法律規定
2006年3月中華人民共和國農業部發布的《食用菌菌種管理辦法》規定：“農業部主管全國菌種工作。縣級以上地方人民政府農業（食用菌，下同）行政主管部門負責本行政區域内的菌種管理工作。”“縣級以上地方人民政府農業行政主管部門應當加強食用菌種質資源保護和良種選育、生産、更新、推廣工作，鼓勵選育、生産、經營相結合。”
菌種分離
首先是從土壤或腐生植物中收集含菌樣品，用無菌水稀釋後，塗布于置有适宜細菌、放線菌或黴菌生長的瓊脂培養基平皿上，并将其倒置于恒溫箱中，培養一定時間，平皿上長出的許多單個菌落（單一微生物的集落）經分别分離後即為各種純種菌株,簡稱純種,移種至試管斜面培養基上，置4℃冰箱備用。
篩選模型
根據不同的篩選目的，采用不同的篩選模型。如常規篩選抗生素産生菌的方法是将土壤中分離所得的純種，在含有瓊脂培養基的平皿上培養後，用打孔器将菌塊移至含有試驗菌的瓊脂培養基上，在适宜的溫度下培養一定時間後取出，如在菌塊的周圍有透明的抑菌圈，則表明此菌種具有産生抑制試驗菌生長的抗菌物質的能力。
所得菌種經過搖瓶液體發酵，測定發酵液或菌絲體内抗生素的含量，選出生産能力高的菌種。另一方面對所提取的抗生素進行結構分析、藥理試驗及臨床試驗等，确為有效者，即可作為生産菌種。又如篩選脂肪酶生産菌種的方法是将分離所得的黴菌塗布于含有牛脂的瓊脂培養基上，恒溫培養一定時間，如菌落周圍出現透明圈的，則該菌具有分解脂肪的能力，進一步作搖瓶發酵測定酶活力，挑選産量高者作生産菌種的出發菌株。
菌種改良
即采用遺傳育種的方法，使野生型菌株(從自然界分離篩選而得的出發菌株)的遺傳因子DNA發生突變、重組，從而從中選出産量高、成品質量好或具有新的培養特性如耐産物抑制、能利用廉價原料以及具有生産新品種能力的優良菌種。采用的方法有誘變育種、雜交育種、細胞融合技術和重組DNA技術。
誘變育種是利用誘變因子如紫外線、钴－60、乙烯亞胺類等物理或化學誘變劑處理生産菌株的單孢子懸浮液，以獲得誘發突變株。随後進行突變株的篩選，從中篩選高産菌株。由于随機的突變群體中，有益突變所占比例很低，要獲得高産突變株必須進行大量篩選。
近年來，随着發酵代謝控制研究的發展,可根據生物合成途徑中的反應點,并通過它們的改變以提高産率或其他特性，如選育抗産物反饋抑制的突變株、增加細胞透性的突變株及營養缺陷型的突變株等。這種“理性篩選法”廣泛應用于氨基酸産生菌的選育。
菌種制備
也稱種子制備，是指菌種在一定條件下，經過擴大培養成為具有一定數量和質量的純生産菌種的制備過程。以作接入發酵罐中進一步擴大菌體量及合成産物之用。種子制備包括孢子制備和菌絲體制備，其中(1)～(4)為孢子制備過程。保存在沙土管或冷凍管中的生産菌種，無菌操作挑取少許，接入瓊脂斜面培養基上，在25℃（或較高溫度）下培養5～7天(或較長時間)。所得孢子還需進一步用較大表面積的固體培養基以獲得更多孢子，對于黴菌類孢子制備，多數采用大米、小米之類的天然培養基。
将培養成熟的斜面孢子制成懸浮液，接種到扁瓶固體培養基上，于25～28℃培養14天。将成熟的扁瓶孢子于真空中抽幹，使水分降至10%以下，并放入4℃冰箱中備用。一次制得的孢子瓶可在生産上延續使用半年左右。放線菌孢子的培養基大多是采用麸皮或豌豆浸出液、牛肉膏及無機鹽與瓊脂制成的。
将斜面孢子接入擴大的扁瓶孢子培養基中,于28～37℃培養5～14天。所獲得的大量孢子可直接作為種子罐(6)的種子。如果有些生産菌種不産孢子，如赤黴素産生菌或産孢子不多的,則可采用搖瓶（5）液體培養制得菌絲體，作種子罐的種子。種子罐的目的是使接入有限的孢子或菌絲體迅速發芽、生長、繁殖成大量菌體。
其中的培養基組分應是易于被菌體利用的碳源（如葡萄糖）和氮源（如玉米漿等）,及無機鹽(如磷酸鹽)等。作為發酵罐(7)的種子應是生命力旺盛、染色深、菌絲粗壯,無雜菌及異常菌體。接種量一般在10%～20%。
菌種保存
總述
使優良菌種的性狀保持穩定，人為地創造條件，使菌種的新陳代謝活動處于不活潑狀态，即選取優良菌種的休眠體（孢子或芽孢）或富有生命力的懸浮液在低溫或脫水狀态下保存。
低溫保存法
①簡單保存法，将瓊脂斜面孢子培養物、菌絲懸浮液以及由麸皮、大米、小米等谷物原料制成的孢子培養物置于4℃冰箱保存,保存時間不超過1～2個月，若将谷物原料制備的孢子瓶抽真空并在棉塞上浸蠟,以隔絕外界空氣和水汽,保持時間可達3～4個月；
②液氮超低溫保存法，将生長穩定期的細胞懸浮在10%甘油或其他低冰點液體中，密封于安瓿管内，然後控制冷卻速度，使安瓿管溫度逐步下降至-35℃時，即可置于-150～-196℃的液氮罐中保存。大多數微生物如病毒、噬菌體、多種細菌、放線菌、酵母和原蟲、特别是一些用冷凍幹燥法有困難的微生物，都可用此法長期保存。
脫水保存法
①沙土保存法，能産孢子的細菌、放線菌及黴菌可采用此法保存,即将沙和土以3:2比例混合，經稀酸處理洗淨過篩,裝入小試管内,裝置高度為1cm;滅菌2～3次，烘幹後即可将在斜面培養基上生長良好的孢子，用無菌蒸餾水2～2.5ml制成孢子懸液，吸取少許加入沙土管中，經真空抽幹，外觀呈松散狀态,于4℃冰箱保存，保存期可達5～7年。
②冷凍幹燥法,将孢子懸浮液與保護劑（一般用脫脂牛奶或血清）相混合，放在安瓿管内于-20～-30℃的乙醇浴中速凍。然後，在低溫下用真空泵抽幹，并用五氧化二磷或幹冰使水汽結凍，熔封安瓿管，于低溫下保存。保存期可達5～10年之久。
③石蠟油封存法，在斜面菌種培養物上,倒上滅菌後的石蠟油，高出斜面1cm，于4℃冰箱或低溫幹燥處保存，此法不适用于能利用石蠟油作碳源的微生物，保存期為一年以上。
類型
在生産中根據菌種的來源,繁殖代數及生産目的,把菌種分為母種,原種和栽培種.分别叫一級種,二級種,三級種.
