区别
区别一，本质不同，聘用制是企业自身的用人制度，而人事代理制是社会人事管理制度；
区别二，主体不同，聘用制的主体是企业与劳动者，而人事代理制的主体包括人事代理机构、企业与劳动者；
区别三，协调对象不同，聘用制协调的是劳动关系，而人事代理制协调的是人事关系；
区别四，主管部门不同，聘用制是主管部门是劳动与社会保障部门，而人事代理制的主管部门是人事部门。
法律法规
山东省出台《全民所有制企业、事业单位补充干部实行聘用制暂行规定》授权“全民所有制企业、事业单位根据需要，可以从全民所有制和县以上集体所有制工人、非农业户口的国家不包分配的大中专毕业生及其他具有一定专长的人员中聘用干部。”这里实际上把招聘干部和本单位工人聘干混为一谈。同时规定“聘用人员解聘、辞聘后，不保留干部身份和待遇。”
1991年10月12日中央组织部、人事部印发《全民所有制企业聘用制干部管理暂行规定》的通知（人法发〔1991〕5号）认为“企业内部实行干部聘用制，是干部人事制度改革的一项重要内容，是从优秀工人中选拔干部的一种重要方式”。但是缩小了可聘任为干部的人员范围即限定为本企业工人；由于该文规定“全民所有制事业单位聘用制干部的管理可参照本规定执行。”事实上把事业单位的“聘干”也纳入了管理范围。
1992年10月08日人事部出台的《聘用制干部调动暂行办法》规定“批准调动的聘用制干部正式办理调动手续时，原聘用合同即行终止”。按此，如果接收单位是无权签订聘用合同的前述事业单位，该聘干也应该自动恢复其工人身份。
2010年12月，人力资源和社会保障部部长尹蔚民昨天在全国人力资源和社会保障工作会议上透露，2011年我国将全面完成事业单位聘用制推行工作。积极推动事业单位人事管理条例和事业单位工作人员处分规定出台，研究制定事业单位工作人员考核、奖励、申诉、竞聘上岗等单项规定
