劇情簡介
劇情梗概
C.E.70年2月，地球聯合軍與ZAFT之間的武裝沖突全面升級為地球圈規模的戰争。C.E.71年6月，在“非我即敵”的觀念驅使下，地球聯合軍悍然發動了對中立國家奧布聯合酋長國的侵略。
當戰鬥進行到最激烈的時候，就在自己的眼前，少年真·飛鳥失去了父母和妹妹。唯一的遺物，就隻有妹妹掉落的手機……獲救之後，背負着家仇的真黯然離開了故土奧布前往PLANT。兩年後，他成為了ZAFT的戰士…
1被觸怒的眼神
卡佳麗與阿斯蘭為了與迪蘭達爾議長的會談，來到了軍械庫1号。正巧在同時史汀格與奧爾、史黛拉奪取了劄夫特的新型MS，并大肆破壞。于是接到奪還命令的真，駕駛着脈沖高達出擊。
2招來戰争之物
面對混沌高達、蓋亞高達、深淵高達陷入苦戰的真，讓脈沖高達換裝了威力型外挂裝備。但混沌高達以炮擊在軍械庫1号外壁開洞，三架高達就從那裡逃走。真等人也一路追擊至太空。為了支援脈沖高達，智慧女神号也跟着啟航。
3預兆的炮火
尼歐的艾格薩斯與脈沖鋼彈展開了激戰。但由于遭受智慧女神号的追擊，隻好與母艦葛蒂．露一起撤退。在智慧女神号上的卡佳麗對迪蘭達爾議長抗議的時候，由于真對她投以嚴厲的批評而心生動搖。
4群星的戰場
智慧女神号逼近了前往太空碎石帶的葛蒂．露。但那卻是尼歐所設下的幌子。智慧女神号因此被敵艦咬住了後方，面臨了重大危機。雖然之後依靠阿斯蘭的臨機應變挽回劣勢，并對敵艦發動反擊，但仍然讓葛蒂．露逃脫。
尤尼烏斯7号開始移動。這樣下去地球将會被毀滅。雖然焦耳隊準備以隕石破碎機進行破壞作業，但卻遭到神秘的基恩部隊襲擊而陷入交戰狀态。為了支援焦耳隊，智慧女神号下令MS出擊。
6世界終結之時
焦耳隊成功分割了尤尼烏斯7号。為了以艦首炮繼續破壞尤尼烏斯7号，智慧女神号決定和碎片一起降下地球。但因為最後來不及收容和基恩部隊交戰的真與阿斯蘭，于是他們決定以MS穿越大氣層。
7混亂的大地
在智慧女神号唐懷瑟炮的怒吼下，尤尼烏斯7号被粉碎了。但是落入地表的碎片仍在各地造成了嚴重損害。智慧女神号平安收容了落下中的脈沖高達與薩克後，決定前往歐普。
8彙合
停泊于歐普，接受補給與修理的智慧女神号。返回奧布的卡佳麗反對與大西洋聯邦締結同盟，而與首長們形成了對立。同時阿斯蘭則對基拉說出了他的迷惑，并決定前往殖民地。阿斯蘭将戒指交給卡佳麗後，便踏上了旅程。
9驕傲之牙
交出尤尼烏斯7号的恐怖集團。這樣不講理的要求，隻不過是地球聯合對殖民地開戰的借口。地球軍的奇襲部隊發射了核彈。而殖民地則使用中子潰散器迎擊，将該部隊殲滅。吉布列因作戰失敗而怒火中燒。
10父親的咒縛
對于自己身為原議長派屈克．薩拉的兒子而感到困惑的阿斯蘭。而他在此時受到迪蘭達爾的開導，迪蘭達爾并提出了希望将救世主高達托付給他的意願。阿斯蘭在與扮演拉克絲的米雅用餐時，腦中閃過了無數的想法。
11選擇的道路
卡佳麗不敵周遭的人對她不斷的說服，奧布與大西洋聯邦之間的同盟已成定局。智慧女神号得到渥特菲德告知情勢的變化，因此決定出航。而阿斯蘭則因為伊紮克的斥責下定決心，決定和迪蘭達爾聯絡。大家都選擇了各自的道路。
12血染大海
地球軍艦隊正等待着脫離歐普領海的智慧女神号。在激戰當中，脈沖高達因為薩姆劄查的猛攻而陷入了危機。就在此時真的SEED覺醒，将薩姆劄查擊破。随着船艦逐一遭到擊沈，地球軍決定撤退。
13蘇醒之翼
