了面。不願意見到父母的基拉在大天使号内等待着芙蕾，此舉卻被芙蕾認為基拉是在同情她，失态的芙蕾撕開了基拉心底的傷痕。基拉的父母單獨與烏茲米·納拉·阿斯哈會面，言談之中竟然牽涉着基拉出生的秘密。基拉成功地完成了改良M1 Astray系統的任務；之後，在調整強襲高達時，阿斯蘭送給基拉的機械鳥突然飛走。追尋着機械鳥來到基地操場上的基拉意外地發現了秘密潛入的阿斯蘭。

第29集

修理完畢的大天使号即将從奧布的基地中出發。原本想與大天使号一起行動的卡嘉莉被父親的話所觸動，留在了奧布。在烏茲米、基拉的父母以及卡嘉莉等人的送别下，大天使号終于出發。阿斯蘭判斷出大天使号的行進路線，并在大天使号的必經之路上設伏。雙方在公海展開了激戰，依靠強襲高達的三種裝備，基拉在與薩拉隊四機的戰鬥中占了上風。為了掩護阿斯蘭，迅雷高達被使用劍裝備的強襲高達攔腰砍中，尼高爾戰死。

第30集

迅雷高達被擊破後，薩拉隊不得已撤退。勝利歸來的基拉受到整備班的祝賀，但他本人卻因為殺人以及與阿斯蘭的關系而無法釋懷。另一方面，薩拉隊的三人也因尼高爾的死而陷入痛苦之中，特别是阿斯蘭無法原諒尼高爾因自己的錯誤而戰死，決意殺掉基拉為尼高爾報仇。薩拉隊再度對大天使号發動了攻擊。強襲高達、空中霸王一号機與聖盾高達、決戰高達和暴風高達開始了慘烈的戰鬥。混戰中，大天使号遭受重創，多爾駕駛空中霸王二号機出擊。被穆擊落的迪亞克向大天使号投降。趕去支援基拉的多爾被阿斯蘭擊墜。憤怒的基拉和阿斯蘭均發動了SEED模式。一番死鬥之後，阿斯蘭啟動了聖盾高達的自爆裝置并脫出，強襲高達和聖盾高達同歸于盡。

第31集

大天使号剛剛擺脫了薩拉隊的糾纏，卻又被奧斯曼隊追擊。在戰力嚴重缺損的情況下，瑪琉不得已放棄了對強襲高達和空中霸王二号機的搜尋救援工作，下令撤退。接受大天使号救援請求的奧布軍在基拉與阿斯蘭激戰的地方救起了阿斯蘭，并移交給ZAFT軍。被瑪爾基奧導師救起的基拉在拉克絲家裡蘇醒過來。

第32集

大天使号終于到達了阿拉斯加，但卻被命令在艦内待機克魯澤告訴逐漸恢複的阿斯蘭，他因出色的表現而将被授予星雲勳章。塞一直安慰着因多爾在戰鬥中失蹤痛苦的米麗亞莉雅。大天使号的醫務室裡，米麗亞莉雅對冷嘲熱諷的迪亞克舉起了刀，被剛剛進來的塞攔住；随後而來的芙蕾對迪亞克開槍，卻因被米麗亞莉雅撲住而射偏。

第33集

以維利亞姆·薩紮蘭德上校為首，地球聯合軍軍令部開始對大天使号上的指揮人員進行審議。另一方面，養傷中的基拉得到了拉克絲的精心照顧。雖然肯定了大天使号的戰績，但薩紮蘭德上校認為瑪琉對此前一系列的事态應負相當的責任。查問會結束後，薩紮蘭德還下達了穆、娜塔爾和芙蕾的轉屬命令。為了接受星雲勳章，阿斯蘭從地球乘坐穿梭機返回PLANT。

