概述
參與基因表達調控的因子，它們與特異的靶基因的順式元件結合起作用。編碼反式作用因子的基因與被反式作用因子調控的靶序列(基因)不在同一染色體上。反式作用因子有兩個重要的功能結構域:DNA結合結構域和轉錄活化結構域，它們是其發揮轉錄調控功能的必需結構，此外還包含有連接區。反式作用因子可被誘導合成，其活性也受多種因素的調節。
結構
同一類序列特異性的反式作用因子由多基因家族所編碼，它們具有特定的蛋白質結構(如上述的鋅指結構、堿性亮氨酸拉鍊、螺旋-環-螺旋基元等)和蛋白質結構上的同源性，因而構成反式作用因子家族，如類固醇激素受體家族、AP1家族等。
主要包括：
1.DNA結合域：a.螺旋-轉角-螺旋；b.鋅指結構；c.亮氨酸拉鍊；d.螺旋-突環-螺旋。
2.轉錄激活域：與其他轉錄因子相互作用的結構成分。常見的轉錄激活結構域有富含谷氨酰胺結構域，富含脯氨酸結構域及酸性α螺旋結構域。
随着表觀遺傳學的發展，研究發現除了蛋白，DNA、RNA也有調控功能，所以現在也稱反式調控元件，主要有miRNA，轉錄因子等。
分類
①通用轉錄因子。普遍存在的轉錄因子，具有識别啟動子原件功能的基本轉錄因子。
②組織特異性轉錄因子：與基因表達的組織特異性有很大關系，能識别增強子或沉默子的轉錄調節因子。
③誘導性反式作用因子：活性能被特異的誘導因子所誘導，不需要通過DNA-蛋白質相互作用就參與轉錄調控的共調解因子。
