基本内容
棉籽殼
棉籽經過剝殼機分離，棉仁用于榨油，剩下的外殼就是棉籽殼，也稱棉皮（通常棉籽殼中另含有不孕籽）。根據剝殼機械的類型不同、棉花籽品種不同、産地不同、含水量不同、剝殼後碎棉仁粉過篩程度不同等。加工出來的棉籽殼的大小、顔色、棉絨長度、營養成份（含 棉仁粉）也不一樣。 棉籽殼主要用于：養殖食藥用菌、作為飼料、飼養牲畜等 。籽棉經過軋花機加工去除棉籽而得到皮棉，棉籽經過削絨機加工得到一道、二道、三道等短絨。
削絨次數越多棉籽殘留棉絨就越少此時棉籽稱“光籽”反之殘留棉絨多的稱“毛籽”。光籽産的棉殼大都是小（少）絨殼或“鐵殼”鐵殼棉仁粉少的棉殼纖維素含量少而适用于栽培木腐菌；絨多棉仁粉多的棉殼纖維素含量多而适用于栽培草腐菌。棉籽殼被稱為食藥用菌的萬能培養基。
通常棉籽殼中另含有不孕籽棉籽殼行内通常分為大、中、小殼或以棉絨量大小而分為大絨殼、中絨殼、小絨殼、絨極少的甚至稱為“鐵殼”。含絨量的多少取決于原料棉籽脫短絨時而定，如棉短絨行情價高暢銷，廠商便會盡量多削去短絨。食用菌栽培中棉殼的大小就産量而言沒有太大的差别。因為很多油廠産出大殼後加以粉碎便成了小殼以适應栽培要求。
主要反映在食用菌栽培過程中會有裝袋密度大小的技術性要求：小殼裝袋密度太大會出現發菌通氣不良；而大殼裝袋時亦易使栽培袋破損。
在原料棉籽正常含水量同等時棉殼的顔色通常能看出棉殼質地好壞：如顔色發白（水分低呈幹枯樣，絨極少）、手握緊有刺痛感、無或隻有極少量碎棉仁粉是由于追求高生産效率而使用的對輥式剝殼機（加工脫酚棉蛋白時或棉仁回收率高時）破殼時棉仁粉碎率很低，至使含粉量低，當然影響顔色還有棉籽加工時的溫度、工藝、過篩、以及破殼後存放的水份有關。
此類棉殼西北部産量較多，新型機器加工的大型油廠基本都是。這種棉殼營養成份含量最差、價格低，适合種植木腐菌類。反之顔色呈正常白色、棕褐、黃色，（非棉籽水分高堆存時“燒壞”漚壞的黃色而是由于油粉多導緻的黃色）等手握有棉絨軟感、油膩感、碎棉仁粉多、用水适量搓洗水呈米湯色、乳白色等濃稠狀，無不正常的漚壞味，（說明棉殼營養成份含量極高，相應出油量就低！
通常是老式（磨盤、圓盤剝殼機)機器生産，此種棉殼長江流域、河南省等産區或老油廠較多。價格普遍較高，适合種植草腐菌或要求營養成份高的菌類。由于棉籽殼市場極不規範，購賣者需注意油廠有自備脫絨機和無脫絨設備兩種：有脫絨設備的油廠生産過程中長時間會集中産生大量叫土絨或土飛絨的含有灰塵的短絨下腳料摻拌至棉殼中（雖然對棉殼營養成分沒影響，現有廠粉碎後摻入，稍好），土絨纖維極細容易揉集成面包肉松團狀且大塊，食用菌栽培拌料容易造成混合不均勻。更有甚者短斤少兩、摻雜泥沙，出殼口噴霧增加重量。
棉籽殼發酵成飼料
棉籽殼含有5-8%的粗蛋白，是畜禽養殖的好飼料。但是，棉粕中含有對畜禽有毒的棉酚，當成飼料直接飼喂畜禽是有害的，因此需要發酵後才能當做畜禽飼料。
操作方法如下：
首先，剔除黴爛變質的原料，并将棉籽殼切碎或粉碎，棉籽殼屬蛋白質型飼料，不宜單獨發酵，應添加部分玉米粉、麥麸等能量飼料共同發酵；再将金寶貝飼料發酵劑（千分之二）用玉米粉、麥麸等稀釋後再全部撒入到粉碎的棉籽殼中，要确保物料混勻；然後再加水拌勻，物料含水量控制在65%左右。
判斷辦法：手抓一把物料能成團，指縫見水不滴水,落地即散為宜,水多不易升溫,水少難發酵；加水拌勻後随即裝入缸、筒、池、塑料袋等能密封的容器中，物料應完全密封但不能壓緊，當使用密封性不嚴的容器發酵時,外面應加套可紮緊密封的塑料袋，注意密封過程中不能拆開翻倒，在自然氣溫下密封發酵2～3天，等有酒香氣或泥土味時表明發酵完成，即可飼喂。
其它相關
據《食用菌學報》2009年第二期報道棉籽殼含有的有毒遊離棉酚在食用菌栽培前通過發酵(巴氏消毒)預處理或高溫高壓滅菌能分解在安全值内；另有“棉子殼内的棉仁含量過高，會嚴重影響發菌”的說法：在實踐栽培中證明這并非屬實！由于食用菌栽培是非常複雜的生化過程，不能單憑遇到的某一現象而作論斷！
那樣顯然是不科學的，比如在有“中國食用菌之都”的福建省古田縣的食用菌栽培者絕大部分就偏愛色黃、含棉仁多的棉籽殼用來栽培草腐菌類，而并未遇到“影響發菌”的問題，而在食用菌栽培過程中棉籽殼原料預處理不當就會造成“影響發菌”甚至不發菌的嚴重後果！
比如平菇等可以發酵巴氏消毒預處理或高溫高壓蒸料；而栽培金針菇等就絕不能發酵處理而隻能高溫高壓蒸料，否則就會根本“不發菌”甚至菌種不萌芽！當然本詞條所說價低質差營養低的棉殼反而适合栽培木腐菌類，如：香菇、木耳、靈芝等。
由于棉殼的上遊産品受全球經濟及相關産品（如：棉花及棉花副産品、其它油料、粕類、服飾用人造纖維等）的影響和各産區國家每年棉花種植面積增減、種植成本（含政府補貼）、氣候影響、運輸成本、季節性供應(中間貿易商控制)而會造成售價極不穩定。同一時期不同産區價格每噸從4、5百元至1600多元不等，甚至最近最高售價已超過2700元/噸！由于暫未找到能徹底替代的原料、且是季節性産物國内剛性需求量大。呈逐年遞增态勢！
2010年10月12日各産區價格;新疆新殼1050元/噸;山東省新殼1750-2300元左右:河南省質較好的新殼2300元以上:湖北省新殼2300-2500元/噸:湖南省2450以上.開車的油廠不多棉殼商均有擡價搶購現象!