第34集

穆、娜塔爾和芙蕾三人告别了大天使号。随後大天使号接到命令，由第八艦隊轉屬阿拉斯加守備軍第五護衛隊。由帕特利克·薩拉親自發布命令，ZAFT軍發動了Spit Break作戰。然而其目标卻并非原先的巴拿馬，而是地球聯合軍總部所在的阿拉斯加。在聯合軍主力全往巴拿馬布防的情況下，作為守備隊的大天使号不得不出擊迎戰。正在拉克絲家裡休養的基拉得知了Spit Break作戰發動的消息，為大天使号上的友人們擔心不已。侵入聯合軍總部的克魯澤遇到了尚未離開的芙蕾。聽到克魯澤的聲音，芙蕾的眼前出現了父親的幻覺。克魯澤将芙蕾擊昏并帶走。拉克絲領着基拉來到自由高達的格納倉庫。帶着拉克絲的期盼，基拉駕駛着自由高達離開了PLANT。依靠着自由高達的強大力量，基拉輕易擊破了兩架攔截的MS，卻與剛從地球返回的阿斯蘭失之交臂。

第35集

“真Spit Break作戰”進行中。雖然ZAFT軍取得了壓倒性的優勢，但由于聯合軍的頑強抵抗所造成的傷亡也不少。克魯澤、穆和娜塔爾得知了聯合軍真正的作戰計劃，即以阿拉斯加基地為誘餌，把ZAFT軍吸引到這裡，然後使用半徑為10千米的破壞武器——“獨眼巨人”予其毀滅性的打擊。穆返回到大天使号上，并将聯合軍的真意告訴了瑪琉等人。瑪琉決定撤出戰場。然而，大天使号正被密密麻麻的ZAFT部隊重重包圍着。千鈞一發之際，駕駛自由高達的基拉趕到，為大天使号解了圍。基拉将通過瑪琉得知的聯合軍的作戰方案，于是通告了正在交戰的雙方，并勸雙方停止交戰，迅速撤離阿拉斯加基地。“獨眼巨人”系統啟動，并造成了巨大的破壞。“Spit Break作戰”失敗的消息傳到了剛剛回到PLANT的阿斯蘭耳中，同時，他還得知了“在拉克絲的幫助下，新MS被奪取”的消息。

第36集

由于“Spit Break作戰”的失敗及自由高達被奪取，PLANT陷入一片混亂之中。PLANT最高評議會議長帕特利克·薩拉命令剛回到PLANT的阿斯蘭去搜索自由高達被盜的協力人——拉克絲。另一方面，與大天使号合流的基拉與衆人商讨今後的出路。因為大天使号是未經許可私自撤離戰場，所以返回聯合軍的話肯定會以敵前逃亡罪被拘捕，還不如流亡到奧布。阿斯蘭終于找到了拉克絲，然而對于拉克絲“戰鬥的意義”的疑問，他卻無以為答。被拉克絲告知基拉在地球上，阿斯蘭駕駛着正義高達開始出擊。

第37集

大天使号到達奧布，然而卻無法自由行動。奧布原代表烏茲米·納拉·阿斯哈接到了地球聯合“若不協力則視為敵對行為”的威脅。在地球聯合軍的另一處重要據點巴拿馬，于“Spit Break作戰”中遭受嚴重失敗的ZAFT軍卷土重來，想要破壞巴拿馬的質量加速機（Mass Driver）；聯合軍方面則投入了量産型MS GAT-01 Strike Dagger以對抗，但在ZAFT軍的超級武器“貢格尼爾”（這個名稱來源于北歐神話中主神奧丁所使用的長矛）面前幾無抵抗之力。奧布将回收修複後的強襲高達轉交給了大天使号，換成可由自然人進行操作的操作系統之後，配給了穆駕駛。

第38集

巴拿馬之戰的結果是聯合軍高層（不如說是大西洋聯邦的人更合适）萬萬沒有想到的，焦慮的他們派藍色波斯菊的總帥穆爾塔·阿茲拉艾爾率領太平洋艦隊前往讨伐“非我即敵”的奧布。随同他們前往的除了量産型MS外，還有最新的三部GAT系列高達。聯合軍的太平洋艦隊兵臨城下，一直保持中立的奧布不得不準備開戰。大天使号決定幫助奧布抵抗聯合軍的技工，因此基拉駕駛的自由高達和穆駕駛的強襲高達與奧布的M1 Astray一起并肩作戰。衆人陷入了與無視光束攻擊的禁斷高達、強力的接近戰型強奪高達以及高火力的災厄高達的苦戰之中。而在這時，前來援助基拉等人的，是阿斯蘭駕駛的正義高達和被釋放的迪亞克駕駛的暴風高達。

