地理位置
波多黎各海沟位处两个板块互相经过一个分离边界而只有少量部分隐没。加勒比海板块（CaribbeanPlate）向东移动而北美洲板块则向西移动。北美洲板块令加勒比海板块向海沟的东南方隐没。隐没带的存在解释了为何在加勒比海的东南面会发现了活火山。火山活动在岛弧东南方沿线由波多黎各至南美沿岸十分频繁。波多黎各、美属维尔京群岛、英属处女群岛及多米尼加没有活火山，但她们都受到地震及海啸的威胁。
公众关注
地震及海啸的危机知识在邻近波多黎各海沟的岛屿的普罗大众间并不普及。当地政府因两个原因并不主动教育当地市民。第一个原因是旅游业是附近诸国的经济命脉，把危机广泛报道将会影响旅游工业的收益。第二个原因是当地政府希望防止恐慌在当地人口中扩散。波多黎各地震学会自从1988年便尝试利用波多黎各的媒体告知人民关于将来的地震可以引致灾难性的悲剧。自从波及印度洋四十多个国家的2004年印度洋大地震发生后，更多人关心类似事件在加勒比海发生的后果。当地政府已经始应急计划。在波多黎各及美属维尔京群岛的个案中，美国政府已经研究此问题多年而亦加强其地震调查及开发海啸预警系统。
地震历史
在1918年10月11日，岛屿西岸受到地震侵袭，并产生海啸。圣多明各在1953年受地震侵袭。专家认为两次灾难性的地震起源于波多黎各海沟的断层。
除了1918年的地震外，在波多黎各及其附近也有频密的震动案例，波多黎各因此特别受到地震专家的关注。在1981年，全岛均感到震动。在1985年，另一个震动在波多黎各的卡耶伊和萨莱纳均感到震动。
生命探索
在这个海沟里拥有很多罕见的海底动物，有些甚至还未被命名。透过12次的深海探索行动，总共发现了100种鱼类、50种深海珊瑚和百多种软骨生物。