母種:将純菌絲體或孢子在試管培養基中繁殖而成.可以繁殖原種,也适宜菌種保藏.
原種:母種菌絲在固體培養基上繁殖而成.這一過程增強菌絲對培養環境的适應性,又起到擴繁的作用.原種可以直接出菇.
栽培種:由原種擴繁而成.主要是為了擴繁,為生産提供足夠的菌種.
分類
中國栽培食用菌曆史悠久。1949年以前，主要是傳統段木栽培方法栽培香菇和黑木耳二種。建國以後，雙孢蘑菇栽培量逐年增加。二十世紀70年代主要栽培種類增加到10個（平菇、草菇、滑菇、金針菇、銀耳、毛木耳、猴頭），80年代又增加到14個（增加了灰樹花、金耳、茯苓、天麻蜜環菌），90年代增加到44個。
目前規模栽培的食用菌有雙孢蘑菇、巴西蘑菇、大肥菇、美味蘑菇、香菇、糙皮側耳、佛州側耳、肺形側耳、白黃側耳、榆黃蘑、鮑魚菇、蓋囊菇、杏鮑菇、白阿魏菇、紅平菇、元蘑、黑木耳、毛木耳、金針菇、滑菇、黃傘、草菇、猴頭、柱狀田頭菇、雞腿菇、灰樹花、長根菇、大球蓋菇、銀耳、金耳、蛹蟲草、靈芝、中華靈芝、薄蓋靈芝、松杉靈芝、茯苓、豬苓、蜜環菌(伴生天麻)、斑玉蕈、長裙竹荪、短裙竹荪、洛巴口蘑、牛舌菌、褐灰口蘑，其中大規模商業栽培的有31種。
從商業規模栽培的種類及其品種看，近年商業規模栽培的種類有雙孢蘑菇、巴西蘑菇、大肥菇、美味蘑菇、香菇、糙皮側耳、佛州側耳、肺形側耳、白黃側耳、榆黃蘑、杏鮑菇、白阿魏菇、黑木耳、毛木耳、金針菇、滑菇、草菇、猴頭、茶樹菇、雞腿菇、灰樹花、銀耳、靈芝、中華靈芝、薄蓋靈芝、松杉靈芝、茯苓、天麻蜜環菌、斑玉蕈、長裙竹荪、短裙竹荪等。這些栽培種内都有豐富的品種多樣性，供栽培者根據市場需要選擇使用。
這些多樣化的栽培種和品種保證了中國在農業生産方式下食用菌的周年栽培和持續發展。
雙孢蘑菇有鮮銷品種和罐藏品種兩大類。香菇可以按照适宜的基質有段木品種和代料品種；按照出菇的遲早有早生品種和遲生品種；按照産品适宜的商品型式有鮮銷品種和幹制品種；按照出菇溫度有低溫(5～15℃)品種、中溫品種(10～15℃)、高溫(15～25℃)品種和廣溫(10～28℃)品種；按照子實體大小有大葉品種、中葉品種和小葉品種。
平菇按照出菇溫度有高溫品種、中溫品種和低溫品種；按照子實體色澤有灰色品種和白色品種；按照孢子釋放情況有少孢品種、孢子晚釋品種、無孢品種。
黑木耳按照子實體着生方式的不同有單片品種和菊花品種；按照色澤有黑色品種和褐色品種。
毛木耳按照子實體色澤的不同有黃背木耳、白背木耳和紫木耳三大類品種。
金針菇按照子實體色澤有黃色品種、淡色品種和白色品種三大類。
滑菇按照子實體發生遲早有極早生品種、早生品種、中生品種和晚生品種。
草菇按照子實體大小有大粒、中粒和小粒三類品種。
杏鮑菇和白阿魏菇按照出菇溫度有高溫品種和低溫品種；
杏鮑菇按照子實體形态有柱狀品種和保齡球狀品種；
白阿魏菇按照子實體形态有掌狀品種和馬蹄狀品種。