第39集

在阿斯蘭及迪亞克的幫助下，基拉等人擊退了駕駛三部最新的GAT系列高達的克羅特、夏尼和奧爾加，聯合軍太平洋艦隊也因此被迫撤退。原來克羅特等三人并非像基拉那樣天生具有MS機師的禀賦，而是要借助藥物人為地獲得操縱MS的能力，所以實際上也是一種“強化人”（boosted man）。另一方面，基拉和阿斯蘭這對好朋友終于可以笑顔相對，站到一條戰線上來。　　而此時的聯合軍太平洋艦隊重整了态勢，以駕駛高達的克羅特三人為核心，再度來襲。

第40集

聯合軍太平洋艦隊再度對奧布發起攻擊。戰鬥越發激烈，奧布本土岌岌可危，随時都有可能陷落。奧布原代表烏茲米再三權衡後，決定放棄奧布本土。奧布的殘存部隊集中在宇宙艦草剃号及大天使号上，預備由質量加速機上向宇宙發進。在基拉和阿斯蘭兩人的聯手通力支援下，草剃号和大天使号成功地擺脫了太平洋艦隊的攻擊，自大氣圈脫出。臨行前，卡嘉莉終于知道了自己和基拉的兄妹關系。目送草剃号和大天使号離開後，仍留在奧布的烏茲米按下按鈕，進行了壯絕的自爆。

第41集 

脫離了大氣圈的草剃号和大天使号準備前往位于L4的廢棄了的殖民衛星群。在PLANT，帕特利克·薩拉的肅正行動仍在繼續；而克萊茵派也針鋒相對地在地下持續進行着反戰宣傳。一直追求以和平方式來解決争端的前最高評議會議長西格爾·克萊茵在肅正行動中被射殺。芙蕾與克魯澤和伊紮克一起返回PLANT。聯合軍在奪回了維多利亞基地的質量加速機之後，為追擊大天使号而向宇宙發進。卡嘉莉向基拉告知了兩人的雙胞胎關系；阿斯蘭想回到PLANT，再次與父親好好談一談。另一方面，娜塔爾前往月面基地就任大天使級二号艦主天使号（Dominion）的艦長，軍銜也晉升為少校。

第42集

阿斯蘭前往ZAFT的宇宙要塞“雅金·杜埃”與父親見面，但帕特利克·薩拉“這場戰争的目的就是為了滅絕自然人”的回答讓阿斯蘭徹底死了心。為了從阿斯蘭那裡獲取自由高達與正義高達的所在，帕特利克将阿斯蘭拘禁起來；得知消息的拉克絲等人立即開始行動起來。将脫出的阿斯蘭收容的，是以拉克絲為指揮官的ZAFT軍的新造戰艦“永恒号”，而艦長正是安德魯·巴特菲爾德。向宇宙要塞“雅金·杜埃”發進的永恒号遭到了ZAFT軍追擊隊的攻擊。危急時刻，駕駛自由高達的基拉出現，解救了永恒号草剃号、大天使号和永恒号在L4的殖民衛星“門德爾”會合了。安迪、拉克絲這些“克萊茵派”的人，也與大天使号的衆人再度見面。

第43集

得到ZAFT軍正在向大天使号駐留的L4殖民衛星群發進的消息後，藍色波斯菊的總帥穆爾塔·阿茲拉艾爾帶着三架高達來到主天使号上，準備搶先一步對大天使号發動攻擊。另一方面，正在追擊永恒号途中的克魯澤，似乎對門德爾這個地方十分的熟悉。主天使号對大天使号、永恒号及草剃号所在的門德爾發動了突襲。除了未完成最終調試的永恒号之外，大天使号和草剃号先後出動迎戰。雙方交戰之前，娜塔爾向大天使号表明了自己的身份，勸衆人投降并表示願意在軍事法庭上作證；但被瑪琉婉言謝絕。在娜塔爾的出色指揮下，大天使号被打得毫無還手之力，草剃号也被牽制住無法行動。克魯澤隊于此時趕到。看着正在交戰的雙方，克魯澤決定帶着伊紮克秘密潛入門德爾。感應到克魯澤的存在的穆也和迪亞克回到了殖民衛星。　　前去幫助大天使号的基拉，自己也陷入了極其嚴重的境地。

