内閣
入關前
清朝内閣沿襲于明朝。入關前，皇太極曾創設文館，是為内閣的雛形。後來又把文館擴展為内三院，即内國史院、内秘書院和内弘文院，負責起草文書、撰拟诏令、編纂史書、頒布制度。
入關後
仍設内三院，順治十五年（公元1658年）始稱内閣。三年後複改内三院，
康熙時期
康熙九年（公元1670年）恢複内閣。設大學士、協辦大學士、學士，俱滿、漢分授。大學士仍冠以殿閣之名。清初有四殿（中和殿、保和殿、文華殿、武英殿）二閣（文淵閣、東閣），乾隆時去掉中和殿，增設體仁閣，為三殿三閣。清朝内閣雖居百官之首，但權力又遜于明朝。因為清初政務中心是議政王大臣會議。議政王大臣會議，是清朝初期滿洲親貴大臣商讨并決定軍國大政的一種形式，稱為“國議”。其源可以上溯到努爾哈赤時代諸貝勒共議國事的制度。皇太極時參與議政人員的範圍有所擴大，故稱議政王大臣會議。清朝入關後，議政王大臣會議仍握有很大權力，内閣隻不過負責一般例行的票拟。清聖祖親政後，在宮内設南書房，選翰林官入内當值。入值者得參與機密，拟寫谕旨，于是内閣之權又分于南書房。
雍正時期
雍正七年（公元1729年），清世宗設軍需房，不久改名軍機處。軍機處本是秉承皇帝意旨指示軍事機宜的機構。
乾隆時期以後
清高宗即位，改名總理處，後仍複舊名。軍機處地址在今故宮隆宗門内的北邊。設軍機大臣和軍機章京，均為兼職。軍機大臣的全稱叫“軍機處行走”，或“軍機大臣上行走”，初入軍機處或資曆淺者則稱“在軍機大臣上學習行走”，曆事一段時間後，再去掉“學習”二字。行走是入值辦事的意思。在軍機處任職的官員稱為軍機大臣，統稱大軍機，軍機大臣的僚屬稱為軍機章京，又稱小軍機軍機大臣由皇帝從滿、漢大學士和各部、院、寺長官中特簡，或由軍機章京升任。軍機大臣之間無統屬關系，以品高資深者為班首。軍機處總的職責是“掌軍國大政，以贊機務”（《清史稿·職官一》）。
自軍機處成立後，皇帝對中央及地方機構或官吏有所指示，都由軍機處起草谕旨，皇帝閱定後，可以公開宣示的交内閣頒發，稱作明發；機密的或個别谕行的由軍機處封寄，稱作廷寄。不僅内閣無權過問，連議政王大臣也形同虛設，南書房也隻管供奉詩文書畫了。議政王大臣會議在乾隆五十六年（公元1791年）下谕取消，南書房延續到光緒二十四年（公元1898年）取消。“軍機大臣，惟用親信”，一切秉承皇帝的意志行事，欽承宸斷，表明君主集權達到空前的高度。
如果說明朝中期内閣首輔多少還保留一點宰相權勢的話，那麼清朝的内閣和軍機處，則徹底消除了曆史上宰相制度的影響。明朝時為了進一步集權而不設宰相、中書省等機構，宰相的權利轉移到内閣，由内閣來處理國家政務。清朝繼承了這一做法，内閣的首輔大學士以及協辦大學士都被稱為中堂，即宰相的别稱，但實權則由軍機處掌握。
中央行政機構
清朝沿襲明朝傳統，設六部（吏、戶、禮、兵、刑、工），各部長官（管部的大學士及尚書、侍郎等）稱堂官，部下屬各司的郎中、員外郎、主事以及主事以下的七品小京官稱為司官。
在六部之外和六部并立的中央行政機構有：大理寺、太常寺、光祿寺、太仆寺、鴻胪寺、國子監、欽天監、翰林院、太醫院、理藩院、宗人府、詹事府、内務府。