在奧布方面卡佳麗思考着尤納的話，為了國家的安定最好就是跟尤納結婚，現實的情況讓她不能再跟調整者的阿斯蘭和基拉繼續來往。在此時發生暗殺部隊來到奧布準備殺害拉克絲。巴特菲爾特告訴基拉這些暗殺部隊是來自PLANT，這讓基拉陷入長考最後決定再次駕駛自由高達捍衛心愛的人。
14向明日出航
在知道暗殺部隊是使用PLANT最新銳機體的基拉一行人，原本打算離開局勢不穩的奧布前往PLANT的計畫隻好做罷。卡佳麗最後決定和尤納結婚以穩定國内情勢，并托基拉帶一封信給阿斯蘭。但就在結婚典禮的最高潮，自由高達突然出現在會場并将卡佳麗擄走。
15重返戰場
為了和智慧女神号會合，阿斯蘭駕駛着救世主高達奔往奧布聯合國。卻遭到歐普軍隊的迎擊，阿斯蘭隻好輾轉前往卡貝塔利亞基地和智慧女神号會合。在聽到一連串不可思議的消息讓他陷入一片混亂。另一方面幻痛隊準備對智慧女神号展開追擊。
16印度洋的死鬥
和一艘護衛潛艦從卡貝塔利亞基地出發的智慧女神号準備前往直布羅陀。就在直布羅陀附近的一個半島，地球聯合軍正秘密建設前進基地。尼歐利用這裡的駐軍近三十架威達，對智慧女神号展開新一波的攻擊。
17戰士的條件
逃亡中的大天号上的基拉一行人，暫時投靠在斯堪地那維亞王國内，并讨論今後他們的去向及作為。另一方面智慧女神号順利逃過尼歐設下的追擊。但真和阿斯蘭間又發生沖突。對于在印度洋戰結束後阿斯蘭打了自己那一巴掌，真感到非常不服氣認為自己并沒有做錯事。于是阿斯蘭告訴真擁有力量的真谛是什麼但真不接受。
18讨伐羅安格林炮台！
智慧女神号決定和馬哈姆爾基地的駐軍，一同攻擊當地的地球軍據點。并且得到當地反抗軍協助取得有利情報。于是阿斯蘭決定派真去執行一項，最為艱難但對地球軍有緻命打擊的行動。最後也順利攻下了地球軍的據點。
19看不見的真實
攻陷地球軍喀爾納罕基地的智慧女神号來到了黑海沿岸的都市迪歐奇亞。當地正好在舉行拉克絲‧克萊因的勞軍演唱會。同時迪蘭達爾議長也來到這裡款待近來表現突出的智慧女神号的駕駛員們。并和他們提出了戰争的起因及其背後的複雜關系。
20PAST過去
這裡交待了真是如何前往PLANT并成為高達的駕駛員。原本住在奧布中立國的一名少年是為了什麼加入劄夫特軍，還成為高達的駕駛員。是為了報複失去親愛家人的仇恨還是...
21迷惘的眼神
獲得休假的智慧女神号一行人，一早就得知有新的FAITH成員海涅将加入他們的行列。真一邊想着迪蘭達爾議長的話一邊來到了海邊。卻發現一名不小心落水的少女史黛拉。真并不知道他就是幻痛隊，那個搶奪鋼彈的一員。将她救起後交給了史汀格和奧爾兩人。
22蒼天之劍
由尤納率領的奧布艦隊和尼歐的部隊會合。并共同商讨如何拿下令他們讨厭的智慧女神号。就在兩軍交戰當中，決心全面阻止戰争的基拉一行。又再度回到了他們以往所熟悉的戰場。
23戰火的背後
從天而降突然現身的自由高達。緊接着大天使号及嫣紅鋼彈也出現在戰場上。卡佳裡決定阻止這場奧布不應該參加的戰争。雖然卡佳裡大聲疾呼，還是無法阻止歐普軍隊的繼續攻擊。于是基拉駕駛着自由高達展現他驚人的力量。
24錯過的視線
經過達達尼爾海峽的一場苦戰，智慧女神号因為自由高達的介入而受到不小的創傷。并且造成海涅的死亡。對于這樣的結果不隻隻是真，就連基拉的好友阿斯蘭也感到非常的不諒解。于是決定隻身前往找出基拉，問清楚現在大天使号的立場到底是什麼。
作品評價
作為機動戰士高達SEED的續作，本作也或多或少也承繼了上作的評價，同時也繼承了SEED的大量迂回路線，以及大量相同的戰鬥場景，以至于50集中将近20集都是可以跳過而不影響劇情，至于戰鬥方面就是主角們耍酷了。但是作為續作，機動戰士高達SEEDDESTINY在某些方面的表現使之獲得不少劣評。