第44集 

危急時刻，基拉和阿斯蘭先後爆發了種能力，将不利局面扳了過來；克羅特等三人被打得一敗塗地，機體能量逐漸見底；與此同時，草剃号也擺脫了牽制，前來協助大天使号。見勢不妙的娜塔爾當機立斷，下令撤退。另一方面，穆和迪亞克在殖民衛星内部遇上了秘密潛入的克魯澤和伊紮克，四人捉對展開了激烈的MS戰。得知駕駛暴風高達的對方正是迪亞克的伊紮克大吃一驚，而迪亞克也要求和伊紮克談一談。發覺穆和迪亞克仍未歸來的基拉也前往殖民衛星内部，正好救下了被克魯澤擊傷的穆。在克魯澤的有意帶領下，穆和基拉來到了研究所内部。在研究所裡，克魯澤不僅說出這裡就是基拉的出生地，而且還透露出一個驚天的秘密。

第45集

在殖民衛星門德爾的研究所内部，穆和基拉兩人因克魯澤說出的沖擊性的事實而受到極大的震撼：原來基拉是雙胞胎中唯一被進行遺傳基因操作而在人工子宮裡成功出生的新人類；而克魯澤竟然是穆的父親——阿爾塔·佛拉達的克隆體；克魯澤的最終目的，則是終結這個充斥着欲望的世界。穆和基拉留在了研究所裡；克魯澤則返回了威薩利烏斯号上。克羅特等三人恢複過來後，主天使号再度對大天使号發動了攻擊；而強襲、暴風和自由三架高達均未返回的大天使号，隻得由正義高達獨自應戰。另一方面，返回到威薩利烏斯号上的克魯澤，将“打開門的鑰匙”托付給了芙蕾之後，開始向大天使号發動攻擊。

第46集

戰鬥中，芙蕾帶着“打開門的鑰匙”乘上救生艙離開了威薩利烏斯号，并發出了救命信号。聽到芙蕾的聲音後，基拉迅即趕往救生艙，但卻為三個強化人所阻攔，救生艙被主天使号回收成功。終于得到了“打開門的鑰匙”裡關于“中子幹擾消除器”的情報，阿茲拉艾爾不禁大喜過望。遭到主天使号和ZAFT艦隊夾擊的大天使号等三艘戰艦突破了ZAFT艦隊的阻擊。草剃号和永恒号向ZAFT的旗艦威薩利烏斯号合力發動了攻擊。在曾經的部下阿斯蘭和迪亞克的敬禮中，亞迪斯艦長和威薩利烏斯号永遠地消失在漆黑的宇宙之中。由于主天使号的三個強化人都達到了活動的界限，ZAFT方面也失去了旗艦威薩利烏斯号，大天使号等終于在激戰中得以生還，但受傷醒來的基拉卻因未能救出芙蕾而十分愧疚，在拉克絲的膝上痛哭不已。

第47集 

得到了“中子幹擾消除器”的情報的主天使号暫時撤離了戰鬥，向月球方向撤退，準備用核武器來壓制新人類。然後，從月面基地發進的地球聯合軍第六、第七艦隊帶着裝備了“中子幹擾消除器”的核彈頭向ZAFT軍的宇宙要塞“博亞茲”進軍。沒有料想到地球方面會擁有“中子幹擾消除器”的ZAFT軍被打得大敗。醉心于“博亞茲”的勝利的地球聯合軍，更進一步地向PLANT本國發射了核彈，幸好被駕駛自由高達和正義高達的基拉和阿斯蘭聯手阻止。焦慮不已的帕特利克·薩拉生怕“染血的情人節”的悲劇再現，決定對地球聯合軍的艦隊使用ZAFT方面的核武器——“Genesis（創世紀）”。

