同時招标
第三條地鐵線意見，第一種是建設跨越長江的三号線（直線），線路為：江浦林場—大勝關（過江）—南京火車站—城東幹道—雙龍街—江甯火車站（将來京滬高速鐵路南京南站）。第二種意見是建環形的地鐵六号線，線路為：南京火車站—建甯路—下關—河西經四路—集慶門—秦淮區—白下區—禦道街—明故宮—新莊—南京火車站。
招标的地鐵涉及到四條線，二号線東延線、二号線西延線、三号線與六号線西北環線，共長73.6公裡。标段分别是：二号線東延線：馬群-仙林大學城，長度約9.7公裡；二号線西延線：集慶門大街-城西路，長度約19.4公裡。三号線：南京南站-林場，長度約30.9公裡。
六号線西北環線：南京站以東的塍子村車輛基地-集慶門大街段，長度約13.6公裡。
三号線、六号線一起建
相對于即将開通的地鐵一号線和幾個月後動工的地鐵二号線，第三條地鐵線路似乎離南京人還有些距離。地鐵三号線、地鐵六号線哪條先建，先前一直未有定論。一号線建成通車時，有關領導在介紹到這兩條線路建設順序時，曾談到過三種專家意見：一種傾向先建三号線，三号線是一條過江線，對于江北的發展會起到好的推動作用；另一種傾向先建六号線，六号線是一根環線，對于連接一号線二号線、串連起城區的軌道交通會起到很好的效果；最後一種意見就是兩條線路同時建設。最後一種方案勝出。
六号線與三号線将在2008年前同時開工建設。
工程規劃
南京市城市規劃，到2050年南京市的軌道交通線網将由10條地鐵線、4條輕軌線構成共計433公裡的網絡。
1号線：貫穿主城南北中軸線最重要的客流走廊，沿途經邁臯橋、南京火車站、玄武門、鼓樓，穿越新街口中央商務區，向南途經三山街、中華門等車站，再向西接河西新城城市副中心至奧體中心。
2号線：貫穿主城東西中軸線客流走廊，東連仙林大學城，西通河西新城區，中間穿過新街口中央商務區。途經孝陵衛、中山門、明故宮、新街口、漢中門、莫愁路、緯九路等車站。具體走向為:汪家村站-中和村站-元通站-向興路站-所街站-集慶門大街站-茶亭站-莫愁湖站-漢中門站-上海路站-新街口站-大行宮站-逸仙橋站-明故宮站-苜蓿街站-小衛街站-孝陵衛站-鐘靈街站-馬群站-紫金站-仙鶴門站—仙鶴中站—南師大站—仙鶴東站。（西延支線為集慶門大街站-上新河站—江心洲站）
3号線：又一條南北客流主幹線，貫穿大江南北、連接主城江北新市區和東山新市區，連接祿口機場、南京鐵路南站、南京火車站及江北火車站最重要的對外交通樞紐。具體走向為:南京南站-玉蘭路-雨花門-長樂路-建康路-常府街-大行宮-浮橋-市政府-新莊-南京站-幹休所-玉塘村-濱江路-浦珠路-京新村-火炬南路-林場
4号線：又一條東西客流主幹道，貫穿主城、仙林新市區和江北新市區。具體走向為:紫金山站-岔路口東-櫻花路-省經幹院-九華山-市政府-鼓樓-雲南路-省委-中保（過江）-浦口中心區
5号線：貫穿主城東南和西北的加密線，分流1号線和市中心區的客流量。具體走向為:下關-鹽倉橋-福建路-虹橋-山西路-雲南路-五台山-上海路-朝天宮-三山街-建康路-大中橋-光華門-小天堂-七橋甕-大校場-城北路-金箔路
6号線：為主城内的環線，平衡主城内軌道線網客流，并帶動沿線一些主要地區再開發。具體走向為:曹後村-南京站-金橋市場-城河村-大橋南路-下關-農貿中心-中保-管子橋-集慶門大街-所街-向興路-元通-中和村-（預留站）-将軍路-南京南站-大校場機場-大校場路-光華門-明故宮-富貴山-省經幹院-長途汽車東站-曹後村
7号線：是主城兩部南北向的預留線，分流南北向主幹線的客流量。線網建成後南京市中心區線密度将達到1.2kkm2；主城的線網密度達到0.63km/kkm2，都市發展區線密度達到1.13km/km2。具體走向為:南京南站-共青團路-甯丹路-安德門-東青石-應天路-沿河街-莫愁湖-省委-古平崗-福建路-城河村-幹休所-黃方村-窯上村-曉莊-化纖新村-田家邊-堯鐵站
8号線：西善橋-汪家村-小行-中華門-雨花門-中和橋-小天堂-勝利村-雙拜崗-滄波門
9号線(輕軌)：南京南站-祿口機場（與南站同步建設，站點尚在規劃中）