人物的争議
雖然在本作開始時真·飛鳥是以主角的定位登場，但其真正活躍的場景卻不多見，前六話的戲份也沒有特别着重在他的表現，反而較偏重于阿斯蘭·薩拉與吉爾伯特·迪蘭達爾這兩位角色的應對，之後又穿插了為數不少的兼用卡，因此感覺不太出他主角的地位。
第12話雖然有他爆種覺醒的活躍，但是在第11話卻隻有一句台詞，14話的時候也隻有在卡嘉莉·尤拉·阿斯哈的回憶鏡頭登場，作為一個主角，其鏡頭真的是少的可憐。
同時，由于他在劇中對戰鬥的無情，而擊墬不少人氣角色也成為一部分觀衆對他行為的憤慨，且由于他多不是出于自己的意願而是遵從着議長的命令，因此不少的觀衆（尤其是人氣角色的擁護者）也很直接的在讨論版或自己的網志上，說他隻不過是“議長與尼爾的棋子”。
之後由于故事劇情的展開，真·飛鳥所待的ZAFT方明顯透露出越來越多将成為敵方的迹象，相對于此，前代主角基拉·大和這一方則有着被描寫正義行為的鏡頭出現，兩相對照之下，真也越來越沒有主角的地位，也因此被觀衆譏為“路人真”。
而且在片尾配音人員列表順序的部分，更出現了基拉·大和（保志總一朗）與真·飛鳥（鈴村健一）的順序替換，雖然一般說來也是有其他動畫有過主角一話不出場之類的情況，但主角在列表順序的調換倒是相當奇異的例子。
根據監督福田己津央在GundamACE上的訪談，他說“他并沒有盡全力”，因此也有人據此而做出“因為萬代的商業化政策與前代人氣角色的擁護者的原因而犧牲掉了真”的推論；然而在日本最大匿名讨論區2ch，由于曾經出現能準确洩漏劇情的疑似劇組相關人士，在提供劇情情報之餘還談到“福田夫婦一心一意想将主角換成基拉跟阿斯蘭，其他工作人員因此與之争執”；導緻日本觀衆比較相信真是純粹因為導演夫婦私情而被冷落一說。
而真被冷落的原因，有人認為是因為聲優鈴村健一對于真的戲份于一開始就被大砍，而他又被前代人氣角色的擁護者給不斷騷擾感到不滿而向監督抗議，因此導緻戲份更是不斷大砍，連幫他撐腰的卡嘉莉·尤拉·阿斯哈的聲優進藤尚美在特别篇中戲份也全被砍光。
日本曆史曾出現“大和時代”，繼後出現的，便是“飛鳥時代”。因此主角“真·飛鳥”用“飛鳥”為姓，是要表示他繼承基拉·大和，成為新主角。
兼用卡的問題
本作在制作上雖然每集制作費高達3000萬日币，但因為劇本的問題，經常導緻劇本完成後隻有8周的時間進行繪制動作（一般而言是16周左右），因此有時為了節省時間，在分鏡和繪制的方面會選擇使用重複的畫面（也就是所謂的兼用卡），然而，SEEDDESTINY卻不時出現一些兼用卡錯用的情況，因而引人诟病。
機械設定的沿用
機動戰士高達SEEDDESTINY的機械設定大量使用了過去一些高達系列作品的不同年代的機械設定，如：
U.C.紀元的ZAKU、ZAKUII及老虎都經過外觀上的修改，成了紮古戰士、紮古幻影及老虎烈焰等以新形機體登場。
而大魔的外觀，及其使用的“噴射氣流攻擊”戰術也直接移到ZGMF-XX09TDomTrooper。
百式的金色外觀，肩上的漢字，等獨特的外觀、機體設定，也全部出現在拂曉的身上。
MVF-M11CMurasame的外型設計亦與MSZ-006系列機動戰士相似，這亦是受到批評的其中一個原因。
作為機械設定者的大河原邦男在之後的訪談中被問及為什麼不作創新時，說明自己想要創新，卻被監督堅持要使用U.C.的舊有機體名稱和類似的外觀而不能有創新設計。
