历史沿革
1950年冬，平原省卫生学校创建，由菏泽专员公署卫生科主办。
1953年，平原省撤消，菏泽地区划归山东省管辖，学校名称改为山东省菏泽初级卫生学校。
1955年下半年，学校由初级卫生学校升为中级卫生学校，学校名称改为山东省菏泽卫生学校。当年12月正式招收初中毕业生，学制三年。
1958年，经山东省人民政府批准，将菏泽卫生学校升格为专科学校，改建为“山东省菏泽地区医学专科学校”，学制五年，医疗专业招收初中起点毕业生，同时也招收中专学生。
1962年，停办大专，改办中专。
1969年，受文化大革命的影响，学校被撤消。
1970年，学校恢复招生，并由中专升格为专科学校，命名为菏泽地区医学专科学校，招收二年制工农兵学员。
1973年，改办中专，学校名称为菏泽地区卫生学校。
1978年1月，经国务院批准，菏泽地区卫生学校恢复为专科学校，改名为菏泽医学专科学校。
2009年12月，顺利通过山东省高职高专院校人才培养工作水平评估。
2015年1月，学校被授予2014年度“省级文明单位”称号。
办学条件
院系专业
截至2016年3月，菏泽医学专科学校共建有临床医学系、护理系、药学与生物制药工程系、医学技术系、医学检验系、医保营销系、卫生管理系等8个系以及基础医学部、思想政治理论教学部、公共教学部，开设高职专科专业12个。
师资力量
截至2016年3月，菏泽医学专科学校共有专任教师564人，其中教授、副教授167人，硕士研究生及其以上学历251人；山东省教学名师、省级优秀教师12人；拥有省级教学团队3个。省级教学团队：临床医学专业教学团队（王克志，2011年获批）、药学专业教学团队（尹祥敏，2010年获批）、护理学专业教学团队
教学建设
截至2015年12月，菏泽医学专科学校共有中央财政支持重点建设专业2个，省级特色专业3门；拥有省级精品课程29门；校级实训基地14个。
2014年，该校教师魏伟获第四届医学（医药）院校全国青年教师教学基本功比赛三等奖，刘春霞荣获山东省青年教师授课比赛一等奖，刘慧霞等6名教师获山东省微课比赛二、三等奖。
中央财政支持重点建设专业：护理、临床医学
省级特色专业：护理、临床医学、助产
省级精品课程：药理学、生理学、诊断学、内科学、内科护理学、外科护理学、诊断学、生物化学、无机化学、有机化学、天然药物化学、药剂学、检验仪器分析、临床检验基础、微生物学检验、免疫学检验、生物化学检验、临床麻醉学、麻醉解剖学、麻醉生理学、麻醉药理学、麻醉设备学、外科学、妇产科学、儿科学、预防医学、基础护理学、护理心理学
校级实训基地：公共基础实验教学中心、机能学实验教学中心、医学形态学实训教学中心、临床技能实训中心、护理技能实训中心、康复治疗技术实训中心、药学实训中心、中心实验室、分析实训教学中心、口腔技能实训中心、医学检验实训中心、中医学实训中心、计算机实训中心、语言实验室
合作交流
截至2015年7月，菏泽医学专科学校共先后与山东大学医学院、青岛大学医学院联合举办在职研究生进修班，开辟了与东南亚国家高校的学术交流，从新加坡、菲律宾等国家引进外籍教师从事英语教学，每年选拔成绩优秀、表现突出的学生赴英国深造。
学术研究
科研成果
2015年，菏泽医学专科学校共批立项各级各类纵向课题47项，其中，刘艳艳副教授申请的项目获得山东省自然科学基金项目资助；该校专任教师发表国家级和省级论文112篇，申请国家专利4项，科技成果鉴定达到中国国内领先水平3项，省级科技成果奖7项，市级科技成果奖9项；横向技术服务到款额10.81万元，纵向科研经费到款额10.60万元。
2014年，菏泽医学专科学校共开展联合科技攻关和技术服务项目共19项；横向技术服务到款额9.1万元，纵向科研经费到款额12.5万元。
学术资源
馆藏资源
截至2014年12月，菏泽医学专科学校图书馆共有馆藏纸质图书67.33万册，电子图书5572GB，纸质期刊2638种，电子期刊3500种，并建立了中国期刊（医药卫生）学术文献二级检索站。
学术期刊
菏泽医学专科学校
《菏泽医学专科学校学报》是由山东省教育厅主管，菏泽医学专科学校主办的综合性医学学术期刊，原名《菏泽医专学报》，1989年月创刊，1989年出版两期。1990年改为季刊，1999年经国家科委核准公开发行，2002年更名为《菏泽医学专科学校学报》；该刊主要刊登反映该校及所属院、所的科研、医疗、教学的新成果、新技术，设有基础医学、临床医学、祖国医学、护理医学、预防医学、麻醉医学方面的论著、专题报道、临床经验、病例报告、技术方法、文献综述、专题讲座以及教学研究等栏目；该刊先后被确定为中国期刊网收录期刊、中国科技论文统计源期刊、中国期刊方阵双效期刊，并入选中国科技期刊文摘数据库、《中国科学引文数据库》等多家数据库，还多次获得国家和省部级优秀科技期刊奖及科技期刊优秀编辑质量奖。n
文化传统
学校标识
校徽
菏泽医学专科学校校徽为环形绕排图案组合。外围是文字组合，上部为舒同题校名中文全称，下部为校名英文全称。校徽内部圆形部分是图案和数字组合，上部是具有医学标志的蛇杖，体现学校的医学属性；中间是阿拉伯数字“1950”，说明学校自1950年开始的办学历史；底部是盛开的牡丹花，表明学校植根于牡丹之都——菏泽的地域特色。校徽的标准色为绿色，象征着生命、健康和活力。校徽寓意为学校弘扬医学科学精神，继承优良办学传统，传承服务人民的办学宗旨，做生命与健康的卫士。
校训
悬壶济世，孜孜以求n
社团活动
截至2015年12月，菏泽医学专科学校共有各类学生社团31个，涵盖学术、文艺、体育、科技创新类社团，参与学生3200余人，2014至2015年度，学术性社团开展业余专业培训活动31次，举行专业知识竞赛18次，参与学生1612余人次；共有社会志愿服务队61个，2014至2015年度，开展校内和校外志愿服务691次。
现任领导
学校荣誉
截至2021年，菏泽医学专科学校为全国健康养老服务生产性实训基地、全国高等职业教育创新发展行动计划单位、山东省优质高等职业院校建设单位，先后荣获“山东省高等学校教学管理先进单位”“全省卫生科技教育工作先进集体”“省级文明单位”“平安校园”“省级园林式单位”“省级卫生先进单位”“省级社会治安综合治理先进单位”“山东省大学生暑期社会实践活动先进单位”“山东省青年志愿服务先进集体”菏泽市思想政治工作先进单位、菏泽市花园式单位、山东教育慈善奖先进单位等称号。
2020年12月25日，被国家卫生健康委等授予“无偿献血促进奖”。
