墓穴疑雲
關于秦桧主墓，至今仍未揭秘。曆史上多次出現秦桧墓出日傳說，都在墓穴挖掘完畢後不攻自破。墓磚帶有南宋年号的銘文——“大宋紹興二十五年”（即公元1155年）的基本就可以判定墓葬的絕對年代。而多處疑似秦桧墓的出土點，多半都是先借助此點進行判定，因為這一年正是秦桧去世的年份。
另外，墓葬出土地點對是否秦桧墓也有着特殊的決定意義，它與曆史上所傳的秦桧所葬之處有着千絲萬縷的聯系。南宋權奸秦桧，因殺害忠良遭世人唾棄，他死後葬于何處，曆史上雖沒有十分明确的說法，但宋《景定建康志》曾記載：“太師秦桧墓在牛首山，去城18裡”；元《至大金陵新志》和一些地方志都沿襲其說。宋人嶽珂在《程史·牧龍亭》中記道：“金陵牧龍亭，秦氏之丘壟在焉。”這些史料都未準确指出秦桧墓葬具體地點，但大體位置已經圈定，即為今南京市江甯區牧龍鎮一帶。
1986年時南京市博物館考古人員曾在江甯區牧龍鎮發現秦桧的家族墓，出土了包括錢币、瓷器等在内的多件文物，在其中的一個宋瓷碗上發現了“秦待制位”字樣，因秦桧重孫曾經受“待制”銜，故這座墓葬被确定為秦桧直系後裔的墓葬——秦桧家族墓。按照我國古代慣例，後代子孫的墓一般都在先祖墓地的百米範圍内，故有關專家推測，秦桧本人的墓在這一方圓之内。這一座被确認為秦桧重孫的墓葬。
2004年1月30日開始，南京市博物館聯合江甯區的有關考古人員在位于江甯區接近牧龍鎮的一處沿江施工工地上，挖掘一座高規格的宋代大型磚石墓，據專家推測，種種迹象顯示，墓主很可能就是宋朝大奸臣秦桧。該古墓平面呈凸字型，可見的墓頂部分長8米，寬4米，占地在40平方米左右。從古墓裸露出的部分來看，古墓被一層石灰所覆蓋，周身由燒制甚為工整、堅硬的厚青磚砌成。南京大學文化與自然研究所所長賀雲翺教授表示，從該墓葬的長度以及磚塊等各種迹象可以斷定，這是當時江蘇省已經發現的南宋墓葬中規格最高的，墓主在南宋期間肯定是一位聲名顯赫的人物。該墓每塊墓磚上均帶有南宋年号的銘文——“大宋紹興二十五年”（即公元1155年），墓穴後室約2.6米深，清理困難。2月7日，開棺後，考古工作者陸續發現簪子、梳子、絲綢等物，死者顯然是女性。顯然，這一墓穴是又非秦桧墓。
2006年12月位于南京江甯區清修村的秦桧家族墓挖掘吸引了全國乃至世界媒體的目光。2007年1月2日，江甯宋墓M3号墓墓志銘上的部分文字被市博專家解讀了出來，是“宋故燕國太夫人曹氏”。到這裡，墓主已經排除是秦桧的可能，又一個傳說的秦桧墓被否定。江甯宋墓最終身份揭曉：南京市文物局2月9日召開新聞發布會，公布了秦桧家族墓的主人身份：曹氏、秦熺、鄭氏。
至此，秦桧之真實墓穴，仍下落不明。
後代
《續金陵瑣事》（上卷）記載，明憲宗朱見深當皇帝時，江甯人盜掘秦桧墓事發，被抓後，卻沒有被嚴懲，被從輕處罰：“秦桧墓在江甯鎮，歲久榛蕪。成化乙巳秋八月，被盜所發，獲貨貝以巨萬計。盜被執，而司法者末減其罪，惡桧也。有蔡西圃名昂，曆事大理，親閱囚牍，為作讀以快之。”