第48集

ZAFT軍的秘密武器“創世紀”所放出的γ射線肆意地射向地球聯合軍的宇宙艦隊，地球聯合軍傷亡慘重。雖然深為“創世紀”的恐怖所震撼，藍色波斯菊的盟主阿茲拉艾爾卻主張繼續攻擊。在彼此的兵器的恐怖和被煽動的戰意驅動下，地球聯合軍和ZAFT軍開始向你死我活的戰場發進。另一方面，基拉等人為了阻止核武器和創世紀繼續造成破壞，決定介入地球聯合軍和ZAFT軍的死鬥。最終之戰的序幕，即将拉開。

第49集

“創世紀”發動了第二波攻擊，直接摧毀了月面基地，從月面基地出發的地球聯合軍艦隊也被全滅。斷絕了後路和援軍的主天使号在阿茲拉艾爾的堅持下隻得孤軍奮戰。在激烈的戰鬥中，M1 Astray小隊成員大半陣亡，使得卡嘉莉的種能力覺醒；禁斷高達和災厄高達相繼被趕來協助的決戰高達和正義高達擊毀；穆所駕駛的強襲高達在與克魯澤駕駛的神翼高達的對決中受損，不得不暫時撤回大天使号。大天使号和主天使号仍然在持續地互相攻擊。娜塔爾不願意再繼續這種毫無意義的戰鬥，在阿茲拉艾爾舉槍威脅下仍然下令全員棄船，結果自己被阿茲拉艾爾射殺。阿茲拉艾爾單獨對大天使号發動了最後的進攻，穆駕駛強襲高達為大天使号擋住了這緻命的一擊，自己卻壯烈犧牲。萬分痛苦的瑪琉下令擊毀了主天使号。

第50集

感應到克魯澤的存在的基拉駕駛着自由高達與天命高達開始了死鬥。混戰中，迪亞克所駕駛的暴風高達被天命高達的浮遊炮擊中；駕駛決戰高達的伊紮克前來援救，卻被強奪高達所阻擊。決戰高達使用了暴風高達的大型光束炮，将無論是機體還是機師都到達極限的強奪高達擊毀，克羅特戰死。在與克魯澤的死鬥中，基拉處于一邊倒的不利局面，流星系統也被擊毀。就在這時，基拉突然發現了逃生艇上的芙蕾，當兩人行将見面時，逃生艇被神翼高達的浮遊炮擊毀，芙蕾死亡。草剃号和永恒号同時向創世紀開火，但由于相轉移裝甲的保護，創世紀安然無恙。阿斯蘭和卡嘉莉決定進入雅金·杜埃要塞内部來破壞創世紀。陷入瘋狂的帕特利克·薩拉将創世紀的下一個目标定為北美大陸的華盛頓，并開槍打傷了勸阻他的部下，最後被部下射殺。雅金·杜埃的自爆系統被啟動，然而自爆程序上還連帶着創世紀的發射命令。阿斯蘭決定以一己的犧牲讓正義高達在雅金·杜埃内部自爆來阻止創世紀的發射，卻被卡嘉莉勸阻。基拉與克魯澤的死鬥也終于到了最後。神意高達的駕駛艙遭到自由高達光束劍的直擊，克魯澤死亡。雅金·杜埃發生爆炸，創世紀同時發射，神意高達首當其沖，自由高達也被波及。PLANT臨時最高評議會發布了停戰通告，戰争終于結束。劫後餘生的阿斯蘭和卡嘉莉相擁而泣。在從大天使号上飛出的機械鳥的帶領下，阿斯蘭和卡嘉莉找到了飄浮在宇宙中的基拉。

續作介紹

《機動戰士高達SEED DESTINY》，是《機動戰士高達SEED》的續集。于日本時間2004年10月9日至2005年10月1日下午六點在日本MBS、TBS系播放，逢周六播出。香港無線電視則譯為《機動戰士特種命運》，由2006年6月24日至2007年7月7日于無線電視翡翠台和AXN播放。