六部之設，與明朝相同。但有三點變化。
一是六部之官為複職，即有一漢員，必有一滿員。尚書、侍郎如此，司官也是一樣。一般說來，司官掌印為滿員，辦事為漢員。又有筆帖式，滿語是文書官的意思，專供筆劄，以滿、蒙、漢旗人擔任（各院寺皆設）。
二是所屬機構有部分調整。如戶部下設十四司，刑部下設十八司。
三是職權小于明朝六部。如吏部的一部分人事權劃歸軍機處。兵部不問八旗軍政，所司止綠營具體事務，軍事調動、命将征伐，則歸于皇帝，出于軍機處。工部主管工程建設，但黃河、海塘等重要工程皆皇帝指示調度，工部并不過問。乾隆時，六部之外，又增設樂部。樂部管理大祭禮、大朝會演樂及審定樂器音律。設典樂大臣。統領神樂署、和聲署、什幫處。
軍事系統
清朝軍隊主要分八旗和綠營兩個系統。八旗又分京營和駐防兩部分，京營中侍衛皇帝的稱為親軍，由侍衛處（領侍衛府）領侍衛内大臣和禦前大臣分掌，而禦前大臣持掌乾清門侍衛和皇帝出行随扈，權位尤重。其他守衛京師的有骁騎營、前鋒營、護軍營、步兵營、健銳營、火器營、神機營、虎槍營、善撲營等。骁騎營由八旗都統直轄；前鋒營、護軍營、步兵營各設統領管轄；健銳營、火器營、神機營由于都是特種兵，設掌印總統大臣或管理大臣管轄；虎槍營專任扈從、圍獵等，設總統管轄；善撲營則專門練習摔角。
駐防八旗駐紮于全國各重要之地，視情況不同設将軍、都統、副都統、城守尉、防守尉等官。内地将軍等隻管軍事，而駐紮邊疆的将軍等要兼管民政。清朝的将軍是滿官的稱号，戰時則任命親王為大将軍。
綠營即漢兵，駐紮京師的稱巡捕營，歸步軍統領管轄。綠營的建制分标、協、營、汛幾級，标又分為督标、撫标、提标、鎮标、軍标、河标、漕标等，分别由總督、巡撫、提督、總兵、八旗駐防将軍、河道總督、漕運總督統率。督标、撫标、軍标、河标、漕标都是兼轄，實際各省綠營獨立組織為提标、鎮标，提督實為一省的最高武官，總兵略低于提督。總兵以下，副将所屬為協，參将、遊擊、都司、守備所屬為營，千總、把總、外委所屬為汛。
行憲機構
清朝沿襲明代設都察院，左都禦史、左副都禦史為監察院長官，右都禦史、右副都禦史則為總督、巡撫的加銜。
都察院也與明朝相仿。不同之處有五點。
一是左右都禦史、左右副都禦史均為複職。乾隆時裁撤佥都禦史。其中左職為堂上官，主管都察院事務；右都禦史為總督的兼銜，右副都禦史為巡撫、河道總督、漕運總督的兼銜。
二是把明朝具有封駁職能的六科并入都察院。六科設掌印給事中和給事中，均為複職。六科的主要職責是掌發科抄，即各科每日派一名給事中赴内閣領取批複的本章，按内容分抄有關衙門承辦。給事中地位高于禦史，為禦史升轉之途。清朝給事中一般不司封駁，稱清望之官。
三是都察院按省區分為十五道（清末增至二十道），每道設掌印禦史和一般禦史。十五道分管稽核各省刑名案件，同時分工稽察在京各衙門事務。清代各道與明代最大的不同是禦史出巡制度廢革。順治時，還因臨時需要設過巡按禦史、兩江禦史、巡田禦史及巡鹽禦史，均不屬于十五道，行之不久，即行罷革。以後雖偶有差派在京禦史巡察各地，但規模小，時間短，不成制度。
