简介
故事由前一部的《萌学园4时空战役》拉开序幕，夸克族继续与暗黑族展开一场战争，最终萌骑士成功的守护了夸克族的家园，宇宙和平。2013年5月15日开拍，于2013年6月29日于东森幼幼台播出。
现在萌学园已归位，重新回到地球。陶喜儿也发现了自己魔法，起初还不相信，但是通过亮晶晶的劝说，决定试一试。现在各位萌骑士也回到了萌学园，只有艾格尼丝和帝蒂娜还没有找到。现在各位萌骑士魔法还未恢复。
有别于以往，萌学园5的播出方法是双集连播，也将有童星参与演出。同时，《萌学园5异界对决》在优酷，土豆等众多视频网站联合播出。
现况
玛雅身上出现驶卷使，其实是欧趴治疗时出现的。蜜诺娃是精灵之钥，萌骑士就决定将蜜诺娃藏在夸特诺，可结果还是被黑魔王发现，但是并没有成功抓走蜜诺娃，相反却抓走玛雅。
另一边，潼恩扮成蜜诺娃，带上追踪器，被卧底帝蒂卡抓走，但是被发现并被关入画中，已经启动定位仪，谜亚星、焰王和罗博高教授一起找到黑魔王的密室，成功救走陶喜儿和潼恩，却因为黑魔王抓住玛雅回到密室，所以帝蒂卡和帝蒂娜并没有被救走，罗博高教授去保护她们，而谜亚星留在密室待命，将假的帝蒂娜救出，却再被黑魔王抓住，和帝蒂卡一起被关入飘渺空间.....谜亚星已经带帝蒂卡回到萌学院并再次成为智之星，并拥有新的魔法。
罗博高教授怀疑达诺是卧底，达诺因此非常愤怒，在25集因为被误会之后，杰西和达诺又被艾瑞克和罗博高攻击，杰西带着达诺到黑魔王那里。[原本杰西才是真正的卧底。]达诺于26集才愿意和黑魔王合作。
达诺长老和杰西同意解开极光封印，同时确认帝蒂娜和玛雅分别是夸克之钥命定之人及极光之钥命定之人。在萌学园欧趴等人得知辐能防护器的成分，加入去忧石后进而做出盾牌，与黑魔王正面对决，此时，极光封印被解开......(第26集)由玛雅传输里面辐能传输给达诺，达诺利用黑魔王斗篷上的漏洞，把辐能传输给黑魔王，然后与黑魔王同归于尽，随后玛雅、杰西、达诺和黑魔王与极光之地一同消失。
阴森女公爵复活，控制玛雅和杰西。奈亚公主及蜜诺娃使者图腾消失，正式卸任。(第27集)阿珐暗黑族的身份被识破，阴森女王带领其手下去了地球，来到了清洁溜溜（第28集）
因阴森女王说清洁溜溜很无聊，阿珐跟阴森女王说有一个地方很大又好玩，也就是夸特诺基地。之后阴森女王就听阿珐的意见去了夸特诺基地。到了夸特诺基地后，开始亮晶晶阿姨想和她斗争，之后因阴森女王她乱拍糖果机，后来亮晶晶阿姨就跟她说道理。阿珐就跟阴森女王说要占领夸特诺，然后战争开始。
随后艾瑞克、潼恩、大甜甜老师也跟这来了，然后三个都被阴森女王中了枯叶印记，就控制了。但有一次，因阴森女王打到了潼恩，月之星的能量出来后被阴森女王给吸走了。因潼恩很不服气，就抢了过来。预言书预言月之星即将诞生。随后潼恩就是新任的月之星并枯叶印记也消失了，她和艾瑞克一起回去。因大甜甜老师在潼恩和暗黑族的魔法爆炸起白烟后，阿珐抓住了大甜甜老师，所以大甜甜老师不能回去萌学园。（第29集）
