事件过程
飞机被劫
在1976年6月27日，即行动开始的七天前，法国航空（Air France）139航班从希腊雅典起飞，预定降落在法国巴黎。大约在飞机从雅典起飞10分钟后，即当地时间12:30，飞机被一伙恐怖分子劫持。他们命令机组将飞机飞往利比亚的班加西（Banā稁ī）。飞机降落到班加西后，一名女性人质被允许离开飞机。
当飞机正在补给燃料时，这架空中客车A300客机突然脱开输油管，强行起飞。此时飞机刚在班加西停留满七个小时。次日凌晨03:15，飞机降落在了乌干达的恩德培国际机场（Entebbe International Airport）。
劫机者
劫机者共有10人，其中8人是巴勒斯坦解放组织（Palestine Liberation Organization，简称“人阵”（PLO））成员，其余两人是德国恐怖组织巴德尔—迈因霍夫集团（Baader-Meinhof Gang，即红军派，简称“RAF”）的成员。显然，他们得到了当时的乌干达政权和其首脑、亲巴勒斯坦的总统、独裁者伊迪·阿敏（Idi Amin）的支持。
这些劫机者的首领是德国人威尔弗雷德·博泽（Wilfred Böse），而不是某些媒体所报道的著名恐怖分子伊里希·拉米雷斯·桑切斯（Ilich Ramírez Sánchez），即臭名昭著的“豺狼卡洛斯”（"Carlos the Jackal"）。他们提出的条件是，释放关押在以色列的40名巴勒斯坦人和其他13名分别被肯尼亚、法国、瑞士和德国拘留的从事恐怖活动的嫌犯。
双方对峙
旅客被扣留在了机场的旧航站楼。期间伊迪·阿明还曾亲自看望人质，并宣称会“保障所有人质的安全”。之后，劫机者释放了大多数的人质，只留下以色列人和犹太人。劫机者还威胁说，如果以色列当局不按照他们的要求释放40名巴勒斯坦囚犯的话，他们将杀死所有这些人质。
释放人质
在劫机者宣布所有机组人员和非犹太人乘客将会被释放，并搭乘一架专程飞到恩德培的一架法航客机离开之后，139航班的机长米歇尔·巴科（Michel Bacos）通知劫机者说，他将拒绝离开，因为保护所有乘客，包括依然滞留在恩德培的犹太乘客是他应尽的职责。其他机组成员，包括大多数空乘服务人员，也都放弃了获得自由的机会（不过当他们回到巴黎之后，巴科遭到了他在法航的上司的严厉斥责，并被停职一段时间）。
还有一位法国籍修女也拒绝离开，并坚持要求释放一名犹太人质以代替她。但是最后她还是被乌干达士兵强行驱赶到了那架等候释放的人质的法航客机上。
突击行动
以色列突击队飞行路线以色列政府决定采取武力手段来营救剩余的人质，并从以色列国防军中挑选精英分子组成一支由280名成员组成的突击队并紧急训练，突击队成员除以色列国防军特种兵外，还有以色列总参谋部直属侦查营（野小子特种部队），有消息称，据猜测还有一些摩萨德特工参与了这次行动。他们的这次行动还得到了阿明政权的死对头肯尼亚政府的全力支持。
经过数日计划后4架以色列空军的C-130运输机从以色列秘密起飞，以超低空飞行避开乌干达军方雷达。约过了8小时，四架飞机乘着夜色秘密降落在了恩德培国际机场，而在事先他们也并未通知那里的地面控制塔台。
在这四架大力神之后，还有一架运送着医疗设备的空军喷射机跟随。这架飞机将降落在肯尼亚的乔莫·肯尼亚塔国际机场（Jomo Kenyatta International Airport）。整个行动由总理拉宾授权，伞兵司令薛姆龙担任总指挥、乔纳桑·内特雅鲁担任袭击地面总指挥。
突击队赶在午夜降临前一个小时（1976年7月3日乌干达时间23时45分）悄悄降落在了恩德培国际机场。他们在降落前就打开了飞机的货舱门。货舱内有一辆黑色的梅塞德斯和护卫的几辆吉普，随后以色列人便驾着这些车辆驶出运输机，径直驶往旧航站楼。为了避免乌干达人的怀疑，以色列人故意挑选了这辆梅塞德斯和其他吉普，这样看上去就很像是伊迪·阿明或是其他乌干达高官的车队，以色列方面甚至还特意挑选了一名特种兵装扮成阿明总统。
