劇情簡介
故事由前一部的“異界對決”拉開序幕，誇克族的未來以及萌騎士們守護誇克族的家園，宇宙和平。
萌學園現況
萌學園即将迎接熱鬧的開學日，各路消息都暗示着帕主任即将擺脫代理校長的命運，取代到各地巡回演講的羅博高校長，正式升任。而當各具特色的新生陸續報到，萌學園也開始出現一些奇怪的現象。就在衆人開學之際，電話亭突然鈴聲大響，跌出了滿身是傷的長老會密使－老兵大軍，他更帶來充滿疑點的訊息…“複活石”！
大軍好不容易終于清醒，但沒想到他竟然失去短期記憶，完全不記得“複活石”是什麼，以及自己怎麼會到萌學園？另一方面，校園發生師生失控的事件，造成學生與蔔快老師之間的鴻溝加深，在此同時，還有神秘新生也悄悄現身…蔔快老師使用的音樂盒藏在保健室的床下，被潼恩和艾瑞克找到交給帕主任。意外發現音樂盒的設定時間和同學失控時間完全符合。
蔔快老師與神秘人制造出的“心靈鑰匙”究竟是什麼？綁住大軍放入“心靈鑰匙”手上出現“心靈鑰匙”印記，攻擊其他人交出“複活石”，“複活石”究竟是什麼？沒想到竟然是可以讓闇黑大帝複活的重要元素...闇黑大帝即将複活，蔔快老師究竟有什麼目的？
分集劇情
第1集
萌學園即将迎接熱鬧的開學日，各路消息都暗示着帕主任即将擺脫代理校長的命運，取代到各地演講的羅博高校長，正式升任。而當各有特色的新生陸續報到，萌學園也開始出現一些異狀。就在衆人開學之際，電話亭突然鈴聲大響，并且冒出許多濃煙，導緻傳輸同學們的速度變慢，随後跌出了滿身是傷的長老會密使－老兵大軍，并且還被一名神秘人物抓着，老兵大軍更帶來充滿疑點的訊息“複活石”，“複活石”究竟是什麼？
新生入萌學園時電話亭有冒出濃煙且老兵大軍與蔔快老師進萌學園時也有濃煙，爓王懷疑電話亭有問題。蔔快老師用一個疑似音樂盒的東西，放在保健室大軍的病床下。
第2集
大軍好不容易終于清醒，但沒想到他竟然失去短期記憶，完全不記得「複活石」是什麼，以及自己怎麼會到萌學園？另一方面，校園發生師生失控的事件，造成學生與蔔快老師之間的鴻溝加深，在此同時，還有神秘新生也悄悄現身…
第3集
神秘新生-諾蓓兒、時尚教主-普莉絲老師，相繼報到。另一方面，大軍的病症時好時壞，根本問不出重要情報。經連日的努力後，帕主任好不容易聯絡上長老會，老師們和萌騎士們因此得知「複活石」和「詛咒石」的存在，令人驚訝的是，這兩顆石頭，竟然和闇黑大帝的複活有關！
第4集
大軍使出「千軍難買早知道」的分身在萌學園内四處搜索「複活石」，把校園搞得雞飛狗跳。新生阿肯為了追求夢中人－蘑朵而來到萌學園就讀，沒想到蘑朵竟煞到帥氣的學生會長爓王，讓阿肯覺得備受威脅。而夾在蘑朵和陶喜兒之間的爓王，開始感受到人紅的壓力。另一方面，傳奇英雄雷普在校内越來越受歡迎，連潼恩都對雷普另眼相看、心生崇拜，兩人越走越近。
第5集
大甜甜為治療大軍而找來的救兵終于趕到，衆人一看，發現原來是當年的宜靜小護士回來了！而在地球學醫多年的她，如今早已是身懷各式醫療證照的Dr.宜靜！雷普榮登校園新人氣王，學生會長爓王為一别苗頭，特舉辦“校園試膽大會”來擄獲人心。蔔快老師看到學生試膽痛苦的樣子，臉上露出一抹冷笑，竟因此召喚出大軍破碎的記憶，大軍想起似乎在哪看過蔔快！大軍的療愈始終沒有進展，大甜甜決定急召歐趴回萌學園幫忙，沒想到歐趴竟莫名失聯，讓衆人開始擔心歐趴遭遇不測！
第6集
在Dr.宜靜的協助下，終于解決了大軍的分身失控事件。諾蓓兒在學園内急尋的神秘黑手套，被闇黑力量趨動，悄悄在學園内興風作浪，竟然危害到陶喜兒生命安全！？Dr.宜靜懷疑這是諾蓓兒與闇黑勢力勾結的證明？而諾蓓兒對謎亞星奇怪的态度，讓謎亞星感到十分不解。最後諾蓓兒終于找手套了！但是居然戴在瑪堡手上，而且瑪堡對阿肯使用了黑手套，讓阿肯陷入危機！
第7集
神秘黑手套被證明是暗黑族的三大黑暗手套之一，諾蓓兒也因為黑手套遭到同學們的排擠。就連謎亞星也懷疑諾蓓兒的身分，卻是最讓諾蓓兒感到傷心。在一旁觀察兩人互動的艾瑞克，似乎對諾蓓兒的真實身份有了答案？（諾蓓兒，謎亞星是兄妹）而蔔快老師和傑西在帕主任的辦公室偷偷摸摸，究竟有什麼陰謀？
第8集
戰情室接收到緊急訊息，訊号來源是人在地球的十之星歐趴。由于訊号中斷，一直無法和歐趴取得連系，萌騎士們都十分擔心夥伴十之星的安危。艾瑞克和謎亞星計劃前往地球尋找歐趴，這個計劃讓諾貝兒有不詳的預感...