四是增設五城察院和五城兵馬司。明朝京師有巡城禦史及五城兵馬司，清朝在京師中、東、西、南、北五城各設有一個察院，其長官稱巡城禦史，由給事中、禦史中簡派，一年一更替。五城兵馬司各設指揮、副指揮等官。各城察院和兵馬司，分管本城區的治安。
五是增設宗室禦史處、稽查内務府禦史處，分别監察宗人府和内務府的事務。都察院與刑部、大理寺仍稱三法司。都禦史與六部尚書合稱七卿。九卿的設置也與明朝相同。
地方行政
清沿襲明制，大緻分省、府、縣三級，總督、巡撫為掌握行政、軍事、監察大權的高級地方官員，布政、按察兩使為督、撫的屬官。與督、撫平行的有駐防将軍和提督學政，不過駐防将軍隻管八旗駐軍；提督學政隻管學校與科舉考試，其權力不能與督、撫相比的。省以下有道的設置，道為監察區性質，不算正式行政區。道主要有分守道和分巡道兩種，兼兵備銜，另有一些不屬布政、按察二司的道，如海關道、管河道、督糧道、鹽法道等。省以下為府，設知府、同知、通判等官，與府平行的有直隸廳，設同知、通判。府以下為縣，設知縣、縣丞、主簿等官，與縣平行的為散廳，設置同直隸廳。在少數民族地區則設專門機構管理，即土司，一般分為兩種：一種由軍事部門管轄，如宣慰司、宣撫司、安撫司、招讨司、長官司等，其中還有投降清朝的土司官職由明朝直接承襲下來的指揮使司，長官為指揮使，宣慰使、宣撫使、安撫使等；另一種是由行政部門管轄，也設府、縣等，官員稱土知府、土知縣，通常由少數民族頭人擔任。
品級總表
官制服裝
注：
1、以上均為正俸，京官例支雙俸。又每正俸一兩兼支米一斛。大學士、六部尚書、侍郎，俸米再加倍支給。
2、王公百官補服均為石青色，朝服、蟒袍為石青色或藍色。
3、風憲官（禦史）補服繡獬豸。
4、武官又有養廉銀，如提督880兩，下至把總100兩。
5、清代官服制度：清代文武百官品服有朝冠、吉服冠、朝服、補服、蟒袍等。品秩差别主要看冠服頂子、蟒袍以及補服的紋飾。朝冠頂珠見上表；吉服冠與朝冠大體相同，冠後插有翎枝，其制六品以下用藍翎，五品以上用花翎；百官蟒袍，一品至三品繡五爪九蟒，四品至六品繡四爪八蟒，七品至九品繡四爪五蟒；補服，自親王以下皆有補服，其色石青，前後綴有補子，文禽武獸。貝子以上王親用圓形補子，其餘用方補；文官五品、武官四品以上，及科道、侍衛等職，均需懸挂朝珠，朝珠共108顆，旁附小珠三串（一邊一串，一邊二串），名位“記念”。戴法男女有别，兩串在左為男，兩串在右為女。另有一串垂于背，名“背雲”。
6、清代官員戴的官帽又稱大帽，共有兩種：一為冬季所戴，稱“暖帽”；一位夏季所戴，名“涼帽”。根據規定，每年三月開始戴涼帽，八月換戴暖帽（北洋艦隊則較為特殊，一年四季均為暖帽）。暖帽多為圓形，周圍有一道檐邊，材料多為皮質，也有緞質、呢質、布質，視氣候而變，暖帽中間裝飾有用紅色絲縧編成的帽緯，俗稱“紅纓”。帽緯之上裝有頂珠，按品級而異，無品則無頂。涼帽為圓錐形，用藤、竹、篾席、麥稭等編成，外裹绫羅，顔色多為白色，也有湖色及黃色。涼帽頂上也裝有紅纓、頂珠，制同暖帽。另，凡戴官帽，都需在頂珠之下，裝一支兩寸長的翎管，用來安插翎枝。花翎用孔雀翎毛做成，俗稱孔雀翎，藍翎則用鹖羽制作。
