机理
自然界的水不是以单一水分子（H2O）的形式存在的，而是由若干水分子通过氢键作用而聚和在一起，形成水分子簇，国内俗称‘水分子团’。水分子团小，则容易被人体细胞吸收，水的生理功能强，这种水因而也被称为活性水”。
宣传
“小分子水”的宣传者称，利用磁场的切割等方式将水磁化，改变水分子的取向，切断部分氢键，就能够得到团簇小的小分子水。
对水进行磁化的研究在近年来不算少见，水经过静止磁场或者变化磁场的处理，其理化性质的确会发生改变，而且能在数小时内保持这种性质。然而相关的研究[1,2]表明，磁化处理水的结果是水中的氢键含量有少量的上升，会造成水的团簇变大。与“磁化得到小分子水”的说法真好相反，神马“磁场切割”，估计是对磁力线拍拍脑袋的想法。
小分子水能治病吗？
宣传者往往用一些看似很专业的词汇来吹嘘小分子水对疾病的神奇疗效，不过，对此果壳网谣言粉碎工深表怀疑（你想，热水就是小分子水嘛！加热可以破坏水的部分氢键，使水分子团簇变小），接下来就由谣言粉碎工帮您分析几条常见的“效果”。
1、“饮用后改善人体生物化学作用，升高血中的高密度脂蛋白，成为血管清道夫”。
血浆高密度脂蛋白的确是一种与患心血管病的风险相关的蛋白，被誉为“血管清道夫”，目前医学界正在致力于从它入手解决心血管疾病的问题。目前提高其浓度的方法主要是抑制降解酶，仅通过饮水不太可能达到这样的效果。
2、“饮用后人体内酶的活性増强，血脂易分解，从而降血脂效果好”。
血脂的代谢是个涉及许多酶的复杂过程，降血脂的过程需要部分酶处于激活状态，部分酶被抑制。笼统地说“使人体内酶的活性增强”，谣言粉碎工不得不评价一句，这实在是很“民科”，提出这个说法的人似乎根本完全不懂血脂代谢的生理过程嘛。
3、“本品处理水中畗含小分子团和水的离子，水很‘分散’，渗透力与溶解力强，易进入细胞内滋养细胞，在血中容易使聚集成团的红细胞分散开，并使新生旳红细胞刚度小，变形性大，从而血液流变学指标改善，降低血液黏稠度”。
水的离子是氢离子和氢氧根离子，它们的浓度与pH和温度有关，而且相当的低（除非变成强酸强碱，那样更不能饮用了）。细胞内的水含量最重要的是平衡，通过细胞内外的渗透压控制水分的吸收，维持细胞内的离子在合适的浓度。细胞内的水并不是越多越好，更多的水进入细胞也不存在“滋养”一说；至于血液粘稠度，其原因是多方面（如胆固醇过高，生成血栓等），红细胞在受到损伤（如酗酒）后其粘结力才会增强而导致血液粘稠，但在通常情况下都不是主要原因，所以分散红细胞对降低血液粘稠度一般没多大作用。
结论：谣言破解。无论是那些装置能否产生小分子水，还是所谓的小分子水能否治疗心血管疾病，都没有可靠的科学依据，现有的科学知识也不支持这些所谓的功效。这类的产品往往喜欢披上科学的外衣，用看似专业的词汇来忽悠不明真相的群众。认真分析起来，这些所谓的科学说辞都是站不住脚的。
学术界
小分子团水，大多依附碱性水制水机存在，商家宣称这样形态的水更易被吸收。专家表示，有些水比如矿泉水的分子团确实较小，但十九世纪也没有任何证据可以证明它与健康有直接关系，更不用说治病了。
为了证明“弱碱性水、小分子团水有益健康”，有商家称，“世界卫生组织提出的优质健康饮水标准指出，优质健康水应pH值呈弱碱性；小分子团，渗透力强，溶解性好。
通用的《世界卫生组织饮用水标准》第三版共有五大项检测指标。其中唯一提到pH值的是第五大项第二章“无机部分”第10条，其标准与我国现行标准一样，为6.5—8.5，原文表述为：低pH值的水具有一定腐蚀性，而高pH值的水会有滑腻感和异味。《世界卫生组织饮用水标准》并没提到“弱碱性水有利于身体健康”及“小分子团水”的概念。