南京市規劃到2050年南京市的軌道交通線網将由10條地鐵線、四條輕軌線構成共計433公裡的網絡。預計今後50年内，南京規劃軌道交通道路總長度将達到433公裡，共設置13條軌道交通，線網密度達到每平方公裡0.15公裡，與巴黎市相當。
主城區有9條軌道交通，總長200公裡，主城線網密度為每平方公裡0.76公裡，與日本名古屋相當，老城區密度為每平方公裡1.21公裡，與日本大阪相當。預測到2050年，南京的軌道交通平均客流強度将達到2.52萬人/公裡，軌道交通平均乘距9.5公裡。規劃實施後，南京中心區地鐵車站輻射半徑600米，服務人口達95%，在城市範圍區内70%人口可在40分鐘内到達市中心。
已建成線路
地鐵1号線
南京地鐵1号線一期工程南起奧體中心，北至邁臯橋，形成南京主城區中軸線的快速交通走廊。項目投資概算約85億元，線路全長21.72公裡，其中地下線14.33公裡，地面線7.49公裡，設16座車站（其中地上車站5座：小行站、安德門站、中華門站、紅山動物園站和邁臯橋站；地下車站11座：奧體中心站、元通站、中勝站、三山街站、張
府園站、新街口站、珠江路站、鼓樓站、玄武門站、新模範馬路站和南京站站）。全線設車輛基地一處，位于小行；控制中心一處，位于珠江路。工程于2000年底開工建設，2003年7月1日開始鋪軌，2004年7月前實現“軌通”；2004年實現“電通”以及車輛“上線熱滑”；2005年5月開始觀光運行并逐漸延長觀光運行線路長度，8月12日開始模拟試運行，9月3日全線正式建成試運營。
2005年8月12日，南京地鐵一号線開通試運營，對開的首班車分别于6：28從小行站、6：30于邁臯橋站開出，首日試運營共投入6輛列車，全天開行156車次。全長21.72公裡的南京地鐵一号線，工程總投資近85億元人民币，于2000年12月開始投建，2005年9月3日正式開通運營。地鐵一号線的開通，使南京成為繼北京、香港、上海、天津、廣州、深圳之後，中國大陸第七個擁有地鐵的城市。
新建線路
地鐵1号線南延線
南京地鐵1号線南延線，從安德門站出發，向南途經甯丹路、共青團路、花神廟、規劃中的南京南站、岔路口、河定橋、勝太路、百家湖，後折向東經小龍灣、竹山路、天印大道、城東路、經貿學院、海事學院，最後到藥科大學，全長24.47公裡，全線将設15個站。于2006年開工，預計2010年5月建成通車。
地鐵2号線
南京地鐵2号線一期，西起河西汪家村，東至馬群，全長25.14公裡，地下線長為20.38公裡，地面為4.77公裡，共設車站19座，其中地下車站16座，地面3座，工程總概算約為104.5億元。
2号線沿途經過新街口、明故宮、孝陵衛、馬群、漢中門、莫愁湖、河西等重要地區。地鐵2号線已于2002年經中國批準立項，原定于2003年開工，後因宏觀調控延期。南京地鐵2号線于2005年12月全面開工，預計2010年初通車運營。其中，二号線将在新街口以及元通兩站與一号線交彙。在交彙的站點，将采用站内換乘的方式，使得從一号線轉乘二号線無需出站重新購票。
地鐵2号線東延線
南京地鐵2号線東延線，全長約12.012公裡，沿途設7個站點。西自馬群連接地鐵2号線，東至仙林大學城和仙西開發區。2007年10月8日開工，預計2010年5月于二号線正線同時通車。
待建線路
地鐵3号線
南京地鐵3号線，北自江北京滬鐵路林場站，南至高速鐵路南京車站，并南延至江甯天元西路，設有林場、浦口、幹休所、南京站、新莊、市政府、大行宮、常府街、建康路、夫子廟、雨花台、南京南站等23站，全長5.15公裡。全線預計最快于2010年開建。
地鐵6号線
南京地鐵6号線是一條環線，線路為南京火車站—建甯路—下關—河西經四路—集慶門—秦淮區—白下區—禦道街—明故宮—新莊—南京火車站。全長41.3公裡，共設站28個。預定2015年前建成通車。
全面裝修
貫穿浦東南北的軌道交通6号線年底試運營，目前已經有4列新車到位，28座車站全面進入裝修及設備調試階段。年底試運營期間，6号線将有12列列車上線，列車間隔預計15分鐘之内，待到更多列車到位後，間隔時間将會縮短。
6号線與已經運營的5号線都是輕軌線，車型也基本都是C型列車，運營時都是4節車廂編組。但兩者的最大區别在于6号線列車的4節車廂之間互相連通，而5号線車廂之間為封閉型。6号線列車打通了車廂之間的連接通道，車廂連接處就多了2平方米的站立空間，每平方米可以站立9人，因此，同樣是4節車廂編組，6号線比5号線可以多載客100多人，載客總量為1158人。
