發展簡史
20世紀20年代的酒精、甘油和丙酮等發酵工程，屬于厭氧發酵。從那時起，發酵工程又經曆了幾次重大的轉折，在不斷地發展和完善。
20世紀40年代初，随着青黴素的發現，抗生素發酵工業逐漸興起。由于青黴素産生菌是需氧型的，微生物學家就在厭氧發酵技術的基礎上，成功地引進了通氣攪拌和一整套無菌技術，建立了深層通氣發酵技術。它大大促進了發酵工業的發展，使有機酸、微生素、激素等都可以用發酵法大規模生産。
1957年，日本用微生物生産谷氨酸成功，如今20種氨基酸都可以用發酵法生産。氨基酸發酵工業的發展，是建立在代謝控制發酵新技術的基礎上的。科學家在深入研究微生物代謝途徑的基礎上，通過對微生物進行人工誘變，先得到适合于生産某種産品的突變類型，再在人工控制的條件下培養，就大量産生人們所需要的物質。目前，代謝控制發酵技術已經與核苷酸、有機酸和部分抗生素等的生産中。
20世紀70年代以後，基因工程、細胞工程等生物工程技術的開發，使發酵工程進入了定向育種的新階段，新産品層出不窮。
20世紀80年代以來，随着學科之間的不斷交叉和滲透，微生物學家開始用數學、動力學、化工工程原理、計算機技術對發酵過程進行綜合研究，使得對發酵過程的控制更為合理。在一些國家，已經能夠自動記錄和自動控制發酵過程的全部參數，明顯提高了生産效率。
主要内容
現代意義上的發酵工程是一個由多學科交叉、融合而形成的技術性和應用性較強的開放性的學科。發酵工程經曆了“農産手工加工——近代發酵工程——現代發酵工程”三個發展階段。
發酵工程發源于家庭或作坊式的發酵制作（農産手工加工），後來借鑒于化學工程實現了工業化生産（近代發酵工程），最後返璞歸真以微生物生命活動為中心研究、設計和指導工業發酵生産（現代發酵工程），跨入生物工程的行列。
原始的手工作坊式的發酵制作憑借祖先傳下來的技巧和經驗生産發酵産品，體力勞動繁重，生産規模受到限制，難以實現工業化的生産。于是，發酵界的前人首先求教于化學和化學工程，向農業化學和化學工程學習，對發酵生産工藝進行了規範，用泵和管道等輸送方式替代了肩挑手提的人力搬運，以機器生産代替了手工操作，把作坊式的發酵生産成功地推上了工業化生産的水平。發酵生産與化學和化學工程的結合促成了發酵生産的第一次飛躍。
通過發酵工業化生産的幾十年實踐，人們逐步認識到發酵工業過程是一個随着時間變化的（時變的）、非線性的、多變量輸入和輸出的動态的生物學過程，按照化學工程的模式來處理發酵工業生産（特别是大規模生産）的問題，往往難以收到預期的效果。從化學工程的角度來看，發酵罐也就是生産原料發酵的反應器，發酵罐中培養的微生物細胞隻是一種催化劑，按化學工程的正統思維，微生物當然難以發揮其生命特有的生産潛力。于是，追溯到作坊式的發酵生産技術的生物學内核（微生物），返璞歸真而對發酵工程的屬性有了新的認識。發酵工程的生物學屬性的認定，使發酵工程的發展有了明确的方向，發酵工程進入了生物工程的範疇。
發酵工程是指采用工程技術手段，利用生物（主要是微生物）和有活性的離體酶的某些功能，為人類生産有用的生物産品，或直接用微生物參與控制某些工業生産過程的一種技術。人們熟知的利用酵母菌發酵制造啤酒、果酒、工業酒精，乳酸菌發酵制造奶酪和酸牛奶，利用真菌大規模生産青黴素等都是這方面的例子。随着科學技術的進步，發酵技術也有了很大的發展，并且已經進入能夠人為控制和改造微生物，使這些微生物為人類生産産品的現代發酵工程階段。現代發酵工程作為現代生物技術的一個重要組成部分，具有廣闊的應用前景。例如，用基因工程的方法有目的地改造原有的菌種并且提高其産量；利用微生物發酵生産藥品，如人的胰島素、幹擾素和生長激素等。
已經從過去簡單的生産酒精類飲料、生産醋酸和發酵面包發展到今天成為生物工程的一個極其重要的分支，成為一個包括了微生物學、化學工程、基因工程、細胞工程、機械工程和計算機軟硬件工程的一個多學科工程。現代發酵工程不但生産酒精類飲料、醋酸和面包，而且生産胰島素、幹擾素、生長激素、抗生素和疫苗等多種醫療保健藥物，生産天然殺蟲劑、細菌肥料和微生物除草劑等農用生産資料，在化學工業上生産氨基酸、香料、生物高分子、酶、維生素和單細胞蛋白等。
組成部分
發酵工程主要分為三個部分：上遊工程，發酵工程和下遊工程。
上遊工程包括優良種株的選育，最适發酵條件（pH、溫度、溶氧和營養組成）的确定，營養物的準備等。
發酵工程主要指在最适發酵條件下，發酵罐中大量培養細胞和生産代謝産物的工藝技術。這裡要有嚴格的無菌生長環境，包括發酵開始前采用高溫高壓對發酵原料和發酵罐以及各種連接管道進行滅菌的技術；在發酵過程中不斷向發酵罐中通入幹燥無菌空氣的空氣過濾技術；在發酵過程中根據細胞生長要求控制加料速度的計算機控制技術；還有種子培養和生産培養的不同的工藝技術。此外，根據不同的需要，發酵工藝上還分類批量發酵：即一次投料發酵；流加批量發酵：即在一次投料發酵的基礎上，流加一定量的營養，使細胞進一步的生長，或得到更多的代謝産物；連續發酵：不斷地流加營養，并不斷地取出發酵液。在進行任何大規模工業發酵前，必須在實驗室規模的小發酵罐進行大量的實驗，得到産物形成的動力學模型，并根據這個模型設計中試的發酵要求，最後從中試數據再設計更大規模生産的動力學模型。由于生物反應的複雜性，在從實驗室到中試，從中試到大規模生産過程中會出現許多問題，這就是發酵工程工藝放大問題。
下遊工程指從發酵液中分離和純化産品的技術：包括固液分離技術（離心分離，過濾分離，沉澱分離等工藝），細胞破壁技術（超聲、高壓剪切、滲透壓、表面活性劑和溶壁酶等），蛋白質純化技術（沉澱法、色譜分離法和超濾法等），最後還有産品的包裝處理技術（真空幹燥和冰凍幹事燥等）。
此外，在生産藥物和食品的發酵工業中，需要嚴格遵守美國聯邦食品和藥物管理局所公布的cGMPs的規定，并要定時接受有關當局的檢查監督。