这辆梅塞德斯的原主是一位以色列公民，显然这辆车是在行动前夕才漆成黑色的（这样就几乎可以和阿明的座车乱真），当然在事后还车前，这辆车又被重新漆成了原色。与此同时，另外两支突击小组也开始了行动
当以色列部队冲入航站楼后，特种兵立刻用希伯来语喊话：“趴下，趴下！”。以色列人质听到母语，本能的全部卧倒，武装分子们霎时间犹如退潮后的暗礁一样被孤立了出来，以色列部队第一时间开火，所有在场恐怖分子和乌干达士兵被击毙。据事后统计，以色列特种部队使用了本国生产的“乌兹”冲锋枪，被击毙的恐怖分子平均每人中弹70余颗。但在过程中，有3名人质在交火中丧生，其中一名被军方误杀。
解救人质的同时，其他以色列特种兵炸毁了停放在机坪上的11架米格战斗机（这些战机为乌干达空军主力），以确保撤退过程中不会受到追击，并能确保人质能安全的搭乘在肯尼亚的航班回国，同时也是对乌干达死敌肯尼亚帮助的回报。
突袭过程中与乌干达守备部队交火，在交战中乌干达部队死伤45人，但打死了以色列部队的地面指挥官约纳坦·内塔尼亚胡上校，而他也是这次行动中以色列军队唯一一名阵亡者（值得一提的是，约纳坦·内塔尼亚胡是以色列著名政治家本雅明·内塔尼亚胡（Benjamin Netanyahu）的哥哥，后者曾在1996年至1999年期间担任以色列总理）。
但总的来说整个行动还是像事先演练得那样流畅，10分钟攻占候机大楼，20分钟解救人质，10分钟检查，12分钟返回飞机。从第1架以色列飞机落地到返航的最后1架以色列飞机起飞，只有短短的53分钟。
离奇死因
此次救援行动共造成4人死亡，包括约纳坦·内塔尼亚胡以及3名人质，其中有一名人质被军方误杀。以色列经过调查和询问其他人质后披露了这名人质的死因。
特种部队在向乌干达士兵和劫机者开火扫射的同时还抛出了手雷，其中一枚落到了这名人质跟前。他本来已经趴了下来，但当他意识到手雷就在他跟前时吓得灵魂出窍，惊叫着跳了起来。特种部队的子弹一下子贯穿了他的胸腔。此人当即毙命。
调查结束之后，抛手雷的士兵和打出致命子弹的士兵均被以色列军事法庭判处间接谋杀罪，削去军籍，不得再次参军。
事后分析
行动之所以成功的一个重要原因，就是人质所在的航站楼是由一家以色列建筑商承包建造的。在1960年代到1970年代期间，以色列的企业与非洲各国客户的商业往来相当频繁，所以这样的情况也很正常。幸运的是，在劫机事件发生以后，这家以色列公司还保存有这座建筑的设计图。他们很快把它提供给了以色列政府。此外，被释放出来的人质也提供了很多关于建筑内部结构、劫机者人数和周围乌干达士兵的分布细节等重要信息。
在这次军事行动尚在计划实施期间，以色列国防军为了保证奇袭万无一失，特意在自己的训练基地部分复制了恩德培机场的建筑。当时在乌干达参与了工程的多名以色列平民都参与了这座复制建筑的施工。
据一些研究者考证，在这些平民到达军事基地开始施工之后（当然在到达之前，他们对此行的目的一无所知），军事基地的司令还特意宴请了那位以色列承包商，并且出于国家安全利益的考虑，他承诺在整个工程按期完工以后，所有施工人员将作为军事基地的座上客参观逗留数日以示奖励（等到他们离开基地时行动早已结束了）。因此在行动过程中，计划始终处于保密状态，丝毫没有被外人所知晓。
在奇袭前一个星期里，以色列多次尝试通过政治途径营救人质。很多消息来源证实，以色列内阁甚至准备在军事途径没有成功的可能时，释放劫机者的条件中提到的巴勒斯坦囚犯。以色列国防军前总参谋长，退役将军哈伊姆·巴列夫（General Chaim Bar-Lev）与伊迪·阿明相识多年，两人的私交相当深厚。因此应以色列内阁的请求，巴列夫多次通过电话与阿明交谈，试图说服他，通过他的影响释放人质，不过最后还是无果而终。
事后，乌干达政府的代表在联合国安理会上提出召开会议，并试图通过决议谴责以色列的袭击侵犯了乌干达的主权。不过最终，联合国安理会拒绝通过与该事件有关的任何决议。