住在秦桧墓側的秦桧後代恥于姓秦，都改姓徐，因“秦”字，頭為三人，而“徐”字，“雙人”在旁邊，一人在上面，也是三人，筆畫一樣。秦桧府第原在城南夫子廟附近的秦狀元境（因秦桧父子都曾考中過狀元），但因秦桧人品太醜，當地人恥于提及其氏，改稱“狀元境”。
人物
秦桧出身在一個中小地主的家庭。他父親當過靜江府古縣(今廣西永福縣境)令，這在宋朝統治階級中隻算得上一個小官。秦桧生活在這樣的環境中，不可能疾速地飛黃騰達，因此做過鄉村教師。他對這個職業并不滿意，甚至牢騷滿腹，說“若得水田三百畝，這番不做猢狲王”。他要求不高，隻要有幾百畝好田，不再當“童子師”、“孩子王”，不再靠束修自給，也就可以了。但自從中進士後，他就扶搖直上了。
靖康元年(1126年)，金兵進攻汴京(今河南開封)，要求宋徽宗割讓三鎮：太原，中山(今河北定縣)、河間。這時身為職方員外郎的秦桧，提出了較為重要的四條意見。一是金人貪得無厭，要割地隻能給燕山一路：二是金人狡詐，要加強守備，不可松懈：三是召集百官詳細讨論，選擇正确意見寫進盟書中，四是把金朝代表安置在外面，不讓他們進朝門上殿堂．當時要弭兵就得割地。北宋派秦桧和程璃為割地代表同金人進行談判。秦桧在談判中尚能堅持上述意見，于是又升為殿中侍禦史、左司谏。後來，金統治者“堅欲得地，不然，進兵取汴京”．朝中百官在讨論中，範宗尹等七十人同意剖地，秦桧等三十六人認為不可。
在宋徽宗，宋欽宗被俘後，女真貴族要宋朝遺臣推立張邦昌為傀儡，秦桧持反對态度．他認為張邦昌過去附會有權勢者，幹的是有損國家利益的事。而大宋江山傾危，人民苦不堪命，這盡管不是一個人造成的，但張邦昌是推卸不掉他的責任的。對此，人民群衆痛恨他象痛恨仇敵似的．如果給他地盤，又讓他主宰人民，那麼，各地的英雄豪傑定會聯合起來鞭責讨伐，張邦昌最後也成不了大金的重臣。一定非立張邦昌為帝，“則京師之民可服，天下之民不可服，京師之宗子可滅，天下之宗子不可滅”。從秦桧提出對金的意見，割地問題上的主張以及反立張邦昌為帝來看，還沒有發現他這時有投降活動的迹象。他的官位已提到了禦史中丞，威權頗重了。
靖康二年(1127年)，金人以秦桧反立張邦昌為借口，将他捉去，同去的還有他的妻子王氏及侍從等．這時宋徽宗得知康王趙構即位，就緻書金帥粘罕，與約和議，叫秦桧将和議書修改加工潤色。秦桧還以厚禮賄賂粘罕（漢名完顔宗翰），金太宗把秦桧送給他弟弟撻懶任用。從此，秦桧亦步亦趨地追随着撻懶，逐漸成為他的親信。
秦桧南歸後，自稱是殺死監視他們的金兵奪船而來的。臣僚們随即提出一連串的問題；孫傅，何粟、司馬樸是同秦桧一起被俘的，為什麼隻有秦桧獨回?從燕山府(今北京城西南)到楚州二幹八百裡，要爬山涉水，難道路上沒有碰上盤查詢問，能殺死監守人員，一帆風顧地南歸？就算是跟着金将撻懶軍隊甫下，金人有意放縱他，也要把他家眷作為人質扣留，為什麼能與王氏偕行而南呢？這些疑問隻有他的密友、宰相範宗尹和李回為他辯解，并竭力舉薦他忠于趙家皇朝．但疑團并沒有完全消除。