該線将在本市軌道交通線路中首次出現乘客購票、候車可在同一層面進行的車站，一共有9座，它們是博興路站、金橋路站、雲山路站、德平路站、北洋泾路站、民生路站、源深體育中心站、華夏西路站、靈岩南路站。
田字形網絡形成
從地鐵規劃圖上，可以清楚地看到，三号線從林場站(江浦)過長江到五塘村、南京火車站、新莊、市政府等站，在大行宮站與二号線相交後往南到達城南地區直至南京南站，全線共有19個站點，線路總長30.9公裡，計劃投資129.49億。而地鐵六号線則是一根環線，從南京火車站到建甯路、下關、河西、集慶門，然後穿過秦淮區、白下區到禦道街，在明故宮與二号線相交後，直奔新莊然後返回到南京火車站，全線41.37公裡。
待這幾條線全部建成後，南京“地下動脈”也就四通八達。屆時，六号線将成為一條紐帶，串起一号線、二号線與三号線，形成一個“田”字形軌道交通網絡，南京交通擁堵将會得到有效改善。
優先建設地鐵六号線可能将得到更多支持。傾向于建設環形六号線的專家認為，六号線可以将一号線、二号線連接起來，形成“田”字形，對編織城市快速軌道交通網具有顯而易見的作用，國内外很多城市都有成功的先例，比如中國的上海、北京在擁有了兩條地鐵線路後都是選擇了修建地鐵環線。
三号和六号兩條線同時建設。
一号線南延和二号線東延工程也備受關注。市政府表示，這兩項工程都已提上施工日程，基本可以确定在2010年左右投入客運。
南京地鐵六号線為南京站經南京南站再返回南京站的環線，全長41.37公裡。而如果六号線确定優先開工的話，應該将于2008年前後開工建設。這樣，到2010年，南京已投入運行和在建的地鐵線路将達五條或六條，他們分别是：地鐵一号線(奧體中心-邁臯橋)；地鐵二号線(汪家村-馬群)；一号線南延線(小行-江甯開發區)；二号線東延線(馬群-仙林大學城)；地鐵六号線(環線)；地鐵三号線(林場-南京南站)。
二号線西延線設車站7座
通過地鐵二号線西延線工程概況看到，地鐵二号線西延線起自位于江東南路與集慶門大街交叉路口的集慶門大街站，集慶門大街站為地鐵二号線先期實施車站，線路出站後沿江東南路南下，至緯七路路口後右拐，從已建成的積善新寓前進入規劃緯七路高架橋南側，沿緯七路向西，過夾江、江心洲、長江主幹道後進入江北地區。
進入江北地區後，線路沿緯七路江北連接線北上，過甯合高速公路後左拐進入浦珠路，沿浦珠路、文德東路、文德西路、城西路向南，在城西路設終點站。西延線全長15.235km，全部為地下線，設車站7座（不含集慶門大街站）。
三号線設車站23座
三号線線路起點為京滬鐵路林場站，沿原規劃京滬高速鐵路北線方案南行，上跨甯合公路後，于泰馮路站與江北輕軌線交叉換乘。線路南下穿長江到上元門後，沿中央北路布置，至南京火車站與地鐵一、六号線換乘。過南京站後線路南拐，先後下穿滬甯城際鐵路、京滬普鐵、新莊立交橋、玄武湖，過北京路後，沿太平北路走行；
穿夫子廟後沿江中路、土城頭路布設，穿卡子門立交橋後，線路沿甯溧公路南行，于丁牆路以南，歐倍得超市與麥德隆商場間向西轉，垂直穿過京滬高速鐵路，并結合高速鐵路客站設南京南站站，之後線路進入江甯區利源路至天元西路設終點站，線路全長35.15km，設車站23座，高架站1座，地下站22座。在線路北端設林場停車場。控制中心設在京滬高速鐵路南京南站規劃北廣場。
六号線西北環線有11個站
地鐵六号線西北環線起點位于屬于六号線先期歸二号線的集慶門站，線路出集慶門大街後，沿着江東中路、江東北路北上，沿線經過水西門大街、漢中門大街、清涼門大街、草場門大街、定淮門大街等，于三汊河橋東側經過秦淮河進入熱河南路，沿熱河路北上拐向建甯路，由于建甯路規劃路中高架快速路，線路沿着建甯路北側一直往東，穿過護城河、金川河，躲過大橋南路橋墩，過中央門立交橋後，在西十裡長溝的位置拐向南京火車站北廣場，在此與地鐵一号線和三号線換乘。
出南京站後線路繼續向東，過紅山路後逐漸拐向花園路，到達西北環線終點長途汽車東站。線路全長14.886km（不含出入車場線），全部為地下線，設車站11座。在環線東北角設曹後村車輛段。
