背景
乾隆後期，土地高度集中，大批流民陸續聚集于川、楚、陝交界的南山和巴山老林地區謀生，衆以數百萬。由于人口增長迅速，土地兼并嚴重，河南、安徽、江西各地出現饑民，川楚陝三省邊境地區是一片原始森林地帶，曆來為被迫離開土地的流民聚集之所。加以封建統治階級生活奢侈，貪官污吏橫行，人們不滿和反抗情緒日增，白蓮教的宣傳也随之增加了反抗現實的内容。
乾隆三十七、三十八年（1772、1773），川、楚兩省饑民來此覓食者達數十萬。加上來自河南、安徽、江西等省的流民，其中大約有一百萬人前來有着大量荒地、原始森林的川楚邊境就食，該地土壤瘠薄，氣候惡劣，流民除搭棚佃耕土地外，還需受雇于木廂廠、鐵廠、紙廠，獲取微薄工錢，方能生存。他們不僅受地主、廠主的剝削，還要受差役、訟棍的勒索，生活極為艱難。絕望中的流民便成了白蓮教傳播的對象。
白蓮教是明清時期主要的秘密宗教，崇奉“無生老母”與“彌勒佛”，宣揚彌勒佛未來會“改造世界”的傳說，并以“教中所獲資财，悉以均分”，“有患相救，有難相死，不持一錢可周行天下”等平均、互助思想在其中迅速流行，從者日衆。以“真空家鄉、無生老母”為八字真訣，使人們在精神上得到一定寄托，對于處在水深火熱之中力圖擺脫現世的流民來說，具有很大的吸引力，因而從者日衆。
過程
起義初期
乾隆四十年(1775年)，河南白蓮教支派混元教首領劉松起義失敗，弟子劉之協、宋之清等繼續于川、楚、陝等地傳教。五十八年，劉之協于河南被捕後脫走，清廷通令大索州縣，激起民怨。白蓮教以"官逼民反"相号召，得到廣大農民的支持，教衆迅速發展。
乾隆六十年，湖北各地白蓮教首，秘商在“辰年辰月辰日”（嘉慶元年三月初十）共同起事，讓教徒制備刀把火藥。白蓮教的迅速發展和其反清内容，引起了清政府的嚴重不安，遂下令大規模搜捕白蓮教徒。大批教首、教徒被捕遇害，地方官則以查拿邪教為名，行敲詐勒索之實。“不論習教不習教，但論給錢不給錢”，“不遂所欲，即誣以邪教治罪”。各地教首遂以“官逼民反”為口号，号召教徒奮起反抗。
嘉慶元年正月初七（1796年2月15日），湖北宜都、枝江一帶首領張正谟、聶傑人等因官府查拿緊急，被迫提前舉義。長陽、來鳳、當陽、竹山等縣教徒接踵而起。三月初十，襄陽地區的教徒，在王聰兒、姚之富等率領下，按原定日期起義。各路起義軍，互不相屬，各自為戰，所據山寨或縣城，多被清軍各個擊破。唯有襄陽起義軍采取流動作戰的策略，力量迅速壯大，成為湖北起義軍的主力。在湖北白蓮教起義影響下，四川各地的白蓮教徒也紛紛響應。九月，達州教首徐添德，東鄉（今四川宣漢）教首王三槐、冷天祿等皆各率衆起義。
發展階段
二年初，襄陽起義軍又開始了大規模流動作戰，轉戰于湖北、四川、河南、陝西，後分三股進入四川。清軍隻尾随其後，疲于奔命。七月，四川起義軍被清軍圍困，襄陽起義軍趕到解圍，在東鄉與四川起義軍會師。各路起義軍按青、黃、藍、白分号，設立掌櫃、元帥、先鋒、總兵等職。然而，小生産者固有的分散性與保守性，使起義軍并未真正聯為一體，各股仍然各自為戰，分散行動。
三年三月，襄陽起義軍在湖北鄖西被清軍包圍，首領王聰兒、姚之富跳崖犧牲，餘部仍繼續鬥争。四川起義軍也受到重大損失。餘部在張漢潮等率領下，與四川義軍聯合。
四年，清廷以勒保為經略大臣，明亮、額勒登保為參贊大臣，節制川、陝、楚、豫、甘五省官軍進擊，并曉谕州縣辦團練，依山隘寨堡，扼守要路，堅壁清野，攻撫并施，使義軍處境艱難，張漢潮等相繼犧牲。年底，義軍首領冉天元率部由陝返川，大敗額勒登保部。
五年正月，又聯合各路義軍搶渡嘉陵江，于蓬溪再敗清軍，斬總兵朱射鬥。不久，集兵江油，以伏擊再敗清軍，後因地主團練增援，冉天元被俘殺，餘部萬餘人南下川西腹地，成都戒嚴。
平定起義
五年三月以前，起義軍處于發展、壯大階段。起義軍因得到各地人民的支持，所到之處，“有屋舍以栖止，有衣食、火藥以接濟，有騾馬刍草以奪騎更換”，且有各地教徒“為之向導負運”，多次重創清軍，嘉慶五年四月四川江油馬蹄岡戰役以後，起義始轉入低潮。人數從十幾萬減至幾萬人，許多重要将領相繼犧牲。清政府的“堅壁清野”與“寨堡團練”之策，已逐漸推廣并發揮作用。通過築寨堡、并村落，令百姓移居其中，将民間糧秣給養充實其内，又訓練丁壯，進行防守，從而切斷了起義軍同人民間的聯系，使之無法得到糧草與兵源的補充，力量日漸枯竭。
嘉慶六年下半年，起義軍活動基本上隻限于川楚陝邊境地區，轉戰在萬山老林之中，人數已不超過兩萬四千，而圍剿的清軍，則十倍于此。起義軍在極端艱苦的條件下，堅持戰鬥，至九年九月，起義終告失敗。
影響
這次大規模戰亂耗費了清朝政府十六省的數十萬軍隊，并導緻十餘名提督、總兵等高級武官及副将以下400餘名中級武官陣亡。清朝前後投入超過兩億兩白銀，相當國庫五年财政收入，使國庫為之一空，“川楚之役，則諸将會飲，雖深箐荒麓間，蟹魚珍錯辄三四十品，而賞伶犒仆之費不與焉。凡糧台地，玉器裘錦成市，饋獻、賂遺、賭博，揮霍如泥沙”。八旗、綠營等清朝正規軍之腐朽在起義中暴露無遺，清政府被迫依靠地方團練鎮壓起義。
乾隆後期，由和珅帶頭貪渎，各種社會矛盾激化，官僚大肆兼并土地，貪官污吏橫行。川楚教亂标志着清朝走向衰落的開始。川楚教亂平亂不久，直隸、河南、山東諸省又發生天理教領導的癸酉之變。
