背景介紹
在很久以前，有一名訓練家在與路卡利歐結伴來到了卡洛斯地區時，找到了兩塊不可思議的石頭，出現了最初的超級進化。
超級進化的關鍵，在于玩家身上的鑰石與寶可夢攜帶的超級石所産生的共鳴，據說隻有訓練家與寶可夢之間擁有足夠深的羁絆，才能引發兩塊石頭隐藏的力量。
當玩家與寶可夢的心意相通，兩塊石頭共鳴之時，寶可夢将會發生超級進化。
進化過程
在滿足所有超級進化的條件之後，下屏底部會出現超級進化的圖标且閃光，選擇超級進化後，再選擇上方的技能，便可超級進化和攻擊。超級進化不占用回合數，如果選擇超級進化的圖标後而不選擇技能，返回菜單，那麼超級進化的選項将會自動取消，需要再次點擊。
進化條件
要進行超級進化，必須在對戰之前，由該寶可夢攜帶相對應的超級石，也要有一定的親密度。戰鬥時，主角以食指和中指觸碰另一手手腕上超進化環中的鑰石，和寶可夢身上所攜帶的超級石産生共鳴，使寶可夢在該回合對戰雙方使用絕招之前發生超級進化。但并非所有人的鑰石都放置于超進化環上，例如道館訓練家可爾妮的鑰石位于手套上、閃焰隊首領弗拉達利的鑰石位于戒指上、冠軍卡露乃則放置于項鍊上。
條件方面，在每場對戰中，主角的隊伍隻能有一隻寶可夢發生超級進化，但隊伍裡可以存在多隻攜帶超級石的寶可夢，在對戰未結束之前，已進行超級進化的寶可夢無法變回原來的樣子，就算交換也一樣，且即使該寶可夢瀕死，其他寶可夢也無法進行超級進化，複活後也隻能恢複一般狀态，無法再次進行超級進化。對戰結束後，已進行超級進化的寶可夢将會恢複原樣。
通過超級石進化後的寶可夢，在種族值、屬性、特性都可能會有所改變。
戰鬥效果
寶可夢的攻擊順序是根據超級進化時所使出的技能的速度來判定的，和超級進化後的速度并無關聯。超級進化後，擁有超級進化特性的寶可夢會自動轉換特性。
超級進化不受寶可夢的睡眠、冰凍狀态等無法行動限制，無視扣押狀态。但對于正在使用多回合攻擊技、蓄力技、硬直技等完全跳過命令階段的場合，自然無法進行超級進化。
在戰鬥中，如果一隻寶可夢攜帶對應的超級石，則寶可夢與道具自動綁定，無論是否進行超級進化。打落、戲法等技能對綁定的超級石無效，并且不能将一個超級石交換給其對應的寶可夢。但如果攜帶的超級石并不與寶可夢對應，則和其它道具相同。當寶可夢變身為其它寶可夢時，也無法觸發超級進化。超級進化命令不受特性影響。
原始回歸
主詞條：原始回歸
原始固拉多是地面和火屬性寶可夢，特性為終結之地（おわりのだいち，Desolate Land），可以制造陽光強烈的天氣，直到寶可夢下場都無法改變，并且水屬性技能無法使用。身高5.0m，體重999.7kg。可以學會技能斷崖之劍。蓋歐卡
蓋歐卡
原始蓋歐卡是水屬性寶可夢，特性始源之海（はじまりのうみ，Primordial Sea），可以制造暴雨天氣，直到寶可夢下場都無法改變，并且火屬性技能無法使用。身高9.8m，體重430.0kg。可以學會技能根源波動。
可超級進化的寶可夢
第六世代
XY：妙蛙花、噴火龍、水箭龜、胡地、耿鬼、袋獸、凱羅斯、暴鯉龍、化石翼龍、超夢、電龍、巨鉗螳螂、赫拉克羅斯、黑魯加、班基拉斯、拉帝歐斯、火焰雞、沙奈朵、大嘴娃、波士可多拉、恰雷姆、雷電獸、詛咒娃娃、阿勃梭魯、烈咬陸鲨、路卡利歐、暴雪王。
歐米伽紅寶石/阿爾法藍寶石新增：拉帝亞斯、拉帝歐斯、大針蜂、大比鳥、呆殼獸、大鋼蛇、蜥蜴王、巨沼怪、勾魂眼、巨牙鲨、噴火駝、七夕青鳥、冰鬼護、暴飛龍、巨金怪、烈空座、長耳兔、艾路雷朵、差不多娃娃、蒂安希。
第七世代
SM、USUM：新增“牽絆變身”特性的甲賀忍蛙。
LPLE：妙蛙花、噴火龍、水箭龜、大針蜂、大比鳥、超夢、暴鯉龍、化石翼龍、呆殼獸、凱羅斯、耿鬼、袋獸、胡地。
細節
在官方頁面和超級進化環的廣告中，曼迪曾把超級進化譯為百萬進化。
所有可以超級進化的寶可夢超級進化之後，其新名字都是在原名之前加上メガ，然而有兩種寶可夢（大竺葵和遠古巨蜓）的原名就帶有メガ（分别是メガニウム和メガヤンマ），因此一時成為調侃的對象。
在遊戲中，隻有在本次開啟遊戲後主角第一次進行超級進化時才會出現完整版的動畫，其它時候都是簡要版的動畫。
超級進化之後，HP的種族值不會發生改變，其他五項種族值不論增減，相加起來都比進化前多100，胡地是例外，因為在第六世代特防相比第五世代增加10的關系，使得超進化之後種族值合計隻增加90。但是在第六世代同樣增加了種族值的電龍沒有出現此現象，因此胡地的情況可能是制作疏忽。
超級進化之後，隻有物防、特攻、特防和速度的種族值可能下降，其中超夢Y（90→70）、蒂安希（150→110）的物防下降；電龍（55→45）、赫拉克羅斯（85→75）、勾魂眼（50→20）、噴火駝（40→20）、烈咬陸鲨（102→92）、暴雪王（60→30）的速度下降；大針蜂（45→15）是出現特攻下降情況的超級進化寶可夢；蒂安希（150→110）則是出現特防下降情況的超級進化寶可夢。
擁有性别差異的寶可夢（妙蛙花、胡地、暴鯉龍、巨鉗螳螂、赫拉克羅斯、黑魯加、火焰雞、恰雷姆、烈咬陸鲨、暴雪王）在超級進化之後，性别差異會消失。
烈空坐是一隻不需要超級石和鑰石的寶可夢，并且不需要訓練家就可以超級進化。隻需學會畫龍點睛。
在可以透過特性開啟的四種天氣之中，隻有下雨無法通過超級進化啟動，因為沒有任何一隻超級進化後的寶可夢的特性為降雨。
能夠超級進化的寶可夢囊括了全部18種屬性。
在第五世代就有超級進化的雛形：
在寶可夢黑2白2中出現了超級進化的雛形：好萊塢中某系列電影講述主角制作了時間機器來到未來，發現未來人類被寶可夢當成奴隸，得知是因為蟲屬性寶可夢因為超級石而變得比人類智商還高，從而統治世界，最後主角改變了未來。
